PDB-2x0c: Crystal Structure of the R7R8 domains of Talin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x0c

タイトル

Crystal Structure of the R7R8 domains of Talin

要素

TALIN-1

キーワード

CELL ADHESION / CYTOSKELETON / CELL MEMBRANE / ACTIN / SYNEMIN / INTEGRIN / VINCULIN / CELL PROJECTION

機能・相同性

機能・相同性情報

GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / Smooth Muscle Contraction / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / LIM domain binding / Platelet degranulation / vinculin binding / integrin activation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Gingras, A.R. / Goult, B.T. / Bate, N. / Barsukov, I.L. / Emsley, J. / Critchely, D.R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Central Region of Talin Has a Unique Fold that Binds Vinculin and Actin.
著者: Gingras, A.R. / Bate, N. / Goult, B.T. / Patel, B. / Kopp, P.M. / Emsley, J. / Barsukov, I.L. / Roberts, G.C.K. / Critchley, D.R.

履歴

登録	2009年12月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年3月1日	Group: Database references / Other / Structure summary / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct.title
改定 1.3	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x0c.cif.gz	74.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x0c.ent.gz	56.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x0c_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x0c_full_validation.pdf.gz	433.6 KB	表示
XML形式データ	2x0c_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	2x0c_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/2x0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/2x0c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sj7 1sj8 1t01 1u89 1y19 1zw3 2b0h 2g35
類似構造データ	4olp-d 4z3g-d 6twn-1 1hcx-d 2bml-d 6twn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (27) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TALIN-1

32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.000, 66.810, 185.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	TALIN-1 分子量: 32574.725 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1359-1659 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Variant: TALIN1 / プラスミド: PET-151 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26039
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE FIRST 8 AMINO ACIDS ARE FROM THE VECTOR AFTER TAG CLEAVAGE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.78 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 18% PEG 8K, 100MM TRIS, 180MM SODIUM PHOSPHATE DIBASIC, PH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97905
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月24日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97905 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 33121 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0072	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 5.863 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26367	1641	5 %	RANDOM
R_work	0.21156	-	-	-
obs	0.21419	31178	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.717 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2270	0	0	185	2455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.022	2302
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.171	1.964	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.616	5	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.22	25.521	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.165	15	386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.946	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.177	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.357	1.5	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.286	2	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.813	3	764
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.271	4.5	662
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	117	-
R_work	0.243	2236	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6458	0.1362	1.2014	0.289	-0.1322	1.072	-0.0833	0.0572	0.1497	0.0324	-0.002	0.0347	-0.0933	0.056	0.0853	0.0102	-0.0051	-0.0038	0.0463	-0.0187	0.0279	-2.0358	58.3243	11.5147
2	0.9156	-0.06	1.2627	0.1978	-0.2253	2.0223	0.0566	-0.0769	-0.1164	0.0238	0.0661	0.0266	0.0741	-0.0875	-0.1226	0.0093	0.0078	0.0015	0.0726	0.0262	0.0331	-6.4573	44.8496	20.6561
3	1.7914	-0.0628	1.567	0.2937	0.0429	1.4043	-0.0324	-0.0564	0.0097	0.0303	0.0291	-0.0174	-0.02	-0.0471	0.0034	0.0061	0.0014	-0.0007	0.0719	-0.0019	0.0016	-0.6103	51.3004	21.6175
4	0.7224	-1.5993	0.072	5.404	-0.8555	0.2859	0.0275	0.0469	-0.0012	-0.0674	-0.0283	-0.0135	0.0293	-0.002	0.0008	0.0467	0.0159	-0.0172	0.0371	-0.0023	0.0072	7.6724	84.9633	30.6181
5	5.8201	-6.5477	3.3569	8.0066	-4.2937	2.3774	-0.0749	0.1104	-0.2644	0.1291	0.2066	0.284	-0.0634	-0.1917	-0.1317	0.0906	-0.0127	-0.0571	0.1875	0.019	0.0643	3.6968	81.7914	38.6754
6	5.6909	-5.5865	2.4847	6.9893	-2.0957	1.1833	0.031	0.0774	-0.3228	0.0806	0.2173	0.0281	0.0595	0.0527	-0.2483	0.0393	-0.0167	-0.0538	0.1878	0.0191	0.1266	11.2059	84.2896	46.0321
7	0.201	0.0957	0.3087	2.8174	-1.0783	1.0253	-0.0114	0.0399	-0.071	-0.2266	0.0393	-0.299	0.1251	0.012	-0.028	0.1048	-0.0206	-0.0077	0.1162	0.0344	0.0797	11.0204	90.7548	37.9267
8	1.6234	-0.418	1.5182	0.2677	-0.2735	1.5084	-0.0134	0.0549	0.0001	-0.0012	0.0429	-0.0407	-0.0175	0.0833	-0.0295	0.001	0.0011	0.0002	0.0581	-0.0134	0.0137	7.3003	46.9823	14.9998
9	0.6074	-0.0855	1.0387	0.1132	-0.3899	2.3841	0.0449	-0.0062	-0.0869	0.0006	0.0017	-0.0298	0.0731	-0.018	-0.0466	0.012	0.0004	-0.008	0.0271	0.0051	0.0308	2.1505	39.5321	15.9481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1354 - 1378
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1389 - 1416
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1419 - 1450
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1465 - 1482
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1488 - 1513
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1519 - 1546
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	1552 - 1577
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	1590 - 1622
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	1627 - 1658

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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