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万見
- PDB-4ysk: Crystal structure of apo-form SdoA from Pseudomonas putida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ysk
タイトルCrystal structure of apo-form SdoA from Pseudomonas putida
要素Beta-lactamase domain protein
キーワードHYDROLASE / Sulfur dioxygenase / persulfide dioxygenase / SdoA
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen sulfide metabolic process / sulfur dioxygenase activity / glutathione metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Persulfide dioxygenase-like, MBL-fold metallo-hydrolase domain / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Beta-lactamase domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.466 Å
データ登録者Sattler, S.A. / Wang, X. / DeHan, P.J. / Xun, L. / Kang, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Characterizations of Two Bacterial Persulfide Dioxygenases of the Metallo-beta-lactamase Superfamily.
著者: Sattler, S.A. / Wang, X. / Lewis, K.M. / DeHan, P.J. / Park, C.M. / Xin, Y. / Liu, H. / Xian, M. / Xun, L. / Kang, C.
履歴
登録2015年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase domain protein
B: Beta-lactamase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4724
ポリマ－65,3602
非ポリマー1122
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area22150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.505, 79.505, 94.523
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase domain protein


分子量: 32680.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain F1 / ATCC 700007) (バクテリア)
株: F1 / ATCC 700007 / 遺伝子: Pput_0068 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5VWI3
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200 mM Ammonium acetate, 100 mM HEPES (pH 7.5), and 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 20723 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 42.143

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.466→40.626 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2623 2006 9.7 %
Rwork0.2136 --
obs0.2185 20682 97.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.466→40.626 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4500 0 2 131 4633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6416388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6471704
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025717
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003851
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4658-2.52750.4011970.2948867X-RAY DIFFRACTION65
2.5275-2.59580.34391440.30961370X-RAY DIFFRACTION99
2.5958-2.67220.34521430.30441361X-RAY DIFFRACTION100
2.6722-2.75840.40621520.27721375X-RAY DIFFRACTION100
2.7584-2.8570.35581470.26461360X-RAY DIFFRACTION100
2.857-2.97130.34681410.26411344X-RAY DIFFRACTION100
2.9713-3.10650.31441420.2581366X-RAY DIFFRACTION100
3.1065-3.27020.25071460.24411374X-RAY DIFFRACTION100
3.2702-3.4750.33761450.22961372X-RAY DIFFRACTION100
3.475-3.74310.27561500.20991368X-RAY DIFFRACTION100
3.7431-4.11950.21831470.19671375X-RAY DIFFRACTION100
4.1195-4.71480.21351510.15971369X-RAY DIFFRACTION100
4.7148-5.93720.20991490.17311382X-RAY DIFFRACTION100
5.9372-40.63110.20771520.17771393X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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