PDB-2xd7: Crystal structure of the macro domain of human core histone H2A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xd7

タイトル

Crystal structure of the macro domain of human core histone H2A

要素

CORE HISTONE MACRO-H2A.2

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / CHROMOSOMAL PROTEIN / NUCLEOSOME CORE / CHROMATIN REGULATOR / NUCLEUS / DNA-BINDING PROTEIN / PHOSPHOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / sex-chromosome dosage compensation / establishment of protein localization to chromatin / Barr body / positive regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of gene expression, epigenetic / heterochromatin organization / nucleosomal DNA binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / brain development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Vollmar, M. / Phillips, C. / Carpenter, E.P. / Muniz, J.R.C. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Macro Domain of Human Core Histone H2A
著者: Vollmar, M. / Phillipps, C. / Carpenter, E.P. / Muniz, J.R.C. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Gileadi, O.

履歴

登録	2010年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xd7.cif.gz	290.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xd7.ent.gz	237.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xd7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xd7_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xd7_full_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示
XML形式データ	2xd7_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	2xd7_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/2xd7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/2xd7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yd9S 1zr3S 1zr5S 3iidS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1pz8-1 4ixl-1 1pz8-3 1qh6-1 5vp7-1 1m4w-d 6ipa-1 1g49-1 6umb-1 3l8h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

登録構造単位

A: CORE HISTONE MACRO-H2A.2

B: CORE HISTONE MACRO-H2A.2

C: CORE HISTONE MACRO-H2A.2

D: CORE HISTONE MACRO-H2A.2

83.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CORE HISTONE MACRO-H2A.2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CORE HISTONE MACRO-H2A.2

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3

C: CORE HISTONE MACRO-H2A.2

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4

D: CORE HISTONE MACRO-H2A.2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.030, 61.640, 242.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.64, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	C
2	1	A
3	1	B
4	1	D
1	2	B
2	2	A
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	LEU	LEU	C	C	178 - 197	2 - 21
2	1	1	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	178 - 197	2 - 21
3	1	1	GLY	GLY	LEU	LEU	B	B	178 - 197	2 - 21
4	1	1	GLY	GLY	LEU	LEU	D	D	178 - 197	2 - 21
1	2	1	GLY	GLY	GLU	GLU	C	C	208 - 243	32 - 67
2	2	1	GLY	GLY	GLU	GLU	A	A	208 - 243	32 - 67
3	2	1	GLY	GLY	GLU	GLU	B	B	208 - 243	32 - 67
4	2	1	GLY	GLY	GLU	GLU	D	D	208 - 243	32 - 67
1	3	1	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	245 - 255	69 - 79
2	3	1	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	245 - 255	69 - 79
3	3	1	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	245 - 255	69 - 79
4	3	1	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	245 - 255	69 - 79
1	4	1	VAL	VAL	HIS	HIS	C	C	257 - 277	81 - 101
2	4	1	VAL	VAL	HIS	HIS	A	A	257 - 277	81 - 101
3	4	1	VAL	VAL	HIS	HIS	B	B	257 - 277	81 - 101
4	4	1	VAL	VAL	HIS	HIS	D	D	257 - 277	81 - 101
1	5	1	PRO	PRO	LYS	LYS	C	C	279 - 368	103 - 192
2	5	1	PRO	PRO	LYS	LYS	A	A	279 - 368	103 - 192
3	5	1	PRO	PRO	LYS	LYS	B	B	279 - 368	103 - 192
4	5	1	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	279 - 368	103 - 192
1	1	2	SER	SER	GLN	GLN	B	B	198 - 201	22 - 25
2	1	2	SER	SER	GLN	GLN	A	A	198 - 201	22 - 25
3	1	2	SER	SER	GLN	GLN	C	C	198 - 201	22 - 25
4	1	2	SER	SER	GLN	GLN	D	D	198 - 201	22 - 25
1	2	2	ILE	ILE	ILE	ILE	B	B	204 - 207	28 - 31
2	2	2	ILE	ILE	ILE	ILE	A	A	204 - 207	28 - 31
3	2	2	ILE	ILE	ILE	ILE	C	C	204 - 207	28 - 31
4	2	2	ILE	ILE	ILE	ILE	D	D	204 - 207	28 - 31

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	CORE HISTONE MACRO-H2A.2 / HISTONE MACROH2A2 / MH2A2 分子量: 20836.684 Da / 分子数: 4 / 断片: MACRO DOMAIN, RESIDUES 177-369 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNH-TRXT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q9P0M6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	CHAINS A AND B START WITH GLY178 CHAINS C AND D START WITH ASP177

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.84 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.05M MGCL2; 0.1M HEPES PH 7.5; 30% MPEG 550

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.563
1	1	h,-k,-l	2	0.437

反射

解像度: 2.1→41.86 Å / Num. obs: 45536 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 32.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 77.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1YD9, 1ZR3, 1ZR5, 3IID

解像度: 2.09→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 7.914 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25298	2281	5 %	RANDOM
R_work	0.21743	-	-	-
obs	0.21922	43253	90.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.822 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.93 Å²	0 Å²	0.32 Å²
2-	-	-10.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5584	0	0	176	5760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	5688
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.45	1.973	7690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.314	3	9326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.203	5	759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.208	26.131	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.054	15	969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.436	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	901
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	2	A	1016	tight positional	0.05	0.05
1	3	B	1016	tight positional	0.05	0.05
1	1	C	1016	tight positional	0.05	0.05
1	4	D	1016	tight positional	0.04	0.05
2	2	A	48	tight positional	0.03	0.05
2	1	B	48	tight positional	0.04	0.05
2	3	C	48	tight positional	0.04	0.05
2	4	D	48	tight positional	0.05	0.05
1	2	A	1070	medium positional	0.05	0.5
1	3	B	1070	medium positional	0.04	0.5
1	1	C	1070	medium positional	0.05	0.5
1	4	D	1070	medium positional	0.04	0.5
2	2	A	45	medium positional	0.06	0.5
2	1	B	45	medium positional	0.06	0.5
2	3	C	45	medium positional	0.04	0.5
2	4	D	45	medium positional	0.05	0.5
1	2	A	1016	tight thermal	2.85	0.5
1	3	B	1016	tight thermal	3.02	0.5
1	1	C	1016	tight thermal	2.25	0.5
1	4	D	1016	tight thermal	4.9	0.5
2	2	A	48	tight thermal	2.2	0.5
2	1	B	48	tight thermal	1.58	0.5
2	3	C	48	tight thermal	2.23	0.5
2	4	D	48	tight thermal	2.04	0.5
1	2	A	1070	medium thermal	3.2	2
1	3	B	1070	medium thermal	3.48	2
1	1	C	1070	medium thermal	2.9	2
1	4	D	1070	medium thermal	4.84	2
2	2	A	45	medium thermal	6.21	2
2	1	B	45	medium thermal	4.33	2
2	3	C	45	medium thermal	3.95	2
2	4	D	45	medium thermal	7.32	2

LS精密化シェル

解像度: 2.087→2.141 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.392	94	-
R_work	0.312	1803	-
obs	-	-	52.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1573	-3.8298	4.6868	7.238	-4.7138	5.7141	0.3227	-0.4256	-0.5056	-0.1483	0.0701	0.2363	0.2659	-0.2125	-0.3928	0.3598	0.06	0.0684	0.283	-0.1134	0.1836	10.5111	-2.3618	54.5483
2	2.4994	0.5425	-0.2511	5.4495	-1.5566	2.626	0.0283	0.156	-0.331	-0.3903	-0.0279	-0.376	0.4023	0.3531	-0.0004	0.3563	0.1408	0.0405	0.2952	-0.0407	0.1881	22.47	-13.9308	40.2324
3	6.9468	3.715	-1.0885	6.4681	-2.2532	2.5039	-0.1239	0.5704	0.0159	-0.3559	0.1437	0.0454	-0.0439	0.01	-0.0198	0.3069	0.0932	-0.0053	0.2349	-0.0445	0.0132	17.1745	-2.1399	38.1987
4	4.0891	1.494	-1.4632	5.6449	-1.0861	2.397	0.2907	0.0922	0.0632	-0.0371	-0.175	-0.0382	-0.283	0.4204	-0.1158	0.3114	0.0979	0.0461	0.2826	-0.0759	0.0579	17.7906	2.404	47.5396
5	10.2068	-7.6787	4.2494	12.0148	-4.6106	6.3898	0.1221	0.3075	-0.1868	-0.7141	0.0766	0.3837	0.2836	-0.1628	-0.1986	0.2506	0.0194	0.0573	0.2794	-0.0852	0.1673	-7.2593	-14.1752	7.5473
6	6.2677	-0.6355	-0.0421	3.4227	1.2639	4.7445	0.1629	-0.1866	0.3693	-0.0181	0.0748	0.4192	-0.1766	-0.2816	-0.2377	0.2926	0.0882	0.0566	0.2203	0.0014	0.149	-16.9108	-0.7335	21.7799
7	7.8578	2.2589	1.1673	6.8522	-0.1432	4.3267	-0.047	-0.7466	-0.008	0.37	0.0937	-0.2468	-0.2886	0.23	-0.0467	0.2682	0.0944	0.0407	0.2713	-0.0654	0.0644	-5.6253	-6.6129	23.4042
8	5.1781	0.0496	0.8739	3.7108	0.5108	1.7586	-0.0597	-0.0028	0.2399	0.1206	0.2711	-0.3436	-0.4219	0.4059	-0.2114	0.3427	0.0729	0.101	0.2746	-0.0566	0.1035	-1.6649	-6.7585	13.6847
9	7.4492	4.0856	-3.2541	6.2457	-3.1461	5.5262	-0.0375	0.4507	0.1903	-0.0959	0.0962	0.0763	-0.1586	-0.1721	-0.0587	0.2904	-0.0095	0.0002	0.2202	-0.0948	0.1141	10.3328	12.4674	67.1744
10	1.3662	-0.3579	-0.5189	4.7993	-0.341	2.7907	-0.0005	-0.0801	0.3698	0.3302	-0.0091	-0.3198	-0.3863	0.3633	0.0096	0.3295	-0.1257	-0.0027	0.3237	-0.0529	0.1565	22.468	23.7585	81.5082
11	4.5807	-2.6906	0.9338	4.3773	-0.3131	2.2628	-0.0786	-0.5415	-0.1372	0.3586	0.1159	0.1122	0.0415	-0.0109	-0.0373	0.2814	-0.0881	0.0695	0.2438	-0.0468	0.0468	17.1193	12.0103	83.5316
12	0.9725	0.1547	1.2301	4.1395	-0.3692	1.6589	0.2085	0.0803	-0.1467	0.0286	-0.0344	-0.0654	0.2116	0.1978	-0.1741	0.2999	-0.0715	0.0134	0.3666	-0.0711	0.1056	18.254	7.5648	74.2717
13	4.1167	-0.0355	-0.9861	8.7908	-4.4628	6.3795	0.01	-0.352	-0.0702	0.4743	-0.0003	0.2158	-0.1158	-0.0396	-0.0097	0.352	-0.0757	-0.0533	0.3042	-0.11	0.2624	-7.433	24.4235	114.1812
14	4.5409	0.8704	0.7411	2.3712	1.1667	2.9532	0.1897	0.113	-0.4746	0.0617	0.1482	0.1539	0.1665	-0.2407	-0.3379	0.3295	-0.0168	-0.0348	0.3272	-0.0515	0.2243	-16.7708	10.6227	99.711
15	6.7423	-1.3418	-1.4751	8.5102	0.0289	5.6196	0.2671	0.6645	-0.1223	-0.4749	-0.0909	-0.4794	0.0741	0.214	-0.1762	0.2395	-0.0291	-0.0348	0.2837	-0.116	0.1281	-6.676	17.4947	98.3094
16	5.3891	0.2779	-1.1411	4.4674	-0.314	3.761	0.0622	0.0959	-0.4853	-0.0513	-0.0946	-0.5375	0.3585	0.4117	0.0324	0.3364	-0.0343	-0.114	0.3026	-0.0751	0.2243	-1.6559	17.7795	108.0807

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	185 - 229
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	230 - 270
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	271 - 313
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	314 - 367
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	185 - 229
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	230 - 270
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	271 - 313
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	314 - 367
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	185 - 229
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	230 - 270
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	271 - 313
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	314 - 367
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	185 - 229
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	230 - 270
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	271 - 313
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	314 - 367

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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