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- PDB-3qn3: Phosphopyruvate hydratase from Campylobacter jejuni. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qn3
タイトルPhosphopyruvate hydratase from Campylobacter jejuni.
要素Enolase
キーワードLYASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / enolase / glycolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Phosphopyruvate hydratase from Campylobacter jejuni.
著者: Osipiuk, J. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Enolase
B: Enolase
C: Enolase
D: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,16318
ポリマ－181,0284
非ポリマー1,13414
水13,962775
1
A: Enolase
B: Enolase
C: Enolase
D: Enolase
ヘテロ分子

A: Enolase
B: Enolase
C: Enolase
D: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)364,32536
ポリマ－362,0578
非ポリマー2,26928
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area29170 Å2
ΔGint-295 kcal/mol
Surface area105740 Å2
手法PISA
2
A: Enolase
B: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9878
ポリマ－90,5142
非ポリマー4736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area29160 Å2
手法PISA
3
C: Enolase
D: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,17510
ポリマ－90,5142
非ポリマー6618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area29210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.470, 148.886, 234.719
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase


分子量: 45257.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
株: subsp. jejuni NCTC 11168 / 遺伝子: Cj1672c, eno / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42448, phosphopyruvate hydratase

-
非ポリマー , 5種, 789分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M imidazole buffer, 35% MPD, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月19日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→35.9 Å / Num. all: 115778 / Num. obs: 115778 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 42.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.608 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.13-2.174.10.7551.9557341.34899.1
2.17-2.214.70.63457291.40898.8
2.21-2.255.20.57157301.51598.5
2.25-2.295.50.55457751.60798.5
2.29-2.345.50.43956491.64698.3
2.34-2.45.50.40857731.66898.2
2.4-2.465.60.3856901.64998.4
2.46-2.535.60.32957631.68498.2
2.53-2.65.60.27656801.70497.9
2.6-2.685.70.23457001.76698
2.68-2.785.70.20357241.73297.9
2.78-2.895.80.17757361.77198
2.89-3.025.90.14957411.75297.7
3.02-3.1860.12257341.72898.1
3.18-3.386.10.09758341.68899.2
3.38-3.646.20.08258741.59199.7
3.64-4.016.50.0758951.51199.9
4.01-4.596.90.06259311.484100
4.59-5.787.20.05759681.42299.9
5.78-506.90.04961181.49599.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PA6

2pa6


解像度: 2.13→35.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 10.56 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2159 5674 5 %RANDOM
Rwork0.1761 ---
all0.1781 113627 --
obs0.1781 113627 96.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.79 Å2 / Biso mean: 36.2297 Å2 / Biso min: 16.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.03 Å20 Å20 Å2
2---1.28 Å20 Å2
3----1.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→35.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12628 0 69 775 13472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02213273
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5011.97518007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.973322010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.07751780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.72625.192624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.138152386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2881584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.22042
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7881.58385
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2061.53483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.393213449
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3334888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7014.54495
LS精密化 シェル解像度: 2.127→2.182 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 368 -
Rwork0.258 7368 -
all-7736 -
obs-7736 90 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4225-0.0352-0.14040.75130.11790.6356-0.03810.00690.00640.17170.03220.02470.15670.02340.00590.0785-0.01150.01240.06010.00740.026935.492-29.464732.7327
20.5871-0.09930.10191.01840.08080.5026-0.0393-0.0458-0.00910.27970.03280.1337-0.0224-0.0930.00650.1035-0.01150.05770.0877-0.00260.048326.8334-0.075244.1682
30.47740.0722-0.1340.7243-0.00360.72780.02880.02340.00030.1618-0.01170.0571-0.13680.0267-0.01710.0706-0.00950.03510.0582-0.00660.04635.528732.806929.4019
40.67070.0064-0.10090.8334-0.1210.8810.0608-0.00050.021-0.0053-0.01960.1447-0.2085-0.0742-0.04120.0680.03210.02720.0521-0.00330.073126.506744.19920.1239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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