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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x2n | ||||||
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タイトル | X-ray structure of cyp51 from trypanosoma brucei in complex with posaconazole in two different conformations | ||||||
![]() | LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / P450 / METAL-BINDING / METHYLTRANSFERASE / ERGOSTEROL BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() membrane biogenesis / sterol 14alpha-demethylase / sterol 14-demethylase activity / steroid 7-alpha-hydroxylase activity / oxysterol 7-alpha-hydroxylase activity / sterol metabolic process / bile acid biosynthetic process / cholesterol homeostasis / nuclear envelope / oxidoreductase activity ...membrane biogenesis / sterol 14alpha-demethylase / sterol 14-demethylase activity / steroid 7-alpha-hydroxylase activity / oxysterol 7-alpha-hydroxylase activity / sterol metabolic process / bile acid biosynthetic process / cholesterol homeostasis / nuclear envelope / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, C.-K. / Leung, S.S.F. / Guilbert, C. / Jacobson, M. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Characterization of Cyp51 from Trypanosoma Cruzi and Trypanosoma Brucei Bound to the Antifungal Drugs Posaconazole and Fluconazole 著者: Chen, C.-K. / Leung, S.S.F. / Guilbert, C. / Jacobson, M. / Mckerrow, J.H. / Podust, L.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 600.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 495.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 94.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 30 - 475 / Label seq-ID: 16 - 461
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53801.492 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 22-481 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FIRST 21 RESIDUES UPSTREAM OF K22 WERE REPLACED WITH THE FRAGMENT MAKKKKK, 8XHIS TAG AT THE C-TERMINUS AND THREE MUTATIONS IN THE CODING SEQUENCE E249A/E250A/E251A WERE ENGINEERED 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PCWORI / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-X2N / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 249 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 250 TO ALA ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: 6% PEG 4000, 2% TACSIMATE, PH 8.0, 2% DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月2日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11588 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→21.25 Å / Num. obs: 71168 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 62.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2WV2 解像度: 2.6→102.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 28.089 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→102.9 Å
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拘束条件 |
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