+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xbi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Schistosoma mansoni Thioredoxin at 1.6 Angstrom | ||||||
![]() | THIOREDOXIN | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PROTEIN DISULFIDE REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Boumis, G. / Miele, A.E. / Dimastrogiovanni, D. / Angelucci, F. / Bellelli, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Characterization of Schistosoma Mansoni Thioredoxin. 著者: Boumis, G. / Angelucci, F. / Bellelli, A. / Brunori, M. / Dimastrogiovanni, D. / Miele, A.E. #1: ![]() タイトル: Mapping the Catalytic Cycle of Schistosoma Mansoni Thioredoxin Glutathione Reductase by X-Ray Crystallography. 著者: Angelucci, F. / Dimastrogiovanni, D. / Boumis, G. / Brunori, M. / Miele, A.E. / Saccoccia, F. / Bellelli, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 23.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12085.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: CDNA FROM ADULT SCHISTOSOMA MANSONI / プラスミド: PGEX-4T1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | GS AT N-TERMINUS COME FROM THROMBIN CLEAVAGE OF THE EXPRESSION |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: 0.1M BISTRIS, PH 6.5, 45% POLYPROPYLENE GLYCOL P400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→36.01 Å / Num. obs: 14224 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 9.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 99.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1XWA 解像度: 1.6→36.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 1.809 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.734 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.01 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|