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万見
- PDB-2x56: Yersinia Pestis Plasminogen Activator Pla (Native) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x56
タイトルYersinia Pestis Plasminogen Activator Pla (Native)
要素COAGULASE/FIBRINOLYSIN
キーワードHYDROLASE / TRANSMEMBRANE / ASPARTYL PROTEASE / CELL OUTER MEMBRANE / OMPTIN / PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


plasminogen activator Pla / cell outer membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
OMPT-like / Aspartyl proteases, omptin family signature 2. / Peptidase A26, omptin / Peptidase A26, omptin, conserved site / Omptin family / Aspartyl proteases, omptin family signature 1. / Outer membrane adhesin/peptidase omptin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasminogen activator
類似検索 - 構成要素
生物種YERSINIA PESTIS (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Eren, E. / Murphy, M. / Goguen, J. / van den Berg, B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: An Active Site Water Network in the Plasminogen Activator Pla from Yersinia Pestis
著者: Eren, E. / Murphy, M. / Goguen, J. / van den Berg, B.
履歴
登録2010年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation_author / entity_src_gen
Item: _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 13-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 14-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAGULASE/FIBRINOLYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,17219
ポリマ－32,6561
非ポリマー5,51618
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.241, 140.241, 130.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2081-

HOH

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要素

#1: タンパク質 COAGULASE/FIBRINOLYSIN / PLA / PLASMINOGEN ACTIVATOR


分子量: 32655.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / プラスミド: PB22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P17811, plasminogen activator Pla
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 77 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.8 / 詳細: 27% PEG 400, 0.1 M LISO4, 0.1 M LI CITRATE, PH 4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 31644 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 35.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PLA NATIVE OSMIUM DERIVATIVE

解像度: 2.3→19.97 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 20.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 1854 5.9 %
Rwork0.199 --
obs0.201 31644 92.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.24 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0133 Å20 Å20 Å2
2--3.0133 Å20 Å2
3----6.0265 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2173 0 194 135 2502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072409
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2173188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.772899
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2964-2.35840.23821200.21561959X-RAY DIFFRACTION81
2.3584-2.42770.25431380.21012141X-RAY DIFFRACTION88
2.4277-2.50590.25461340.21722122X-RAY DIFFRACTION87
2.5059-2.59530.24711340.20782133X-RAY DIFFRACTION88
2.5953-2.69890.2131350.19442226X-RAY DIFFRACTION90
2.6989-2.82150.25141350.19122263X-RAY DIFFRACTION93
2.8215-2.96980.23031440.18642247X-RAY DIFFRACTION92
2.9698-3.15520.21821460.17812337X-RAY DIFFRACTION95
3.1552-3.39770.19191480.16842386X-RAY DIFFRACTION97
3.3977-3.73760.19681540.16292441X-RAY DIFFRACTION98
3.7376-4.27380.18751540.18512453X-RAY DIFFRACTION98
4.2738-5.36710.18991490.1752479X-RAY DIFFRACTION97
5.3671-19.96740.26031630.24562603X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1520.2357-0.11290.41130.10760.5413-0.0199-0.0096-0.1178-0.0599-0.0297-0.0740.01640.01540.04290.0839-0.0004-0.00190.10210.02330.0578-15.686758.8349.6027
20.6271-0.06860.29190.31310.04161.3570.012-0.00050.0675-0.05590.008-0.08090.2197-0.0662-0.01230.0543-0.0356-0.0030.11170.04270.0613-14.883658.93977.8329
30.6473-0.0781.05140.62810.02161.7138-0.04170.55160.32610.0749-0.0785-0.06870.08270.77490.11680.06610.007-0.00740.43630.07550.10994.461563.644119.737
41.10440.4136-0.15730.21410.01640.2755-0.04850.20.13180.01120.00560.0299-0.00390.01580.03470.1163-0.0696-0.00180.19510.03610.1339-12.675162.4997.9392
52.48361.21820.19510.89410.41490.2386-0.01650.4659-0.2565-0.08930.0901-0.16550.04370.0211-0.0720.1262-0.064-0.01340.18020.00280.1397-15.843456.73655.6678
62.99770.24870.3810.93320.44990.65540.19410.0995-0.22080.1112-0.2405-0.01090.0919-0.02970.03760.1117-0.053-0.02050.12550.02360.1059-27.51651.484713.1
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 5:53)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 54:134)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 135:161)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 162:216)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 217:280)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 281:292)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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