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- PDB-4a3r: Crystal structure of Enolase from Bacillus subtilis. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a3r
タイトルCrystal structure of Enolase from Bacillus subtilis.
要素ENOLASE
キーワードLYASE / GLYCOLYSIS / DEGRADOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Enolase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Newman, J.A. / Hewitt, L. / Rodrigues, C. / Solovyova, A.S. / Harwood, C.R. / Lewis, R.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Dissection of the Network of Interactions that Links RNA Processing with Glycolysis in the Bacillus Subtilis Degradosome.
著者: Newman, J.A. / Hewitt, L. / Rodrigues, C. / Solovyova, A.S. / Harwood, C.R. / Lewis, R.J.
履歴
登録2011年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOLASE
B: ENOLASE
C: ENOLASE
D: ENOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,7437
ポリマ－186,5054
非ポリマー2383
水14,196788
1
A: ENOLASE
B: ENOLASE

A: ENOLASE
B: ENOLASE

A: ENOLASE
B: ENOLASE

A: ENOLASE
B: ENOLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)373,0098
ポリマ－373,0098
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area24070 Å2
ΔGint-46.4 kcal/mol
Surface area107390 Å2
手法PISA
2
C: ENOLASE
D: ENOLASE
ヘテロ分子

C: ENOLASE
D: ENOLASE
ヘテロ分子

C: ENOLASE
D: ENOLASE
ヘテロ分子

C: ENOLASE
D: ENOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)373,96220
ポリマ－373,0098
非ポリマー95212
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area27120 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area105040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.074, 187.074, 56.501
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9466, 0.3225, -0.007375), (0.3225, -0.9466, -0.001068), (-0.007326, -0.001368, -1)
ベクター: -0.00329, -0.06473, -6.69889)

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要素

#1: タンパク質
ENOLASE / 2-PHOSPHO-D-GLYCERATE HYDRO-LYASE / 2-PHOSPHOGLYCERATE DEHYDRATASE


分子量: 46626.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P37869, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 788 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.0 M TRI-SODIUM CITRATE 0.1 M, NA CACODYLATE PH 6.5 .

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9804
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9804 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 96029 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IYX

1iyx


解像度: 2.2→19.83 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 4530 5 %
Rwork0.1738 --
obs0.176 90492 90.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.163 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.2044 Å20 Å20 Å2
2---5.2044 Å20 Å2
3---10.4088 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13032 0 15 788 13835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07217929
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6934873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072032
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2250.36351110.28952315X-RAY DIFFRACTION74
2.225-2.25110.35691340.25352376X-RAY DIFFRACTION75
2.2511-2.27850.26461220.24692443X-RAY DIFFRACTION78
2.2785-2.30730.29731270.24652492X-RAY DIFFRACTION79
2.3073-2.33760.32831440.23712513X-RAY DIFFRACTION80
2.3376-2.36960.28271240.23612631X-RAY DIFFRACTION83
2.3696-2.40340.29451430.23472747X-RAY DIFFRACTION87
2.4034-2.43920.29321450.22222755X-RAY DIFFRACTION87
2.4392-2.47730.26011380.21662725X-RAY DIFFRACTION87
2.4773-2.51780.28091270.20392859X-RAY DIFFRACTION91
2.5178-2.56110.26361540.20472866X-RAY DIFFRACTION90
2.5611-2.60760.23771710.19632850X-RAY DIFFRACTION92
2.6076-2.65760.23741480.19992942X-RAY DIFFRACTION94
2.6576-2.71180.26411450.23009X-RAY DIFFRACTION95
2.7118-2.77060.24671790.18182940X-RAY DIFFRACTION95
2.7706-2.83480.22771480.18323072X-RAY DIFFRACTION95
2.8348-2.90550.23381630.19033009X-RAY DIFFRACTION97
2.9055-2.98380.2261740.17673033X-RAY DIFFRACTION96
2.9838-3.07130.24011690.17253049X-RAY DIFFRACTION97
3.0713-3.17010.21771500.1723106X-RAY DIFFRACTION97
3.1701-3.28290.21991400.16813094X-RAY DIFFRACTION97
3.2829-3.41370.20821670.1613087X-RAY DIFFRACTION98
3.4137-3.56820.19441460.15163077X-RAY DIFFRACTION97
3.5682-3.75510.19011480.14773098X-RAY DIFFRACTION96
3.7551-3.98860.1741880.1393000X-RAY DIFFRACTION95
3.9886-4.29370.1691680.13142985X-RAY DIFFRACTION94
4.2937-4.72050.15721630.12682986X-RAY DIFFRACTION93
4.7205-5.39150.19041660.14242954X-RAY DIFFRACTION93
5.3915-6.7480.20521660.17152974X-RAY DIFFRACTION92
6.748-19.83060.17461620.15982975X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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