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- PDB-2wrb: the structure of influenza H2 human singapore hemagglutinin with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wrb
タイトルthe structure of influenza H2 human singapore hemagglutinin with avian receptor
要素HEMAGGLUTININ
キーワードVIRAL PROTEIN / GLYCOPROTEIN / LIPOPROTEIN / ENVELOPE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Liu, J. / Stevens, D.J. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Coombs, P.J. / Russell, R.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: From the Cover: Structures of Receptor Complexes Formed by Hemagglutinins from the Asian Influenza Pandemic of 1957.
著者: Liu, J. / Stevens, D.J. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Coombs, P.J. / Russell, R.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.
履歴
登録2009年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp / pdbx_database_status ...chem_comp / pdbx_database_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
C: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,8024
ポリマ－171,4933
非ポリマー3091
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14860 Å2
ΔGint-47.11 kcal/mol
Surface area56480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.359, 126.303, 220.956
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 9:324 OR RESSEQ 330:487 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 9:324 OR RESSEQ 330:487 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 9:324 OR RESSEQ 330:478 )

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要素

#1: タンパク質 HEMAGGLUTININ


分子量: 57164.238 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q67333*PLUS
#2: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.94 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 40025 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 71.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.1→7.999 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2964 2008 5 %
Rwork0.2528 --
obs0.2549 40025 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.099 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1502 Å20 Å20 Å2
2--0.8931 Å20 Å2
3---1.2571 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→7.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11059 0 21 0 11080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811557
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14215616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4624195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062029
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3736X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3736X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
13C3667X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.17280.39171470.36582694X-RAY DIFFRACTION100
3.1728-3.2530.34891610.34132671X-RAY DIFFRACTION100
3.253-3.34190.38971420.32072734X-RAY DIFFRACTION100
3.3419-3.44150.32191380.31122714X-RAY DIFFRACTION99
3.4415-3.5540.34351440.30442673X-RAY DIFFRACTION99
3.554-3.68290.35951610.33032701X-RAY DIFFRACTION99
3.6829-3.83280.32751410.29022705X-RAY DIFFRACTION99
3.8328-4.01050.32981400.29642689X-RAY DIFFRACTION98
4.0105-4.22660.27021370.23742709X-RAY DIFFRACTION98
4.2266-4.49830.20191400.20752704X-RAY DIFFRACTION99
4.4983-4.85690.22371530.17412731X-RAY DIFFRACTION99
4.8569-5.36660.24751270.18792733X-RAY DIFFRACTION98
5.3666-6.19210.28881370.20332746X-RAY DIFFRACTION98
6.1921-7.99870.27041400.22442813X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0529-0.06880.20830.5008-0.64871.79340.1180.8569-0.0316-0.1602-0.0113-0.17740.17660.7984-0.07880.22160.16540.02120.9609-0.08690.2854.559-2.6777-14.9379
20.50950.84571.19691.30671.24752.95060.1014-0.14510.0828-0.1752-0.1730.1371-0.0401-0.39830.00610.29760.0663-0.09580.4213-0.09640.3543-16.3502-2.513-11.6376
31.1004-0.03390.21510.49870.69744.88040.18240.3641-0.37090.1459-0.0841-0.06711.5240.0779-0.02720.71750.1113-0.08840.2385-0.16140.3425-5.2097-18.0021-4.3681
40.27610.7306-0.0310.97041.16332.3507-0.1420.8303-0.1178-0.32220.3265-0.2641-0.08111.6072-0.19070.3530.1890.02481.5025-0.20490.44616.0126-1.1245-5.6808
5-0.18280.51850.65690.94891.57355.0386-0.25360.0184-0.0705-0.5163-0.1010.4812-0.57280.3730.23570.54890.1762-0.21860.3944-0.03570.3145-17.0179.7143-6.5767
60.80010.49320.5605-2.110.30494.43370.29680.2933-0.5340.2085-0.13970.03262.339-0.0223-0.2711.1767-0.1023-0.14190.18-0.12080.4251-9.1616-20.4897.1986
7-2.01310.4277-2.01560.89540.39642.86720.15670.0496-0.3732-0.2840.2542-0.7317-0.26751.4238-0.35930.3623-0.4984-0.01661.10280.06050.731224.879322.564427.9133
81.50950.0340.6244-1.1622-1.73672.04970.04390.2967-0.03490.6511-0.1-0.2142-0.5243-0.09390.06320.52850.031-0.02630.2153-0.06520.4338-14.346124.929835.9249
91.0207-0.64150.15251.28572.43991.2330.0941-0.0285-0.03940.3635-0.18180.28210.42260.31140.1280.55190.0771-0.02030.3150.05590.44896.0629-7.78145.8464
100.4190.0630.07891.53870.75252.4529-0.0866-0.00030.30510.01830.0692-0.2313-0.90291.0594-0.01290.6865-0.5985-0.17250.71640.0870.561823.376731.344745.3882
111.25510.03170.3244-0.633-0.11592.7405-0.2099-0.06790.06080.26170.1348-0.0841-0.6683-0.02210.08660.6355-0.0672-0.08390.1086-0.02980.3947-8.466327.372354.4706
120.35050.06621.76573.59370.57012.4059-0.06150.12650.01620.71780.0061-0.49430.04940.77910.06690.4066-0.0108-0.11240.43810.05970.370313.44443.403160.1562
131.35051.25920.30041.47281.96112.76120.26781.0885-0.0955-1.10410.0421-0.5941-0.88321.5782-0.3549-0.0554-0.331-0.0780.61930.06950.338717.98815.438115.7465
140.1751-0.3925-0.0071.37991.05191.81680.07080.1020.0133-0.1256-0.2382-0.0307-0.7244-0.28830.17750.283-0.0443-0.11570.1998-0.03010.2587-14.409316.282522.8739
150.25350.22170.84331.1492-0.39213.21170.16150.082-0.0186-0.0736-0.1658-0.07251.01630.22290.03280.34840.1150.0290.1951-0.00350.28323.6014-10.195430.5834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 330:492
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESID 330:492
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND RESID 330:492
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 5:49
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESID 5:49
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND RESID 5:49
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND RESID 50:113
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND RESID 50:113
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND RESID 50:113
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND RESID 114-240
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND RESID 114-240
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND RESID 114-240
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN A AND RESID 241-323
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND RESID 241-323
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND RESID 241-323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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