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- PDB-6lks: Effects of zinc ion on oligomerization and pH stability of influe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lks
タイトルEffects of zinc ion on oligomerization and pH stability of influenza virus hemagglutinin
要素(Hemagglutinin ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Zinc induced the oligomerization / viral membrane protein / pH induced conformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Seok, J. / Kim, K.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2010-0029242 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Divalent cation-induced conformational changes of influenza virus hemagglutinin.
著者: Seok, J.H. / Kim, H. / Lee, D.B. / An, J.S. / Kim, E.J. / Lee, J.H. / Chung, M.S. / Kim, K.H.
履歴
登録2019年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
K: Hemagglutinin HA1 chain
L: Hemagglutinin HA2 chain
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
G: Hemagglutinin HA1 chain
H: Hemagglutinin HA2 chain
I: Hemagglutinin HA1 chain
J: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,73246
ポリマ－345,00812
非ポリマー14,72434
水7,710428
1
K: Hemagglutinin HA1 chain
L: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
G: Hemagglutinin HA1 chain
H: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,63824
ポリマ－172,5046
非ポリマー8,13418
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
I: Hemagglutinin HA1 chain
J: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,09322
ポリマ－172,5046
非ポリマー6,58916
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)215.710, 124.270, 214.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.909, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
12
22
32
42
52
62
13
23
33
43
14
24

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and resid 3 through 322)A3 - 321
221(chain 'C' and resid 3 through 322)C3 - 321
331(chain 'E' and resid 3 through 322)E3 - 321
441chain 'G'G3 - 321
551chain 'I'I3 - 321
661(chain 'K' and resid 3 through 322)K3 - 321
172chain 'B'B1 - 164
282chain 'D'D1 - 164
392chain 'F'F1 - 164
4102chain 'H'H1 - 164
5112chain 'J'J1 - 164
6122chain 'L'L1 - 164
1133(chain 'a' and (resid 3 through 6 or resid 11 or resid 15 or resid 18))a3
1143(chain 'a' and (resid 3 through 6 or resid 11 or resid 15 or resid 18))a6
1153(chain 'a' and (resid 3 through 6 or resid 11 or resid 15 or resid 18))a11
1163(chain 'a' and (resid 3 through 6 or resid 11 or resid 15 or resid 18))a15
1173(chain 'a' and (resid 3 through 6 or resid 11 or resid 15 or resid 18))a18
2183(chain 'e' and (resid 6 through 7 or resid 12 or resid 16 or resid 18))e6 - 7
2193(chain 'e' and (resid 6 through 7 or resid 12 or resid 16 or resid 18))e12
2203(chain 'e' and (resid 6 through 7 or resid 12 or resid 16 or resid 18))e16
2213(chain 'e' and (resid 6 through 7 or resid 12 or resid 16 or resid 18))e18
3223(chain 'g' and (resid 1 through 3 or resid 10 or resid 14 or resid 16))g1
3233(chain 'g' and (resid 1 through 3 or resid 10 or resid 14 or resid 16))g3
3243(chain 'g' and (resid 1 through 3 or resid 10 or resid 14 or resid 16))g10
3253(chain 'g' and (resid 1 through 3 or resid 10 or resid 14 or resid 16))g14
3263(chain 'g' and (resid 1 through 3 or resid 10 or resid 14 or resid 16))g16
4273(chain 'k' and (resid 6 through 7 or resid 12 or resid 16 or resid 18))k6 - 7
4283(chain 'k' and (resid 6 through 7 or resid 12 or resid 16 or resid 18))k12
4293(chain 'k' and (resid 6 through 7 or resid 12 or resid 16 or resid 18))k16
4303(chain 'k' and (resid 6 through 7 or resid 12 or resid 16 or resid 18))k18
1314(chain 'c' and (resid 6 through 8 or resid 10 or resid 14))c6 - 8
1324(chain 'c' and (resid 6 through 8 or resid 10 or resid 14))c10
1334(chain 'c' and (resid 6 through 8 or resid 10 or resid 14))c14
2344(chain 'i' and (resid 6 through 8 or resid 10 or resid 15))i6 - 8
2354(chain 'i' and (resid 6 through 8 or resid 10 or resid 15))i10
2364(chain 'i' and (resid 6 through 8 or resid 10 or resid 15))i15

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 12分子 KACEGILBDFHJ

#1: タンパク質
Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 36662.137 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Thailand/CU44/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac / Cell (発現宿主): Bac to Bac / 細胞株 (発現宿主): Hi-five
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: A7LI25
#2: タンパク質
Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20839.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Thailand/CU44/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Hi-five
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: A7LI25

-
糖 , 5種, 31分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1114.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 951.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 431分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.27 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: PEG 2000, Tris, DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→48.75 Å / Num. obs: 172506 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 54.83 Å2 / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.07844 / Rrim(I) all: 0.2875 / Net I/σ(I): 7.73
反射 シェル解像度: 3.24→3.356 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / Num. unique obs: 8830 / CC1/2: 0.92 / CC star: 0.979 / Rpim(I) all: 0.2064 / Rrim(I) all: 0.728 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EDB

4edb


解像度: 3.24→48.75 Å / SU ML: 0.4239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.2345
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2948 3926 2.28 %
Rwork0.2654 --
obs0.2661 172506 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 74.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.24→48.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23024 0 961 428 24413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012824540
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.670733266
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0883762
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01237136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.08333678
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.24-3.280.33791430.32046163X-RAY DIFFRACTION99.97
3.28-3.320.36271420.30795984X-RAY DIFFRACTION99.98
3.32-3.360.34491410.30256081X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.410.32851370.30315893X-RAY DIFFRACTION99.98
3.41-3.460.31511410.30216066X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.510.28511350.28895949X-RAY DIFFRACTION99.89
3.51-3.570.32731430.26246080X-RAY DIFFRACTION99.9
3.57-3.620.31271360.26675959X-RAY DIFFRACTION99.95
3.62-3.690.29411400.27216041X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.750.31471430.27796081X-RAY DIFFRACTION100
3.75-3.830.33931400.28086009X-RAY DIFFRACTION100
3.83-3.90.36011440.27796060X-RAY DIFFRACTION99.95
3.9-3.990.28561400.2676012X-RAY DIFFRACTION100
3.99-4.080.27821380.25695926X-RAY DIFFRACTION99.98
4.08-4.180.27441410.26176097X-RAY DIFFRACTION99.97
4.18-4.30.30341400.25956018X-RAY DIFFRACTION99.74
4.3-4.420.29111400.25725988X-RAY DIFFRACTION99.98
4.42-4.570.28381370.24846035X-RAY DIFFRACTION99.95
4.57-4.730.22941410.24825959X-RAY DIFFRACTION99.87
4.73-4.920.27631440.23026083X-RAY DIFFRACTION100
4.92-5.140.29691400.24046031X-RAY DIFFRACTION99.98
5.14-5.410.2511380.24496043X-RAY DIFFRACTION99.92
5.41-5.750.2971390.23365957X-RAY DIFFRACTION99.97
5.75-6.190.24191430.24836057X-RAY DIFFRACTION99.95
6.19-6.820.27091390.25065972X-RAY DIFFRACTION99.92
6.82-7.80.30441420.27056073X-RAY DIFFRACTION99.76
7.8-9.810.27261410.25175988X-RAY DIFFRACTION99.95
9.81-48.750.31161380.28755975X-RAY DIFFRACTION99.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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