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- PDB-2wsi: Crystal structure of yeast FAD synthetase (Fad1) in complex with FAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wsi
タイトルCrystal structure of yeast FAD synthetase (Fad1) in complex with FAD
要素FAD SYNTHETASE
キーワードTRANSFERASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / FAD synthase / FMN adenylyltransferase activity / FAD biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoadenosine phosphosulphate reductase / Phosphoadenosine phosphosulfate reductase family / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Flavin adenine dinucleotide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Leulliot, N. / van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Yeast Fad Synthetase (Fad1) in Complex with Fad.
著者: Leulliot, N. / Blondeau, K. / Keller, J. / Ulryck, N. / Quevillon-Cheruel, S. / Van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2009年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4633
ポリマ－35,5811
非ポリマー8822
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.871, 36.861, 79.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 FAD SYNTHETASE / FMN ADENYLYLTRANSFERASE / FAD PYROPHOSPHORYLASE / FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE SYNTHETASE


分子量: 35581.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P38913, FAD synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 17 TO 25% ETHYLENE GLYCOL, 50-100MM AMMONIUM SULPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 22638 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 17.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→39.582 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2312 2193 5.1 %
Rwork0.174 --
obs0.1768 21481 94.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.935 Å2 / ksol: 0.416 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7317 Å2-0 Å21.8915 Å2
2---3.3769 Å2-0 Å2
3----0.3548 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.582 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2346 0 58 209 2613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122470
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3253359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.632886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94130.33441450.22232593X-RAY DIFFRACTION95
1.9413-1.98650.26251260.19782521X-RAY DIFFRACTION95
1.9865-2.03610.25551200.1872599X-RAY DIFFRACTION95
2.0361-2.09120.23641270.17932565X-RAY DIFFRACTION95
2.0912-2.15270.23091260.18022565X-RAY DIFFRACTION95
2.1527-2.22220.25261530.17182502X-RAY DIFFRACTION95
2.2222-2.30160.24531280.16482618X-RAY DIFFRACTION95
2.3016-2.39380.23141480.14922508X-RAY DIFFRACTION95
2.3938-2.50270.21081340.14992577X-RAY DIFFRACTION95
2.5027-2.63460.28941430.15982576X-RAY DIFFRACTION95
2.6346-2.79960.20911410.16992505X-RAY DIFFRACTION95
2.7996-3.01570.21581520.16682549X-RAY DIFFRACTION94
3.0157-3.31910.20761390.16822520X-RAY DIFFRACTION94
3.3191-3.7990.20721340.1692520X-RAY DIFFRACTION93
3.799-4.78510.211260.1492395X-RAY DIFFRACTION89
4.7851-39.59090.20021510.18662637X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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