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- PDB-6umb: Crystal structure of TRIM7 B30.2 domain at 1.8 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6umb
タイトルCrystal structure of TRIM7 B30.2 domain at 1.8 angstrom resolution
要素(E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7) x 2
キーワードLIGASE / B30.2 / E3 ubiquitin ligase / PRY/SPRY / TRIM7
機能・相同性
機能・相同性情報


antiviral innate immune response / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / innate immune response / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
zinc finger of C3HC4-type, RING / Zinc finger, B-box, chordata / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger ...zinc finger of C3HC4-type, RING / Zinc finger, B-box, chordata / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / MALONATE ION / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Munoz Sosa, C.J. / Carrizo, M.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure and mutational analysis of the human TRIM7 B30.2 domain provide insights into the molecular basis of its binding to glycogenin-1.
著者: Munoz Sosa, C.J. / Issoglio, F.M. / Carrizo, M.E.
履歴
登録2019年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7
B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8326
ポリマ－40,4722
非ポリマー3604
水2,972165
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4543
ポリマ－20,2741
非ポリマー1802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3783
ポリマ－20,1981
非ポリマー1802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.360, 67.440, 85.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7 / Glycogenin-interacting protein / RING finger protein 90 / Tripartite motif-containing protein 7


分子量: 20274.066 Da / 分子数: 1 / 断片: B30.2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM7, GNIP, RNF90 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9C029, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7 / Glycogenin-interacting protein / RING finger protein 90 / Tripartite motif-containing protein 7


分子量: 20197.947 Da / 分子数: 1 / 断片: B30.2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM7, GNIP, RNF90 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9C029, RING-type E3 ubiquitin transferase
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: Sodium malonate pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50.42 Å / Num. obs: 33860 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 193627 / Scaling rejects: 1069
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.845.90.5461149819430.9170.240.5982.997.8
9.02-50.425.50.03418153280.9990.0150.03818.898.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N7I

4n7i


解像度: 1.8→45.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.918 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.125
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2234 1661 4.9 %RANDOM
Rwork0.1841 ---
obs0.1861 32144 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.85 Å2 / Biso mean: 24.54 Å2 / Biso min: 7.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.29 Å2-0 Å2
3---1.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→45.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2771 0 22 165 2958
Biso mean--27.78 30.18 -
残基数----345
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6851.653905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3681.5726058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2465349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.69719.704169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.91415441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6081532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02688
LS精密化 シェル解像度: 1.804→1.851 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 110 -
Rwork0.273 2299 -
all-2409 -
obs--97.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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