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- PDB-2wqw: DOUBLE-DISULFIDE CROSS-LINKED CRYSTAL DIMER of the Listeria monoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wqw
タイトルDOUBLE-DISULFIDE CROSS-LINKED CRYSTAL DIMER of the Listeria monocytogenes InlB internalin domain
要素INTERNALIN B
キーワードCELL INVASION / HGF RECEPTOR LIGAND / LEUCINE-RICH REPEAT / LEUCINE RICH REPEAT / LRR / C-MET LIGAND / VIRULENCE FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / heparin binding / lipid binding / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal ...GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal / Bacterial adhesion/invasion protein N terminal / Immunoglobulin-like - #1220 / : / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Internalin B / Internalin B
類似検索 - 構成要素
生物種LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Ferraris, D.M. / Heinz, D.W. / Niemann, H.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Ligand-Mediated Dimerization of the met Receptor Tyrosine Kinase by the Bacterial Invasion Protein Inlb.
著者: Ferraris, D.M. / Gherardi, E. / Di, Y. / Heinz, D.W. / Niemann, H.H.
履歴
登録2009年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERNALIN B
B: INTERNALIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,01611
ポリマ－64,0612
非ポリマー9559
水2,558142
1
B: INTERNALIN B
ヘテロ分子

B: INTERNALIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,33514
ポリマ－64,0612
非ポリマー1,27312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
Buried area3500 Å2
ΔGint17.05 kcal/mol
Surface area27960 Å2
手法PISA
2
A: INTERNALIN B
ヘテロ分子

A: INTERNALIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6988
ポリマ－64,0612
非ポリマー6376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area2350 Å2
ΔGint2.39 kcal/mol
Surface area27470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.990, 186.990, 115.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111B1 - 321
2111A1 - 321
詳細THE BIOLOGICAL UNITS ARE DIMERS FORMED BY DISULFIDE BONDS BETWEEN CYSTEINES 206 AND 227. THE DIMERS ARE 2-FOLD SYMMETRIC AND CONSIST OF TWO CHAINS A OR TWO CHAINS B.

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要素

#1: タンパク質 INTERNALIN B / INLB


分子量: 32030.586 Da / 分子数: 2 / 断片: INTERNALIN DOMAIN, RESIDUES 36-321 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 36-321 OF LISTERIA MONOCYTOGENES INLB CROSS-LINKED INTO DIMERS BY TWO INTERMOLECULAR DISULFIDE BONDS BETWEEN C206 AND C227
由来: (組換発現) LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
株: EGD-E / プラスミド: PETM30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON PLUS (DE3) / 参照: UniProt: P25147, UniProt: P0DQD2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLY 206 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 227 TO CYS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLY 206 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 227 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 242 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLY 206 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 227 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 242 TO ALA
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.71 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 9.5
詳細: 293 K. PROTEIN (6.7 MG/ML) PLUS RESERVOIR = 2 PLUS 1. RESERVOIR SOLUTION IS 44-52% PEG2000, 0.1 M CHES PH=9,5, 0.2M NACL., PH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9535
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9535 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 37017 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.24→2.36 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H6T

1h6t


解像度: 2.24→46.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 12.37 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1849 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 35166 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.09 Å2-0.55 Å2-0 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3---1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→46.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4512 0 63 142 4717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0224640
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9091.9936269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.25937789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9525570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg47.1226.97198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.59315870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.839158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02750
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6821.52864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2581.51138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1224684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.16531776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2334.51585
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3780 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
2Atight positional0.080.05
1Btight positional0.080.05
2Atight thermal0.180.5
1Btight thermal0.180.5
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 126 -
Rwork0.264 2554 -
obs--99.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4623.27692.18898.50062.22224.7914-0.53210.53540.0362-1.03250.51450.0977-0.24290.16150.01760.3744-0.1557-0.05020.29750.03160.0959-21.492214.54278.5138
21.59210.43050.20233.59391.74682.9444-0.11210.0980.0753-0.09440.01370.2258-0.1545-0.27120.09840.08650.0095-0.03830.12480.0190.1346-20.996518.682222.4895
31.06791.04530.22982.11190.73983.1377-0.07620.04080.0741-0.2019-0.00290.2295-0.0564-0.32290.07910.06250.0326-0.03080.06350.00310.1742-20.17325.223240.1145
43.519-2.2833-0.12213.69091.34384.8727-0.0061-0.004-0.0113-0.09250.01180.0706-0.16830.2824-0.00570.0165-0.0072-0.03720.0187-0.00610.1428-9.480331.226148.5058
53.05650.38620.62858.6039-1.28116.7935-0.29670.06880.65710.03120.18610.3664-1.3158-0.26360.11060.37590.0514-0.10050.0691-0.0140.3372-10.637853.455155.131
62.6733-4.30061.9718.506-3.39153.9497-0.4041-0.1780.17120.02610.3457-0.3343-0.68850.07650.05840.2247-0.0368-0.04980.0459-0.02310.1227-7.706442.20250.2931
75.3419-3.19340.10119.81230.93433.71150.3070.734-0.0671-1.2996-0.4020.25750.29550.09430.0950.45780.0627-0.0160.3036-0.04280.0903-22.9107-11.26528.5235
82.9005-1.53-1.01033.04340.45864.125-0.04390.0377-0.179-0.16920.00190.1910.2078-0.24940.0420.0578-0.0482-0.01520.0974-0.03610.1435-26.54-8.756522.469
91.2561-0.9881-0.66921.3650.96374.13210.03470.0692-0.1301-0.0375-0.07980.16680.3577-0.28060.04520.0455-0.0327-0.01760.0995-0.02620.1784-31.9788-4.76639.9753
104.8850.6089-1.05432.16870.76735.67970.02990.1916-0.10290.063-0.11140.0274-0.4079-0.08880.08140.0379-0.0025-0.00760.0234-0.04070.1648-31.72087.330148.4229
118.5589-3.49562.71543.7953-0.36823.6422-0.0479-0.17110.03740.0627-0.07630.4587-0.0328-0.61430.12420.05160.06540.04830.2741-0.0970.3035-51.475117.514154.8855
1215.6693-3.65243.66744.1004-0.45022.81940.3731-0.18190.9931-0.0901-0.4475-0.0001-0.1708-0.39280.07440.08990.07360.01370.1712-0.07730.1691-40.325714.432850.1348
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2A71 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3A136 - 207
4X-RAY DIFFRACTION4A208 - 241
5X-RAY DIFFRACTION5A242 - 299
6X-RAY DIFFRACTION6A300 - 321
7X-RAY DIFFRACTION7B33 - 70
8X-RAY DIFFRACTION8B71 - 135
9X-RAY DIFFRACTION9B136 - 207
10X-RAY DIFFRACTION10B208 - 241
11X-RAY DIFFRACTION11B242 - 299
12X-RAY DIFFRACTION12B300 - 321

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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