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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x1p | ||||||
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タイトル | Gelsolin Nanobody | ||||||
![]() | GELSOLIN NANOBODY | ||||||
![]() | CONTRACTILE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Van Den Abbeele, A. / Declercq, S. / De Ganck, A. / De Corte, V. / Van Loo, B. / Srinivasan, V. / Steyaert, J. / Van De Kerckhove, J. / Gettemans, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Llama-Derived Gelsolin Single-Domain Antibody Blocks Gelsolin-G-Actin Interaction. 著者: Van Den Abbeele, A. / De Clercq, S. / De Ganck, A. / De Corte, V. / Van Loo, B. / Soror, S.H. / Srinivasan, V. / Steyaert, J. / Vandekerckhove, J. / Gettemans, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 126 / Label seq-ID: 3 - 126
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 13679.952 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 30% PEG 1000, 100 MM PHOSPHATE/ CITRATE PH 4.4, 100 MM LISO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9834 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→19.75 Å / Num. obs: 204183 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HCV 解像度: 1.1→19.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 0.817 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.41 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→19.51 Å
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拘束条件 |
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