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- PDB-2xac: Structural Insights into the Binding of VEGF-B by VEGFR-1D2: Reco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xac
タイトルStructural Insights into the Binding of VEGF-B by VEGFR-1D2: Recognition and Specificity
要素
  • VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR B
  • VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
キーワードTRANSFERASE/SIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX / ANGIOGENESIS / CYSTEINE-KNOT PROTEIN / MITOGEN / TRANSFERASE / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular endothelial growth factor receptor-1 signaling pathway / positive regulation of vascular wound healing / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / hyaloid vascular plexus regression / positive regulation of mast cell chemotaxis / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / embryonic morphogenesis ...vascular endothelial growth factor receptor-1 signaling pathway / positive regulation of vascular wound healing / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / hyaloid vascular plexus regression / positive regulation of mast cell chemotaxis / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / embryonic morphogenesis / induction of positive chemotaxis / protein O-linked glycosylation / coronary vasculature development / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / sprouting angiogenesis / blood vessel morphogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / growth factor binding / chemoattractant activity / monocyte chemotaxis / positive regulation of cell division / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cardiac muscle contraction / positive regulation of endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAP kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / platelet alpha granule lumen / growth factor activity / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of angiogenesis / Platelet degranulation / cell migration / actin cytoskeleton / heparin binding / protein autophosphorylation / negative regulation of neuron apoptotic process / cell differentiation / response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / endosome / positive regulation of cell migration / negative regulation of gene expression / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor receptor 1 (VEGFR1) / VEGFR-2, transmembrane domain / : / : / : / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / PDGF/VEGF domain ...Vascular endothelial growth factor receptor 1 (VEGFR1) / VEGFR-2, transmembrane domain / : / : / : / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Ribbon / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor receptor 1 / Vascular endothelial growth factor B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Iyer, S. / Darley, P. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Insights Into the Binding of Vegf-B by Vegfr-1D2: Recognition and Specificity
著者: Iyer, S. / Darley, P. / Acharya, K.R.
履歴
登録2010年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR B
B: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR B
C: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
X: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8265
ポリマ－44,7344
非ポリマー921
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-45.2 kcal/mol
Surface area20920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.212, 65.526, 82.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR B / VEGF-B / VEGF-RELATED FACTOR / VRF


分子量: 11157.050 Da / 分子数: 2 / 断片: RECEPTOR-BINDING DOMAIN, RESIDUES 31-129 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-32 XA/LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTAGAMI B (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P49765
#2: タンパク質 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 / VEGFR-1 / VASCULAR PERMEABILITY FACTOR RECEPTOR / TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR FLT / TYROSINE- ...VEGFR-1 / VASCULAR PERMEABILITY FACTOR RECEPTOR / TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR FLT / TYROSINE-PROTEIN KINASE FRT / FLT-1 / FMS-LIKE TYROSINE KINASE 1


分子量: 11209.933 Da / 分子数: 2 / 断片: DOMAIN 2, RESIDUES 129-226 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CODONPLUS-RIPL / 参照: UniProt: P17948, receptor protein-tyrosine kinase
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 14% PEG 4000, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.6 AND 0.2M LICL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→40 Å / Num. obs: 11510 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.71→2.85 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 47.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASERFOR MR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2C7W AND 1FLT

2c7w

1flt


解像度: 2.71→32.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.871 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.801 / SU B: 25.128 / SU ML: 0.519 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.606 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.364 476 4.9 %RANDOM
Rwork0.282 ---
obs0.286 9289 85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.06 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→32.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2974 0 6 33 3013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223050
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1131.9794140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8035384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.1723.534116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.88415537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6631522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3171.51928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.58323149
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.58131122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0344.5991
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5 18 -
Rwork0.445 330 -
obs--41.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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