PDB-2wst: Head domain of porcine adenovirus type 4 NADC-1 isolate fibre

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wst

タイトル

Head domain of porcine adenovirus type 4 NADC-1 isolate fibre

要素

PUTATIVE FIBER PROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

galactoside binding / viral capsid / carbohydrate binding / cell adhesion / membrane raft / virion attachment to host cell / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

PORCINE ADENOVIRUS 4 (ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Guardado-Calvo, P. / Munoz, E.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Glasgow, J.N. / van Raaij, M.J.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2010
タイトル: Crystallographic structure of porcine adenovirus type 4 fiber head and galectin domains.
著者: Guardado-Calvo, P. / Munoz, E.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Kahn, R. / Curiel, D.T. / Glasgow, J.N. / van Raaij, M.J.

履歴

登録	2009年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月25日	Group: Database references / Refinement description
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2wst.ent.gz	342.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wst_validation.pdf.gz	480.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wst_full_validation.pdf.gz	489.7 KB	表示
XML形式データ	2wst_validation.xml.gz	35.4 KB	表示
CIF形式データ	2wst_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/2wst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/2wst	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wsuC 2wsvC 2wt0C 2wt1C 2wt2C 1knbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3f0y-1 4xl8-d 6hhm-d 6s3n-2 3f0y-3 6j3i-1 3f0y-2 2ic7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PUTATIVE FIBER PROTEIN

B: PUTATIVE FIBER PROTEIN

C: PUTATIVE FIBER PROTEIN

D: PUTATIVE FIBER PROTEIN

E: PUTATIVE FIBER PROTEIN

F: PUTATIVE FIBER PROTEIN

134 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE FIBER PROTEIN

B: PUTATIVE FIBER PROTEIN

C: PUTATIVE FIBER PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.9 kDa, 3 ポリマー
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2

D: PUTATIVE FIBER PROTEIN

E: PUTATIVE FIBER PROTEIN

F: PUTATIVE FIBER PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	125.729, 145.439, 147.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 116 - 291 / Label seq-ID: 33 - 208

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.0436, 0.94089, 0.3359), (0.29495, 0.33335, -0.89548), (-0.95452, 0.06003, -0.29205)	25.1174, 85.82668, 208.53441
2	given	(-0.03751, 0.29124, -0.95591), (0.94456, 0.3226, 0.06122), (0.3262, -0.90062, -0.28719)	174.48288, -64.55092, 130.3685
3	given	(-0.33893, -0.0265, 0.94044), (0.94056, -0.03253, 0.33806), (0.02163, 0.99912, 0.03595)	35.15798, -81.15913, -20.9661
4	given	(-0.89537, -0.27017, -0.35401), (-0.36731, 0.89751, 0.24404), (0.25179, 0.34854, -0.90284)	220.09958, 9.47227, 74.58591
5	given	(0.29722, -0.95376, 0.04475), (0.04943, -0.03143, -0.99828), (0.95353, 0.29892, 0.0378)	100.54362, 127.94822, -77.5533
6	given	(-0.04542, 0.94203, 0.33245), (0.28291, 0.3313, -0.90011), (-0.95807, 0.05317, -0.28156)	25.44387, 87.61246, 208.58426
7	given	(0.30572, -0.95095, 0.04726), (0.04193, -0.03614, -0.99847), (0.9512, 0.30724, 0.02883)	99.23951, 129.10413, -77.23893
8	given	(-0.33408, -0.03715, 0.94181), (0.94245, -0.02768, 0.33321), (0.01369, 0.99893, 0.04425)	35.27816, -81.30988, -20.72046
9	given	(-0.89531, -0.27035, -0.35402), (-0.36706, 0.89804, 0.24248), (0.25237, 0.34704, -0.90326)	220.06067, 9.52711, 74.68332
10	given	(-0.89399, -0.2711, -0.35678), (-0.3679, 0.89862, 0.23903), (0.25581, 0.34495, -0.90309)	220.15413, 9.87801, 74.40134
11	given	(0.29329, -0.95456, 0.05292), (0.04189, -0.04247, -0.99822), (0.9551, 0.29499, 0.02753)	100.40836, 129.55838, -76.60903
12	given	(-0.33171, -0.0242, 0.94307), (0.94326, -0.02459, 0.33114), (0.01518, 0.9994, 0.03098)	33.9107, -81.38902, -19.7263
13	given	(-0.0223, -0.95304, -0.30203), (0.3302, -0.29217, 0.89755), (-0.94365, -0.07971, 0.32121)	137.20383, -7.0309, 108.02687
14	given	(-0.03337, 0.32571, -0.94488), (-0.95474, -0.28997, -0.06623), (-0.29556, 0.89991, 0.32064)	108.3404, 136.5936, 12.59673
15	given	(-0.02427, -0.95426, -0.29799), (0.31764, -0.28999, 0.90278), (-0.9479, -0.07274, 0.31015)	137.15164, -6.55106, 108.63625

#1: タンパク質	PUTATIVE FIBER PROTEIN 分子量: 22289.850 Da / 分子数: 6 / 断片: HEAD DOMAIN, RESIDUES 116-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PORCINE ADENOVIRUS 4 (ウイルス) / Variant: NADC-1 ISOLATE / プラスミド: PET28C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83467
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 10 MM TRIS-HCL PH 8.0, 1 MM EDTA, 1-10% (W/V) POLY-ETHYLENE GLYCOL 8000, 1 M LITHIUM SULPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: ENRAF-NONIUS KAPPACCD 2000 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月2日 / 詳細: CONFOCAL MULTILAYER GRADED MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 45035 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 62.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 3.2→3.32 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0070	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KNB

1knb

解像度: 3.2→29.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 29.974 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.55 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20138	2026	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17302	-	-	-
obs	0.17442	40566	95.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7980	0	0	4	7984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	8160
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.27	1.968	11178
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.835	3	12756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.81	5	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.048	24.909	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.017	15	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.716	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	9186
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	5077
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	4023
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	4627
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.122	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.269	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.267	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.516	6	5238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.642	6	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.494	8	8502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.102	8	2922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.178	9	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1026	tight positional	0.16	0.05
2	B	1026	tight positional	0.16	0.05
3	C	1026	tight positional	0.18	0.05
4	D	1026	tight positional	0.16	0.05
5	E	1026	tight positional	0.15	0.05
6	F	1026	tight positional	0.16	0.05
1	A	1168	medium positional	0.52	0.5
2	B	1168	medium positional	0.57	0.5
3	C	1168	medium positional	0.51	0.5
4	D	1168	medium positional	0.54	0.5
5	E	1168	medium positional	0.49	0.5
6	F	1168	medium positional	0.46	0.5
1	A	1026	tight thermal	0.4	0.5
2	B	1026	tight thermal	0.37	0.5
3	C	1026	tight thermal	0.4	0.5
4	D	1026	tight thermal	0.35	0.5
5	E	1026	tight thermal	0.36	0.5
6	F	1026	tight thermal	0.39	0.5
1	A	1168	medium thermal	0.36	2
2	B	1168	medium thermal	0.33	2
3	C	1168	medium thermal	0.35	2
4	D	1168	medium thermal	0.33	2
5	E	1168	medium thermal	0.32	2
6	F	1168	medium thermal	0.39	2

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.371 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	218	-
R_work	0.264	5769	-
obs	-	-	93.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8954	-0.4917	2.2833	3.4509	-0.7551	4.9872	0.2082	0.509	-0.468	-0.3232	-0.0072	0.1943	0.4555	0.0782	-0.201	0.1998	0.0564	-0.0053	0.0826	-0.0247	0.0503	112.541	55.507	70.984
2	3.2724	-0.132	0.3472	5.1422	1.5539	7.2996	-0.0131	-0.3321	0.4868	0.3062	-0.1516	0.6159	-0.4025	-0.991	0.1648	0.1531	0.0766	-0.0806	0.1675	-0.0889	0.3131	96.31	73.965	83.723
3	5.4761	-1.3038	-0.3395	5.0198	0.8076	3.9078	-0.1181	-0.5105	-0.204	0.5395	0.1171	-0.1845	0.3841	0.1099	0.001	0.1105	0.008	-0.0219	0.1372	-0.0532	0.0835	118.538	63.965	96.683
4	4.5334	1.1911	-0.0748	6.8144	-1.4368	4.1948	-0.0781	0.4117	-0.2493	-0.8295	0.2153	0.5596	0.5658	-0.5596	-0.1372	0.1477	-0.1118	-0.096	0.3512	0.1082	0.1442	62.336	46.877	39.503
5	6.0647	1.9519	0.2804	4.7698	-0.1121	6.0701	0.0893	-0.1853	-0.6145	0.0843	-0.0138	-0.5937	0.439	0.4794	-0.0755	0.2462	-0.0255	-0.0409	0.066	0.017	0.1041	79.272	35.287	58.156
6	4.6745	-0.9501	1.082	4.5314	-1.2532	4.57	-0.0546	0.2927	0.3509	-0.2282	-0.0446	-0.3053	-0.3121	0.2312	0.0992	0.1153	-0.0187	-0.0356	0.0252	0.0191	0.0901	84.238	60.857	48.963

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	116 - 291
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	116 - 291
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	116 - 291
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	116 - 291
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	116 - 291
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	116 - 291

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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