PDB-2wt2: Galectin domain of porcine adenovirus type 4 NADC-1 isolate fibre...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wt2

タイトル

Galectin domain of porcine adenovirus type 4 NADC-1 isolate fibre complexed with tri(N-acetyl-lactosamine)

要素

PUTATIVE FIBER PROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

galactoside binding / viral capsid / carbohydrate binding / cell adhesion / membrane raft / virion attachment to host cell / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

PORCINE ADENOVIRUS 4 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Guardado-Calvo, P. / Munoz, E.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Glasgow, J.N. / van Raaij, M.J.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2010
タイトル: Crystallographic structure of porcine adenovirus type 4 fiber head and galectin domains.
著者: Guardado-Calvo, P. / Munoz, E.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Kahn, R. / Curiel, D.T. / Glasgow, J.N. / van Raaij, M.J.

履歴

登録	2009年9月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wt2.cif.gz	260 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wt2.ent.gz	209.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wt2_validation.pdf.gz	858.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wt2_full_validation.pdf.gz	861.3 KB	表示
XML形式データ	2wt2_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	2wt2_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/2wt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/2wt2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wstC 2wsuSC 2wsvC 2wt0C 2wt1C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1hch-d 4l7a-2 2jl1-d 4l7a-1 4zex-1 4b0g-d 1n2x-1 6vzk-d 2yqz-1 4bf2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PUTATIVE FIBER PROTEIN

B: PUTATIVE FIBER PROTEIN

ヘテロ分子

78.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE FIBER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PUTATIVE FIBER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.130, 38.260, 86.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2004- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99993, -0.00995, 0.00567), (0.00995, 0.99995, 0.00088), (-0.00568, -0.00082, 0.99998)
ベクター: -1.4728, 15.02787, 43.1184)

#1: タンパク質

PUTATIVE FIBER PROTEIN

分子量: 37909.156 Da / 分子数: 2 / 断片: GALECTIN DOMAIN, RESIDUES 393-703 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

PORCINE ADENOVIRUS 4 (ウイルス) / Variant: NADC-1 ISOLATE / プラスミド: PET28C / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83467

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1114.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2-1-2-1-2/a4-b1_b3-c1_c4-d1_d3-e1_e4-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-NO3 / NITRATE ION

分子量: 62.005 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

非ポリマーの詳細

BETA-D-GALACTOSE (GAL): PART OF POLYMER N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): PART OF POLYMER

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 36 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 10 MM TRIS-HCL, 1 MM EDTA, 28% (W/V) POLY-ETHYLENE GLYCOL 3350, 300 MM LITHIUM NITRATE, 5 MM DITHIOTHREITOL, 5 MM TRI(N-ACETYL-LACTOSAMINE), PH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.815
検出器	タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月3日 / 詳細: BENT, VERTICALLY FOCUSSING MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.815 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 20441 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 44.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0070	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WSU, CHAIN A

2wsu

解像度: 2.5→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 25.229 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2679	1123	5.5 %	THIN SHELLS
R_work	0.19989	-	-	-
obs	0.20365	19313	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.572 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.01 Å²	0 Å²	-0.34 Å²
2-	-	-2.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4708	0	176	129	5013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	5022
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3352
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.274	2.012	6882
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.783	3	8178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.902	5	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.914	23.868	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.329	15	750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.491	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5404
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	960
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.02	778
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.02	3301
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.02	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.02	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.02	190
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.156	0.02	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.206	0.02	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.02	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.875	5	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.508	5	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.95	7	4944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.906	7	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.226	9	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.634 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	129	-
R_work	0.324	2789	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	21.2627	4.3456	-5.2904	4.7585	8.5356	27.0888	-0.6828	0.1091	-0.2141	-0.8131	0.8124	-0.2452	-1.0112	1.2855	-0.1296	0.5118	-0.1583	0.0536	0.5626	0.0259	0.5162	3.749	-5.459	-47.454
2	4.1382	-1.4521	-0.6159	5.1805	0.5116	5.388	-0.1161	-0.6313	-0.0756	0.5845	0.0692	0.1121	0.0166	-0.1349	0.0469	0.0731	-0.018	0.0123	0.1741	0.0257	0.112	13.773	-15.747	-30.904
3	4.5592	3.7628	4.405	13.3937	-1.2814	6.8529	0.281	-0.6705	0.4109	0.4411	-0.3161	1.4203	0.6264	-1.1381	0.0351	0.7304	-0.5727	0.2706	0.7274	-0.2541	0.6562	2.505	-24.008	-40.359
4	5.3285	-1.3569	0.2019	2.7757	0.2009	1.4856	0.0574	0.1928	0.0332	-0.1016	0.0538	-0.0914	-0.068	0.1462	-0.1112	0.0353	-0.0101	0.0165	0.077	0.0012	0.0459	32.452	-9.78	-46.942
5	15.4978	-11.7716	12.9256	19.3339	-0.8124	19.0612	-0.3243	-0.8113	-0.0227	-0.5091	1.3814	-0.7347	-0.8329	-0.2009	-1.057	0.2356	-0.1128	-0.0164	0.3117	0.0821	0.3666	2.275	9.675	-4.664
6	4.077	-1.0694	-0.8525	4.855	0.534	4.8787	-0.0669	-0.5896	-0.1058	0.4911	0.1203	-0.1451	0.021	-0.0785	-0.0534	0.0534	-0.0092	-0.0162	0.1809	0.0323	0.0677	12.312	-0.585	12.21
7	3.7999	0.7302	1.377	12.3866	-1.6301	9.7051	-0.1091	0.425	-0.5609	0.2573	-0.759	1.1042	0.0552	-1.4287	0.8681	0.0805	-0.1366	-0.0523	0.5246	-0.2559	0.5735	0.926	-8.72	2.932
8	5.0517	-1.4703	-0.4007	4.5471	0.1506	1.5084	0.0947	0.229	0.1184	-0.111	-0.0163	-0.154	-0.1401	0.1459	-0.0784	0.0313	-0.0088	0.0304	0.0632	-0.0067	0.083	30.795	5.473	-3.909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	386 - 391
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	392 - 525
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	526 - 543
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	544 - 685
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	386 - 391
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	392 - 525
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	526 - 543
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	544 - 685

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)