PDB-2xbn: Inhibition of the PLP-dependent enzyme serine palmitoyltransferas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xbn

タイトル

Inhibition of the PLP-dependent enzyme serine palmitoyltransferase by cycloserine: evidence for a novel decarboxylative mechanism of inactivation

要素

SERINE PALMITOYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / PYRIDOXAL PHOSPHATE

機能・相同性

機能・相同性情報

serine C-palmitoyltransferase / sphingolipid metabolic process / acyltransferase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

SPHINGOMONAS PAUCIMOBILIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Lowther, J. / Yard, B.A. / Johnson, K.A. / Carter, L.G. / Bhat, V.T. / Raman, M.C.C. / Clarke, D.J. / Ramakers, B. / McMahon, S.A. / Naismith, J.H. / Campopiano, D.J.

引用

ジャーナル: Mol.Biosystems / 年: 2010
タイトル: Inhibition of the Plp-Dependent Enzyme Serine Palmitoyltransferase by Cycloserine: Evidence for a Novel Decarboxylative Mechanism of Inactivation.
著者: Lowther, J. / Yard, B.A. / Johnson, K.A. / Carter, L.G. / Bhat, V.T. / Raman, M.C.C. / Clarke, D.J. / Ramakers, B. / Mcmahon, S.A. / Naismith, J.H. / Campopiano, D.J.

履歴

登録	2010年4月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xbn.cif.gz	168.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xbn.ent.gz	133.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xbn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xbn_validation.pdf.gz	417.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xbn_full_validation.pdf.gz	418.2 KB	表示
XML形式データ	2xbn_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	2xbn_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/2xbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/2xbn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jg2 2jgt 2w8j 2w8t 2w8u 2w8v 2w8w
類似構造データ	2w8t-1 2jjg-1 1mgv-d 1s08-d 4jex-d 2w8w-1 4jez-d 6ed7-3 3qn3-3 2e7u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SERINE PALMITOYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SERINE PALMITOYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: SERINE PALMITOYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
92.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.141, 107.651, 90.106
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	SERINE PALMITOYLTRANSFERASE / SPT / SPT1 分子量: 46030.555 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-420 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SPHINGOMONAS PAUCIMOBILIS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93UV0
#2: 化合物	ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸分子量: 248.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃N₂O₅P
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	HIS TAG AT C-TERMINUS, M1 NOT PRESENT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.13 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→34 Å / Num. obs: 66128 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 88.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→34.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 1.975 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE PDB FILE WAS REFINED WITH THE TLS PARAMETERS SEPARATELY (NOT INCLUDED IN ANISO RECORDS), THE R-FACTORS RELATE TO THIS METHOD OF ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18109	3527	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15577	-	-	-
obs	0.15704	66128	98.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 3.084 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→34.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3006	0	17	298	3321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.164	1.97	4229
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.835	3	5151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.343	5	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.878	23.643	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.952	15	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.484	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3519
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	633
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.524	1.5	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.145	1.5	829
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.913	2	3175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.914	3	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.961	4.5	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.598	3	5233
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.402→1.438 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	240	-
R_work	0.213	4339	-
obs	-	-	88.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2936	0.6497	5.2982	6.178	6.3079	14.5812	-0.109	-0.0723	-0.0537	0.712	0.1965	0.0834	0.3887	-0.0001	-0.0874	0.3247	-0.0553	0.071	0.2572	0.0006	0.1622	-14.655	4.586	40.279
2	0.7271	0.0271	-0.0973	0.4732	0.2088	1.3135	-0.0161	-0.1362	0.1143	0.1079	-0.0195	0.0004	-0.1033	-0.0739	0.0356	0.1474	-0.0001	0.0041	0.1548	-0.0303	0.1598	1.325	29.907	37.521
3	0.6466	-0.388	0.2063	1.2148	-0.1181	0.5386	0.0203	0.0052	-0.0048	0.0279	-0.0083	-0.1228	0.0793	0.0915	-0.012	0.1145	0.0062	0.0215	0.1413	-0.002	0.1261	14.453	11.58	23.388
4	1.4242	-0.3311	-0.1728	1.4897	0.2678	1.8517	-0.1275	-0.1852	0.0171	0.2929	0.1211	-0.1726	0.1728	0.1107	0.0064	0.1926	0.0205	-0.0486	0.1721	-0.0489	0.1334	12.995	21.586	47.771
5	1.2714	-0.3424	-0.2331	3.0485	-0.3041	2.4103	-0.1184	-0.1076	-0.0769	0.2788	0.114	-0.0917	0.2412	-0.0587	0.0044	0.2007	0.0238	-0.0263	0.1851	-0.0288	0.1397	8.225	20.801	48.425
6	19.1599	-2.3648	-7.045	20.1808	4.3474	15.3762	0.0995	-0.7024	-0.3483	3.2782	0.0533	-0.785	0.9437	-0.3259	-0.1528	0.8883	-0.0512	-0.1134	0.3458	-0.016	0.1445	6.719	20.317	62.778
7	56.8748	-7.5718	32.6016	12.8843	-10.3531	16.854	0.9577	-0.8955	0.6825	-0.2401	-1.0369	0.1069	0.6348	-0.0165	0.0792	0.0689	-0.0469	-0.0775	0.127	0.0571	0.1409	7.138	14.992	30.226

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	22 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	38 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	95 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	312 - 374
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	375 - 411
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	412 - 419
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	1420

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