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- PDB-6ayb: Naegleria fowleri CYP51-ketoconazole complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ayb
タイトルNaegleria fowleri CYP51-ketoconazole complex
要素CYP51, sterol 14alpha-demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP51 / sterol 14alpha-demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-KKK / CYP51, sterol 14alpha-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Debnath, A. / Calvet, C.M. / Jennings, G. / Zhou, W. / Aksenov, A. / Luth, M. / Abagyan, R. / Nes, W.D. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M.
引用ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2017
タイトル: CYP51 is an essential drug target for the treatment of primary amoebic meningoencephalitis (PAM).
著者: Debnath, A. / Calvet, C.M. / Jennings, G. / Zhou, W. / Aksenov, A. / Luth, M.R. / Abagyan, R. / Nes, W.D. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M.
履歴
登録2017年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYP51, sterol 14alpha-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0909
ポリマ－53,5921
非ポリマー1,4988
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.210, 55.250, 71.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CYP51, sterol 14alpha-demethylase


分子量: 53591.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CYS 371 and CYS 392 are spontaneously oxidized to sulfenic acid CSO
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
プラスミド: pCW-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H4A2U9*PLUS

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非ポリマー , 5種, 93分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-KKK / 1-acetyl-4-(4-{[(2R,4S)-2-(2,4-dichlorophenyl)-2-(1H-imidazol-1-ylmethyl)-1,3-dioxolan-4-yl]methoxy}phenyl)piperazine / (2R,4S)-ケトコナゾ-ル


分子量: 531.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28Cl2N4O4 / コメント: 薬剤, 抗真菌剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 33% PEG MME 550, 0.03 CaCl2, 4% Jeffamine M-600, 0.1 M bis-Tris propane, pH 6.9
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: Nitrogen stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→70.5 Å / Num. obs: 36286 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.07 % / Biso Wilson estimate: 42.85 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rrim(I) all: 0.223 / Χ2: 0.698 / Net I/σ(I): 3.79
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.87-1.924.7021.8870.5319130.3582.11868.4
1.92-1.975.0621.5710.7121600.3771.75278.9
1.97-2.035.5221.2481.0124420.5021.37592.5
2.03-2.096.5121.031.4325790.6781.12199.5
2.09-2.166.8470.8441.8324890.7870.915100
2.16-2.246.7220.6692.2924310.8460.72699.8
2.24-2.326.3990.5752.6323610.8570.62899.7
2.32-2.416.4160.4953.1322260.8660.54199.6
2.41-2.526.7130.4513.6221350.9070.49199
2.52-2.646.5480.3854.0820540.9410.42198.9
2.64-2.796.170.3124.6119360.9590.34299
2.79-2.966.010.2775.2818590.9530.30599.7
2.96-3.166.2450.2425.9917270.960.26598.4
3.16-3.415.9540.2056.7316230.9680.22698.7
3.41-3.745.4730.178715000.9660.19899
3.74-4.185.6420.1557.6413530.9780.17199
4.18-4.835.7520.1378.1212020.9840.15199
4.83-5.915.5160.1467.910290.9740.16199.7
5.91-8.366.0130.1378.447990.9780.1599
8.36-70.55.7590.1148.624680.9940.126100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.62 Å70.55 Å
Translation6.62 Å70.55 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TL8

5tl8


解像度: 1.87→70.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 12.777 / SU ML: 0.191 / SU R Cruickshank DPI: 0.2047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.18
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2839 1836 5.1 %RANDOM
Rwork0.2431 ---
obs0.2452 34450 95.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.94 Å2 / Biso mean: 46.123 Å2 / Biso min: 22.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å2-0 Å2-1.22 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----1.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.87→70.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3527 0 100 85 3712
Biso mean--41.98 44.39 -
残基数----449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193710
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.262.015027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.65738094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1975448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.73123.29155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.90915626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2861526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02827
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.918 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.541 93 -
Rwork0.427 1818 -
all-1911 -
obs--68.35 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.7941 Å / Origin y: 25.6368 Å / Origin z: 89.0848 Å
111213212223313233
T0.1149 Å20.0222 Å2-0.0037 Å2-0.0505 Å2-0.0018 Å2--0.0623 Å2
L0.742 °20.1299 °20.1341 °2-1.4877 °20.13 °2--1.692 °2
S0.0249 Å °-0.0016 Å °-0.0582 Å °0.0147 Å °-0.0201 Å °0.0749 Å °0.0281 Å °-0.2725 Å °-0.0048 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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