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- PDB-2xdv: Crystal Structure of the Catalytic Domain of FLJ14393 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xdv
タイトルCrystal Structure of the Catalytic Domain of FLJ14393
要素MYC-INDUCED NUCLEAR ANTIGEN
キーワードNUCLEAR PROTEIN / RIBOSOME BIOGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-L-histidine (3S)-3-hydroxylase / peptidyl-histidine dioxygenase activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / Protein hydroxylation / histone demethylase activity / HDMs demethylate histones / transcription corepressor activity / ribosome biogenesis / transcription regulator complex ...protein-L-histidine (3S)-3-hydroxylase / peptidyl-histidine dioxygenase activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / Protein hydroxylation / histone demethylase activity / HDMs demethylate histones / transcription corepressor activity / ribosome biogenesis / transcription regulator complex / nucleolus / nucleoplasm / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ROXA-like, winged helix / ROXA-like winged helix / JmjC domain-containing ribosomal oxygenase (ROX), dimer domain / Outer Surface Protein A; domain 3 - #40 / JmjC domain-containing / JmjC domain / Outer Surface Protein A; domain 3 / Cupin / JmjC domain / JmjC domain profile. ...ROXA-like, winged helix / ROXA-like winged helix / JmjC domain-containing ribosomal oxygenase (ROX), dimer domain / Outer Surface Protein A; domain 3 - #40 / JmjC domain-containing / JmjC domain / Outer Surface Protein A; domain 3 / Cupin / JmjC domain / JmjC domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / NICKEL (II) ION / N-OXALYLGLYCINE / Ribosomal oxygenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Ng, S.S. / Pilka, E. / Guo, K. / Pike, A.C.W. / Filippakopoulos, P. / Knapp, S. / Kavanagh, K.L. / Gileadi, O. ...Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Ng, S.S. / Pilka, E. / Guo, K. / Pike, A.C.W. / Filippakopoulos, P. / Knapp, S. / Kavanagh, K.L. / Gileadi, O. / Bunkoczi, G. / Yue, W.W. / Niesen, F. / Sobott, F. / Fedorov, O. / Savitsky, P. / Kochan, G. / Daniel, M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Ribosomal oxygenases are structurally conserved from prokaryotes to humans.
著者: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. ...著者: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Doherty, A.J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2010年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22013年6月26日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
改定 1.32013年10月23日Group: Derived calculations
改定 1.42014年6月25日Group: Database references
改定 1.52018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.62018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.72024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYC-INDUCED NUCLEAR ANTIGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,47814
ポリマ－50,4621
非ポリマー1,01613
水2,666148
1
A: MYC-INDUCED NUCLEAR ANTIGEN
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)308,86784
ポリマ－302,7746
非ポリマー6,09378
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_666-y+5/4,-x+5/4,-z+5/41
crystal symmetry operation24_666-z+5/4,-y+5/4,-x+5/41
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation19_666-x+5/4,-z+5/4,-y+5/41
Buried area36950 Å2
ΔGint-622.3 kcal/mol
Surface area95550 Å2
手法PISA
2
A: MYC-INDUCED NUCLEAR ANTIGEN
ヘテロ分子

A: MYC-INDUCED NUCLEAR ANTIGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,95628
ポリマ－100,9252
非ポリマー2,03126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation19_666-x+5/4,-z+5/4,-y+5/41
Buried area9650 Å2
ΔGint-168.2 kcal/mol
Surface area34520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.180, 185.180, 185.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1472-

MN

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 MYC-INDUCED NUCLEAR ANTIGEN / FLJ14393 / MINERAL DUST-INDUCED GENE PROTEIN / NUCLEOLAR PROTEIN 52


分子量: 50462.270 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 26-465 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IUF8

-
非ポリマー , 6種, 161分子

#2: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 77 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 12% PEG 3350; 0.005M COCL2; 0.005M MGCL2; 0.005M CDCL2; 0.005M NICL2; 0.1M HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→30 Å / Num. obs: 35135 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 68.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.56→2.7 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.57→29.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9384 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NI MN OGA CD. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=3205. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NI MN OGA CD. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=3205. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=10. NUMBER TREATED BY BAD NON- BONDED CONTACTS=10
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2285 1743 5 %RANDOM
Rwork0.1965 ---
obs0.1981 34907 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→29.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2990 0 28 148 3166
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3145HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4276HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1067SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes73HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes457HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3145HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion406SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3526SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.64 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4842 135 5.03 %
Rwork0.4432 2547 -
all0.4452 2682 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.523-0.45830.02143.6120.97093.1819-0.18930.5442-0.5442-0.35340.15630.34220.43810.0530.033-0.28980.0057-0.03270.0692-0.10260.004686.2664123.06378.8124
20.76190.3923-0.36780-0.11241.2415-0.0036-0.01310.0121-0.00880.00290.01070.0222-0.00140.0007-0.13090.1496-0.09130.16860.15010.066987.4513124.599103.271
35.7801-0.4081-0.30152.105-0.44331.7738-0.2996-0.1408-0.51770.02720.23990.04510.18590.06160.0597-0.23150.1021-0.0356-0.01630.0795-0.02887.9682129.18790.0866
40.2221-0.9783-1.31761.0261.54120.4167-0.0108-0.01520.10150.06180.05650.0374-0.1041-0.0234-0.0456-0.09010.1168-0.03770.10210.00080.303478.9005148.45993.0429
55.36060.7780.81290.3420.11740.4349-0.20950.4982-0.0374-0.11420.2475-0.07940.00350.0764-0.038-0.22590.0578-0.0070.05840.02770.0438100.035137.82387.0104
68.0618-0.12290.12953.4469-2.66161.8459-0.13050.36770.3038-0.0870.0489-0.21050.0359-0.16750.0816-0.2522-0.0507-0.0160.10370.1520.1856120.093151.77782.5481
70.6571-0.2712-1.03533.5945-0.43211.8252-0.03620.0879-0.46070.2541-0.05510.12750.02890.4990.0913-0.30330.13560.0156-0.0059-0.06670.1351108.651124.30885.9207
86.0868-2.9104-1.14424.5533-0.01971.22170.0284-0.10860.5395-0.5442-0.0388-0.5374-0.02020.39070.0104-0.1540.1520.1123-0.0351-0.0572-0.0082119.893115.56278.7276
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A 30 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A 127 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A 132 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A 214 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A 220 - 296
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A 297 - 324
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A 325 - 343
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A 356 - 465

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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