PDB-4a3s: Crystal structure of PFK from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a3s

タイトル

Crystal structure of PFK from Bacillus subtilis

要素

6-PHOSPHOFRUCTOKINASE

キーワード

TRANSFERASE / GLYCOLYSIS / DEGRADOSOME

機能・相同性

機能・相同性情報

6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Newman, J.A. / Hewitt, L. / Rodrigues, C. / Solovyova, A.S. / Harwood, C.R. / Lewis, R.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Dissection of the Network of Interactions that Links RNA Processing with Glycolysis in the Bacillus Subtilis Degradosome.
著者: Newman, J.A. / Hewitt, L. / Rodrigues, C. / Solovyova, A.S. / Harwood, C.R. / Lewis, R.J.

履歴

登録	2011年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月3日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a3s.cif.gz	245.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a3s.ent.gz	200.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a3s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4a3s_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a3s_full_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示
XML形式データ	4a3s_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	4a3s_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/4a3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/4a3s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a3rC 6pfkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1mto-2 1mto-1 3u39-d 4i36-d 3pfk-1 1zxx-1 4i7e-d 4pfk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE

B: 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE

68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE

B: 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-x+1,-y+1,z	1
crystal symmetry operation	4_466	x-1/2,-y+3/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	3_646	-x+3/2,y-1/2,-z+1	1

2

B: 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE

A: 6-PHOSPHOFRUCTOKINASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_775	-x+2,-y+2,z	1
crystal symmetry operation	3_656	-x+3/2,y+1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_566	x+1/2,-y+3/2,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.429, 77.007, 101.633
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:319 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1:319 )

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9943, -0.104, -0.02233), (0.1039, 0.9946, -0.00547), (0.02277, 0.003118, 0.9997)
ベクター: -40.7363, -48.1891, -54.0556)

#1: タンパク質	6-PHOSPHOFRUCTOKINASE / PHOSPHOFRUCTOKINASE / PHOSPHOHEXOKINASE 分子量: 34303.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O34529, 6-phosphofructokinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 100 MM NA HEPES PH 7.0, 12% (W/V) PEG 6000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9804
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9804 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→45 Å / Num. obs: 35387 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 6PFK

6pfk

解像度: 2.3→45.736 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2755	1815	5.1 %
R_work	0.2293	-	-
obs	0.2317	35379	97.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 28.657 Å² / k_sol: 0.321 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	14.8124 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.7195 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.0929 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.736 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4814	0	0	178	4992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4882
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.193	6576
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.43	1816
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	748
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	854

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2407	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2407	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3622	0.3291	104	0.2795	2051	X-RAY DIFFRACTION	78
2.3622-2.4317	0.3571	120	0.2785	2321	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4317-2.5102	0.3326	153	0.2653	2494	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5102-2.5999	0.323	125	0.2488	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5999-2.704	0.2999	133	0.2324	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.704-2.827	0.281	169	0.233	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.827-2.976	0.3265	129	0.2313	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.976-3.1624	0.3026	149	0.2432	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1624-3.4065	0.2618	137	0.2458	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4065-3.7492	0.2504	134	0.228	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7492-4.2914	0.281	145	0.2146	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2914-5.4053	0.2369	166	0.2026	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4053-45.7448	0.2279	151	0.2065	2837	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0806	-0.0692	0.0167	0.1112	0.0267	0.0374	-0.014	-0.0367	-0.0981	-0.0755	-0.0019	-0.1445	0.0177	0.0239	0.0189	0.2467	-0.0093	0.0332	-0.068	0.0751	0.1132	68.3353	13.4669	32.3928
2	0.008	0.0064	-0.0032	0.0062	0.0108	0.0287	0.0145	0.001	0.0107	-0.0002	0.0007	-0.0023	0.0327	-0.0573	-0.0225	0.0063	-0.0186	-0.0253	0.0988	0.0346	0.06	67.0087	32.9763	36.0723
3	0.0126	-0.0032	-0.0042	0.0122	-0.0155	0.0244	-0.0069	-0.0223	0.0079	0.0132	0.0164	-0.0551	-0.0179	-0.0191	0.0202	0.0361	-0.0316	-0.0539	0.079	0.0045	0.0935	64.1499	46.1751	42.6662
4	0.0922	0.0929	0.0263	0.1364	-0.019	0.1805	-0.0881	-0.0433	0.0578	0.0043	-0.0627	-0.0775	-0.0735	-0.041	-0.4077	0.0284	-0.0529	-0.0097	-0.1087	0.0108	0.074	66.7238	40.5915	39.1761
5	0.0216	0.0117	-0.0038	0.0161	0.0062	0.0083	-0.0083	0.0134	-0.0204	-0.001	0.0068	-0.009	-0.015	0.0094	0.0113	0.0622	-0.0371	-0.0563	0.0743	0.0213	0.0999	73.2253	50.5582	38.512
6	0.0313	-0.0052	0.0071	0.1127	0.0082	0.0557	-0.0534	-0.118	0.0077	0.1114	-0.0176	-0.04	-0.0959	-0.0013	-0.2637	0.3448	0.0473	-0.2306	-0.1866	0.1876	-0.0715	116.8296	50.2571	83.6568
7	0.0133	0.0161	0.0087	0.0183	0.012	0.0104	0.0896	-0.0034	-0.0647	0.0603	0.0368	-0.0155	0.1076	0.0172	0.1476	0.3435	-0	-0.2642	0.0852	0.0446	0.1725	117.6242	69.7979	87.2393
8	0.0447	0.0215	0.0136	0.0303	0.0182	0.0143	-0.0258	-0.0975	0.0859	0.1221	-0.0251	-0.0307	-0.041	0.0038	0.0168	0.6595	-0.0614	-0.1555	0.0495	-0.0727	0.1617	112.576	86.0345	95.5044
9	0.0012	0.001	0.0044	0.0019	0.0009	0.0023	0.006	-0.002	0.0116	0.0046	0.0165	-0.0107	0.0044	-0.0002	0.0165	0.1735	0.0595	-0.2249	-0.0871	0.0583	0.1912	130.345	62.2077	81.5652
10	0.03	0.0166	0.0305	0.0097	0.0124	0.0635	-0.064	-0.0072	0.0456	0.0579	-0.0125	0.0039	-0.0396	-0.0195	0.0419	0.4816	-0.0418	-0.0838	0.261	-0.0525	0.3272	124.7715	89.3936	88.7259

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:103)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 104:161)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 162:197)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 198:302)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 303:319)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 1:103)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 104:161)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 162:261)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 262:305)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 306:319)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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