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- PDB-1d3r: CRYSTAL STRUCTURE OF TRIPLEX DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d3r
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TRIPLEX DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*(BRU)P*CP*CP*(BRU)P*CP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
キーワードDNA / TRIPLEX DNA AND ITS JUNCTION WITH A DUPLEX DNA
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rhee, S. / Han, Z.-J. / Liu, K. / Todd Miles, H.T. / Davies, D.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Structure of a triple helical DNA with a triplex-duplex junction.
著者: Rhee, S. / Han, Z. / Liu, K. / Miles, H.T. / Davies, D.R.
#1: ジャーナル: To be Published / 年: 1999
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray data of a triplex DNA
著者: Rhee, S. / Davies, D.R.
履歴
登録1999年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*(BRU)P*CP*CP*(BRU)P*CP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*(BRU)P*CP*CP*(BRU)P*CP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9744
ポリマ－12,9744
非ポリマー00
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.800, 53.800, 43.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP42

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*(BRU)P*CP*CP*(BRU)P*CP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3705.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*GP*GP*AP*G)-3')


分子量: 2781.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: MPD, NACL, MGCL2, SPERMINE, PH 5.2 AT 298 K, pH 5.20, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NACL11
2MGCL211
3SPERMINE11
4MPD11
5MPD12
結晶化
*PLUS
pH: 5.04 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.04 Msodium cacodylate1drop
20.2 M1dropNaCl
30.1 M1dropMgCl2
40.01 Mspermine 4HCl1drop
512 %1drop
647 %MPD1reservoir
70.17 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.9200, 0.919392, 0.914982
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月23日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.921
20.9193921
30.9149821
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 127674 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 40 Å / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: PARKINSON ET AL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 2375 10 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 21581 96.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 823 0 157 980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 22407 / Rfactor all: 0.224 / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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