[日本語] English
万見
- PDB-2x52: CRYSTAL STRUCTURE OF WHEAT GERM AGGLUTININ ISOLECTIN 3 IN COMPLEX... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x52
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF WHEAT GERM AGGLUTININ ISOLECTIN 3 IN COMPLEX WITH A SYNTHETIC DIVALENT CARBOHYDRATE LIGAND
要素AGGLUTININ ISOLECTIN 3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CHITIN-BINDING / PROTEIN-CARBOHYDRATE INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Endochitinase-like / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GYT / Agglutinin isolectin 3
類似検索 - 構成要素
生物種TRITICUM AESTIVUM (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Schwefel, D. / Maierhofer, C. / Wittmann, V. / Diederichs, K. / Welte, W.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Multivalent Binding to Wheat Germ Agglutinin.
著者: Schwefel, D. / Maierhofer, C. / Beck, J.G. / Seeberger, S. / Diederichs, K. / Moller, H.M. / Welte, W. / Wittmann, V.
履歴
登録2010年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2010年2月23日ID: 2UWZ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年3月11日Group: Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AGGLUTININ ISOLECTIN 3
B: AGGLUTININ ISOLECTIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3937
ポリマ－34,4422
非ポリマー2,9515
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8750 Å2
ΔGint-34.5 kcal/mol
Surface area15300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.330, 101.330, 144.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質 AGGLUTININ ISOLECTIN 3 / WHEAT GERM AGGLUTININ ISOLECTIN 3 / WGA3


分子量: 17221.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P10969
#2: 化合物
ChemComp-GYT / BIS-(2-ACETAMIDO-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYLOXYCARBONYL)-4,7,10-TRIOXA-1,13-TRIDECANEDIAMINE


分子量: 714.713 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H50N4O17
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.04 M POTASSIUM PHOSPHATE, 14% PEG 8000, 20% GLYCEROL.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.562
11-H-K, K, -L20.438
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 60413 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.23 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.03
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.69 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WGT

1wgt


解像度: 1.7→75.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.226 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.014 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1712 3077 5.1 %RANDOM
Rwork0.15802 ---
obs0.15868 57320 98.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.958 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.84 Å20 Å20 Å2
2--5.84 Å20 Å2
3----11.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→75.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2330 0 188 178 2696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0212598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0362.0113492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3255339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.37525.20896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43515338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.582158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0252028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3831.51634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.70122509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.223964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8114.5983
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 231 -
Rwork0.257 3658 -
obs--85.47 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る