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- PDB-2wv2: X-ray structure of CYP51 from the human pathogen Trypanosoma bruc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wv2
タイトルX-ray structure of CYP51 from the human pathogen Trypanosoma brucei in complex with fluconazole
要素LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / METHYLTRANSFERASE / P450 / IRON / CYP51 / METAL-BINDING / ERGOSTEROL BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane biogenesis / sterol 14alpha-demethylase / sterol 14-demethylase activity / sterol metabolic process / nuclear envelope / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-TPF / Lanosterol 14-alpha-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chen, C.-K. / Leung, S.S.F. / Guilbert, C. / Jacobson, M. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M.
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2010
タイトル: Structural Characterization of Cyp51 from Trypanosoma Cruzi and Trypanosoma Brucei Bound to the Antifungal Drugs Posaconazole and Fluconazole
著者: Chen, C.-K. / Leung, S.S.F. / Guilbert, C. / Jacobson, M. / Mckerrow, J.H. / Podust, L.M.
履歴
登録2009年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年5月30日Group: Other
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8983
ポリマ－53,9761
非ポリマー9232
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.179, 106.179, 99.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 LANOSTEROL 14-ALPHA-DEMETHYLASE / STEROL 14 ALPHA-DEMETHYLASE / CYP51


分子量: 53975.594 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-481 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
プラスミド: PCWORI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: Q385E8, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物 ChemComp-TPF / 2-(2,4-DIFLUOROPHENYL)-1,3-DI(1H-1,2,4-TRIAZOL-1-YL)PROPAN-2-OL / FLUCONAZOLE / ALPHA-(2,4-DIFLUOROPHENYL)-ALPHA-(1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-YLMETHYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-ETHANOL / ELAZOR / TRIFLUCAN / BIOZOLENE / フルコナゾ-ル


分子量: 306.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12F2N6O / コメント: 薬剤, 抗真菌剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 15% ETHYLENE GLYCOL 0-3% ACETONITRILE

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587, 1.7393, 1.6531
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.115871
21.73931
31.65311
反射解像度: 2.7→92 Å / Num. obs: 18252 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 44 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 44 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
ELVES位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→92.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 28.442 / SU ML: 0.311 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.627 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 920 5.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.213 17043 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å2-0.15 Å20 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→92.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3428 0 65 15 3508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223583
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9622.014877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4295441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.70923.245151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.5815579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3391527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6531.52221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23823575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.19631362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5094.51302
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 61 -
Rwork0.538 1194 -
obs--95.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.90820.66364.52675.951-3.090912.23460.25730.2218-0.5011-0.14140.60620.5230.4937-1.1865-0.86350.4060.12530.0750.41630.16130.2852-62.73116.727-10.944
21.9653-0.3678-0.01893.7044-0.97496.1494-0.046-0.4641-0.64221.04430.4191-1.07360.36880.1828-0.37310.7117-0.0606-0.31740.3236-0.08510.7381-35.7315.982.592
32.56570.6889-0.36963.7331-0.53384.81610.1914-0.7514-1.09020.74670.3198-0.43091.2406-0.6885-0.51111.012-0.1027-0.3110.60140.25690.6866-44.669-0.4577.651
48.0721-0.8515-0.21593.0690.176.21670.31670.09030.70070.03060.2689-0.647-1.3697-0.1456-0.58570.6986-0.020.16580.0498-0.07230.37-41.70721.491-9.119
57.2789-0.77760.02764.89011.59995.50190.35240.44650.2234-0.0730.3491-1.1729-0.84370.3424-0.70140.4615-0.12050.13480.1091-0.13890.4304-35.72315.971-11.245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2A101 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3A201 - 300
4X-RAY DIFFRACTION4A301 - 400
5X-RAY DIFFRACTION5A401 - 476

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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