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- PDB-2wzs: Structure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wzs
タイトルStructure of the Family GH92 Inverting Mannosidase BT3990 from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 in complex with Mannoimidazole
要素PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 92 / ALPHA-1\ / 2 LINKAGE / BT3990
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase activity / glycoprotein catabolic process / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
alpha-1,2-mannosidase / Glycosyl hydrolase family fold / alpha-1,2-mannosidases domains / GH92 mannosidase fold / GH92 mannosidase domain / Alpha-1,2-mannosidase, putative / Glycosyl hydrolase family 92 / Glycosyl hydrolase family 92 N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 92 catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 92 N-terminal domain ...alpha-1,2-mannosidase / Glycosyl hydrolase family fold / alpha-1,2-mannosidases domains / GH92 mannosidase fold / GH92 mannosidase domain / Alpha-1,2-mannosidase, putative / Glycosyl hydrolase family 92 / Glycosyl hydrolase family 92 N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 92 catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 92 N-terminal domain / : / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MVL / Alpha-1,2-mannosidase
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Zhu, Y. / Suits, M.D.L. / Thompson, A. / Chavan, S. / Dinev, Z. / Dumon, C. / Smith, N. / Moremen, K.W. / Xiang, Y. / Siriwardena, A. ...Zhu, Y. / Suits, M.D.L. / Thompson, A. / Chavan, S. / Dinev, Z. / Dumon, C. / Smith, N. / Moremen, K.W. / Xiang, Y. / Siriwardena, A. / Williams, S.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Mechanistic Insights Into a Ca2+-Dependent Family of A-Mannosidases in a Human Gut Symbiont.
著者: Zhu, Y. / Suits, M.D.L. / Thompson, A. / Chavan, S. / Dinev, Z. / Dumon, C. / Smith, N. / Moremen, K.W. / Xiang, Y. / Siriwardena, A. / Williams, S.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2009年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
B: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
C: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
D: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
E: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
F: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
G: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
H: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)682,56843
ポリマ－678,8968
非ポリマー3,67235
水33,6521868
1
A: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3796
ポリマ－84,8621
非ポリマー5175
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4717
ポリマ－84,8621
非ポリマー6096
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4717
ポリマ－84,8621
非ポリマー6096
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4717
ポリマ－84,8621
非ポリマー6096
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3796
ポリマ－84,8621
非ポリマー5175
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1944
ポリマ－84,8621
非ポリマー3323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1023
ポリマ－84,8621
非ポリマー2402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1023
ポリマ－84,8621
非ポリマー2402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.190, 152.390, 221.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 22 - 752 / Label seq-ID: 3 - 733

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH

NCS oper: (Code: given)

-
要素

#1: タンパク質
PUTATIVE ALPHA-1,2-MANNOSIDASE / MANNOSIDASE


分子量: 84861.969 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 20-755 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
株: VPI-5482 / プラスミド: PET 22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: Q8A0N1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-MVL / (5R,6R,7S,8R)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,8-TETRAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-6,7,8-TRIOL / Mannoimidazole / 5,6,7,8-テトラヒドロ-5α-(ヒドロキシメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-6β,7α,8α-トリオ-ル


分子量: 200.192 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12N2O4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1868 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細CALCIUM (CA): CALCIUM IS THE ACTIVE CENTRE CATION GLYCEROL (GOL): GLYCEROL WAS USED AS THE ...CALCIUM (CA): CALCIUM IS THE ACTIVE CENTRE CATION GLYCEROL (GOL): GLYCEROL WAS USED AS THE CRYOPROTECTANT (5R,6R,7S,8R)-6,7,8-TRIHYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7, 8-TETRAHYDRO-1H-IMIDAZO[1,2-A]PYRIDIN-4-IUM (MVL): MVL IS ALSO CALLED MANNOIMIDAZOLE
配列の詳細FIRST 19 RESIDUES WERE REMOVED DURING CLONING

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 25% PEG 1500 W/V, 0.1M MIBS (PH 6.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.1 Å / Num. obs: 341632 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BT3990 APO

解像度: 2.25→218.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 7.718 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. PARROT WAS USED FOR DENSITY MODIFICATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24227 17260 5.1 %RANDOM
Rwork0.20038 ---
obs0.20251 324319 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.718 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å2-0.19 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→218.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数47675 0 234 1868 49777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02249435
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1681.93867076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13255909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.16124.4042543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.479157870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.27515207
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.26737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02138973
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3651.529311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.673247273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.105320124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7464.519789
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2915medium positional0.10.5
2B2915medium positional0.10.5
3C2915medium positional0.110.5
4D2915medium positional0.130.5
5E2915medium positional0.130.5
6F2915medium positional0.130.5
7G2915medium positional0.140.5
8H2915medium positional0.180.5
1A2921loose positional0.225
2B2921loose positional0.235
3C2921loose positional0.235
4D2921loose positional0.245
5E2921loose positional0.265
6F2921loose positional0.275
7G2921loose positional0.265
8H2921loose positional0.325
1A2915medium thermal0.732
2B2915medium thermal1.622
3C2915medium thermal1.152
4D2915medium thermal1.742
5E2915medium thermal0.642
6F2915medium thermal1.152
7G2915medium thermal1.872
8H2915medium thermal2.192
1A2921loose thermal0.7510
2B2921loose thermal1.5510
3C2921loose thermal1.1410
4D2921loose thermal1.5810
5E2921loose thermal0.710
6F2921loose thermal1.1210
7G2921loose thermal1.7210
8H2921loose thermal1.9810
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 1259 -
Rwork0.267 24009 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53490.2598-0.13110.2435-0.06630.3196-0.10080.0096-0.1224-0.05890.0488-0.12010.06930.040.0520.02680.00170.03150.0417-0.01490.063321.37731.469106.162
20.59940.1149-0.01020.5717-0.1090.1781-0.03640.04670.1491-0.08070.01560.1168-0.0033-0.03930.02080.0156-0.0027-0.02360.0207-0.0020.064858.3340.29959.285
30.6814-0.13960.24190.19690.03620.2480.07210.05970.0225-0.0916-0.0422-0.0178-0.0044-0.0261-0.02990.04330.01680.00650.01910.01220.0088-13.17-25.64155.546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B22 - 752
2X-RAY DIFFRACTION2C22 - 752
3X-RAY DIFFRACTION3D22 - 752

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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