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- PDB-2wuk: DivIVA N-terminal domain, F17A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wuk
タイトルDivIVA N-terminal domain, F17A mutant
要素SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN DIVIVA
キーワードCELL CYCLE / BACTERIAL CELL DIVISION / SEPTATION / SPORULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall biogenesis / division septum assembly / sporulation resulting in formation of a cellular spore / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #660 / DivIVA family / DivIVA domain / DivIVA protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Septum site-determining protein DivIVA
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Oliva, M.A. / Leonard, T.A. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Features Critical for Membrane Binding Revealed by Diviva Crystal Structure.
著者: Oliva, M.A. / Halbedel, S. / Freund, S.M. / Dutow, P. / Leonard, T.A. / Veprintsev, D.B. / Hamoen, L.W. / Lowe, J.
履歴
登録2009年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN DIVIVA
B: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN DIVIVA
C: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN DIVIVA
D: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN DIVIVA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0504
ポリマ－27,0504
非ポリマー00
水6,990388
1
A: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN DIVIVA
B: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN DIVIVA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5252
ポリマ－13,5252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area7650 Å2
手法PISA
2
C: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN DIVIVA
D: SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN DIVIVA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5252
ポリマ－13,5252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-27.1 kcal/mol
Surface area7800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.682, 28.566, 66.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2given(1), (1), (1)
3given(1), (1), (1)

-
要素

#1: タンパク質
SEPTUM SITE-DETERMINING PROTEIN DIVIVA / CELL DIVISION INITIATION PROTEIN DIVIVA / MINICELL-ASSOCIATED PROTEIN DIVIVA


分子量: 6762.587 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-57 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P71021
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 17 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 17 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 17 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 17 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, PHE 17 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, PHE 17 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.2 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→21.3 Å / Num. obs: 14059 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 16.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→15.551 Å / SU ML: 0.8 / σ(F): 0.96 / 位相誤差: 23.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2401 1553 5 %
Rwork0.1591 --
obs0.1631 30928 96.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.14 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0508 Å2-0 Å2-1.7703 Å2
2--0.3733 Å20 Å2
3---0.6774 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1829 0 0 388 2217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071882
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9492535
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.283745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.96130.32721170.24332591X-RAY DIFFRACTION95
1.9613-2.03120.27211130.1992707X-RAY DIFFRACTION96
2.0312-2.11240.26821390.16572592X-RAY DIFFRACTION96
2.1124-2.20820.2211670.1562687X-RAY DIFFRACTION96
2.2082-2.32430.27511620.15072622X-RAY DIFFRACTION97
2.3243-2.46940.23661290.15172714X-RAY DIFFRACTION98
2.4694-2.65920.2441550.15382689X-RAY DIFFRACTION98
2.6592-2.92520.21191370.15082739X-RAY DIFFRACTION98
2.9252-3.34480.22641650.14422699X-RAY DIFFRACTION99
3.3448-4.20030.20711370.12812727X-RAY DIFFRACTION99
4.2003-15.55180.23411320.1692608X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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