[日本語] English
万見
- PDB-2x7z: Crystal Structure of the SAP97 PDZ2 I342W C378A mutant protein domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x7z
タイトルCrystal Structure of the SAP97 PDZ2 I342W C378A mutant protein domain
要素DISKS LARGE HOMOLOG 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / SH3 DOMAIN / PHOSPHOPROTEIN / SYNAPTIC PROTEIN / HOST-VIRUS INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


L27 domain binding / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / MPP7-DLG1-LIN7 complex / regulation of potassium ion export across plasma membrane / membrane raft organization / establishment of centrosome localization / hard palate development / GMP kinase activity / structural constituent of postsynaptic density ...L27 domain binding / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / MPP7-DLG1-LIN7 complex / regulation of potassium ion export across plasma membrane / membrane raft organization / establishment of centrosome localization / hard palate development / GMP kinase activity / structural constituent of postsynaptic density / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / NrCAM interactions / astral microtubule organization / embryonic skeletal system morphogenesis / negative regulation of p38MAPK cascade / reproductive structure development / immunological synapse formation / lateral loop / receptor localization to synapse / myelin sheath abaxonal region / peristalsis / regulation of sodium ion transmembrane transport / smooth muscle tissue development / bicellular tight junction assembly / cortical microtubule organization / cell projection membrane / protein localization to synapse / Synaptic adhesion-like molecules / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / positive regulation of potassium ion transport / Trafficking of AMPA receptors / protein-containing complex localization / node of Ranvier / amyloid precursor protein metabolic process / endothelial cell proliferation / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / cortical actin cytoskeleton organization / lens development in camera-type eye / regulation of myelination / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of actin filament polymerization / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / receptor clustering / establishment or maintenance of cell polarity / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / phosphoprotein phosphatase activity / Long-term potentiation / basement membrane / immunological synapse / intercalated disc / bicellular tight junction / lateral plasma membrane / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / potassium channel regulator activity / phosphatase binding / T cell proliferation / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / actin filament polymerization / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / actin filament organization / protein localization to plasma membrane / regulation of membrane potential / adherens junction / positive regulation of protein localization to plasma membrane / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / synaptic membrane / postsynaptic density membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neuromuscular junction / sarcolemma / cell-cell adhesion / cytoplasmic side of plasma membrane / kinase binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell junction / cell-cell junction / nervous system development / regulation of cell shape / RAF/MAP kinase cascade / basolateral plasma membrane / chemical synaptic transmission / molecular adaptor activity / microtubule / transmembrane transporter binding / neuron projection / cadherin binding / apical plasma membrane / membrane raft / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse
類似検索 - 分子機能
L27-1 / L27_1 / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors ...L27-1 / L27_1 / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / SH3 domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / AMMONIUM ION / Disks large homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Haq, S.R. / Jurgens, M.C. / Chi, C.N. / Elfstrom, L. / Koh, C.S. / Selmer, M. / Gianni, S. / Jemth, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The Plastic Energy Landscape of Protein Folding: A Triangular Folding Mechanism with an Equilibrium Intermediate for a Small Protein Domain.
著者: Haq, S.R. / Jurgens, M.C. / Chi, C.N. / Elfstrom, L. / Koh, C.S. / Selmer, M. / Gianni, S. / Jemth, P.
履歴
登録2010年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DISKS LARGE HOMOLOG 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5713
ポリマ－10,4841
非ポリマー872
水1,47782
1
A: DISKS LARGE HOMOLOG 1
ヘテロ分子

A: DISKS LARGE HOMOLOG 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1426
ポリマ－20,9682
非ポリマー1744
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area2180 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area11230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.905, 47.905, 123.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

-
要素

#1: タンパク質 DISKS LARGE HOMOLOG 1 / SYNAPSE-ASSOCIATED PROTEIN 97 / SAP97 / SAP-97 / HDLG


分子量: 10484.023 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ2 DOMAIN, RESIDUES 260-356 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PRSET-SAP97-PDZ2-I342W-C378A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q12959
#2: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.4
詳細: VAPOR DIFFUSION, 100MM TRIS-HCL PH 8.4, 2.4M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.9 Å / Num. obs: 10153 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 31.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 20.8 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 15.4 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AWU

2awu


解像度: 2→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.174 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23236 516 5 %RANDOM
Rwork0.19381 ---
obs0.19576 9801 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.951 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数738 0 6 82 826
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.022755
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6911.9821017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.556598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.52826.92326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15415138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0441.5487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7642781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9993268
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0564.5236
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 36 -
Rwork0.212 686 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.8916 Å / Origin y: -4.2617 Å / Origin z: 10.8723 Å
111213212223313233
T0.0267 Å20.0149 Å2-0.003 Å2-0.0782 Å20.0209 Å2--0.0717 Å2
L4.3035 °2-0.5061 °2-0.8472 °2-1.3123 °20.6062 °2--4.6422 °2
S-0.0756 Å °-0.0212 Å °-0.0649 Å °0.0685 Å °0.0399 Å °-0.2384 Å °0.2071 Å °0.534 Å °0.0357 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る