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万見
- PDB-2fcz: HIV-1 DIS kissing-loop in complex with ribostamycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fcz
タイトルHIV-1 DIS kissing-loop in complex with ribostamycin
要素HIV-1 DIS RNA
キーワードRNA / HIV-1 / aminoglycoside / antibiotics
機能・相同性: / RIBOSTAMYCIN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Ennifar, E. / Paillart, J.C. / Marquet, R. / Dumas, P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Targeting the dimerization initiation site of HIV-1 RNA with aminoglycosides: from crystal to cell.
著者: Ennifar, E. / Paillart, J.C. / Bodlenner, A. / Walter, P. / Weibel, J.-M. / Aubertin, A.-M. / Pale, P. / Dumas, P. / Marquet, R.
履歴
登録2005年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 DIS RNA
B: HIV-1 DIS RNA
C: HIV-1 DIS RNA
D: HIV-1 DIS RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,83612
ポリマ－29,8614
非ポリマー1,9748
水3,765209
1
A: HIV-1 DIS RNA
B: HIV-1 DIS RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9186
ポリマ－14,9312
非ポリマー9874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: HIV-1 DIS RNA
D: HIV-1 DIS RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9186
ポリマ－14,9312
非ポリマー9874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.125, 27.191, 106.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The asymetric unit contains two biological units

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要素

#1: RNA鎖
HIV-1 DIS RNA


分子量: 7465.368 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in subtype F HIV-1
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-RIO / RIBOSTAMYCIN / 5-AMINO-2-AMINOMETHYL-6-[4,6-DIAMINO-2-(3,4-DIHYDROXY-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-2-YLOXY)-3-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY ]-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4-DIOL / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-3-hydroxy-2-(beta-D-ribofuranosyloxy)cyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranoside / リボスタマイシン


分子量: 454.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H34N4O10 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, KCl, MgCl2, Na Cacodylate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 310K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91946 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→20 Å / Num. obs: 18764 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル最高解像度: 2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FCX

2fcx


解像度: 2.01→19.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 993174.67 / Data cutoff high rms absF: 993174.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1471 7.8 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.238 18763 94.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.7717 Å2 / ksol: 0.367517 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.94 Å20 Å23.82 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3---1.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→19.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1960 128 209 2297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d13.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 244 8.6 %
Rwork0.323 2604 -
obs--86.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4bru_rep.parambru.top
X-RAY DIFFRACTION5ribostamycine.paramribostamycine.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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