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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wsi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of yeast FAD synthetase (Fad1) in complex with FAD | ||||||
![]() | FAD SYNTHETASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / NUCLEOTIDE-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / FAD synthase / FMN adenylyltransferase activity / FAD biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leulliot, N. / van Tilbeurgh, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Yeast Fad Synthetase (Fad1) in Complex with Fad. 著者: Leulliot, N. / Blondeau, K. / Keller, J. / Ulryck, N. / Quevillon-Cheruel, S. / Van Tilbeurgh, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 847.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 851.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35581.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.11 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 17 TO 25% ETHYLENE GLYCOL, 50-100MM AMMONIUM SULPHATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 22638 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 17.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 96.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.9→39.582 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.935 Å2 / ksol: 0.416 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.582 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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