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- PDB-2wp8: yeast rrp44 nuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wp8
タイトルyeast rrp44 nuclease
要素
  • EXOSOME COMPLEX COMPONENT RRP45
  • EXOSOME COMPLEX COMPONENT SKI6
  • EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE DIS3
キーワードHYDROLASE / EXOSOME / NUCLEUS / NUCLEASE / RNA-BINDING / EXONUCLEASE / RNA BINDING / MITOCHONDRION / RRNA PROCESSING
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / cytoplasmic exosome (RNase complex) ...Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / cytoplasmic exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exosome (RNase complex) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear exosome (RNase complex) / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / nonfunctional rRNA decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA processing / RNA endonuclease activity / mRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / endonuclease activity / tRNA binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #700 / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / PIN domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / GHMP Kinase, N-terminal domain ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #700 / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / PIN domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / : / 5'-nuclease / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Large family of predicted nucleotide-binding domains / PIN domain / PIN-like domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exosome complex component SKI6 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex exonuclease DIS3
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Basquin, J. / Bonneau, F. / Ebert, J. / Lorentzen, E. / Conti, E.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: The Yeast Exosome Functions as a Macromolecular Cage to Channel RNA Substrates for Degradation.
著者: Bonneau, F. / Basquin, J. / Ebert, J. / Lorentzen, E. / Conti, E.
履歴
登録2009年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年5月30日Group: Other
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXOSOME COMPLEX COMPONENT RRP45
B: EXOSOME COMPLEX COMPONENT SKI6
J: EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE DIS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,9715
ポリマ－172,8433
非ポリマー1282
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7570 Å2
ΔGint-33.9 kcal/mol
Surface area59520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.900, 125.680, 139.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 EXOSOME COMPLEX COMPONENT RRP45


分子量: 34001.859 Da / 分子数: 1
断片: EXOSOME NON-CATALYTIC CORE COMPONENT RRP45, RIBOSOMAL RNA-PROCESSING PROTEIN 45
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q05636, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 EXOSOME COMPLEX COMPONENT SKI6 / EXOSOME NON-CATALYTIC CORE COMPONENT RRP41 / SUPERKILLER PROTEIN 6 / RIBOSOMAL RNA-PROCESSING ...EXOSOME NON-CATALYTIC CORE COMPONENT RRP41 / SUPERKILLER PROTEIN 6 / RIBOSOMAL RNA-PROCESSING PROTEIN 41 / EXTRACELLULAR MUTANT PROTEIN 20


分子量: 27612.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PETMCN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P46948, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#3: タンパク質 EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE DIS3 / EXOSOME CORE COMPLEX CATALYTIC SUBUNIT RRP44 / CHROMOSOME DISJUNCTION PROTEIN 3 / RIBOSOMAL RNA- ...EXOSOME CORE COMPLEX CATALYTIC SUBUNIT RRP44 / CHROMOSOME DISJUNCTION PROTEIN 3 / RIBOSOMAL RNA-PROCESSING PROTEIN 44


分子量: 111228.594 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 25-1001 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PETMCN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q08162, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, ASP 551 TO ASN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.03 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 7.5 % (W/V) OF PEG 20.000, 50 MM TRIS PH 8.0 AND 10% (W/V) GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.978
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 39670 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.05 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2NN6, 2VNU

2nn6

2vnu


解像度: 3→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 40.476 / SU ML: 0.345 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0 / ESU R Free: 0.439 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27291 1185 3 %RANDOM
Rwork0.20698 ---
obs0.20899 38325 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.452 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10809 0 7 0 10816
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02210987
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5081.96514916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.936317869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.38851384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.75824.286490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.127151857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.871574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022143
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4861.56963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0741.52788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.938211237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.36534024
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3644.53679
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 84 -
Rwork0.272 2740 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.97171.14921.31243.2194-0.30823.16970.0144-0.5348-0.13080.4555-0.0746-0.2621-0.1910.22290.06030.1233-0.0085-0.04630.1680.01720.0824-30.984-59.77377.108
21.5630.66810.24170.89460.14340.54090.004-0.00070.1352-0.0014-0.00710.0393-0.09210.03890.00320.1-0.0151-0.00950.1339-0.0180.0814-57.881-52.24931.758
36.2305-0.1968-0.66811.28940.15931.0883-0.0440.0682-0.1631-0.0503-0.01530.3192-0.0904-0.12960.05940.01040.0109-0.01220.0155-0.00610.0812-67.595-60.34160.608
400000000000000-00.23310.17140.11090.1260.0810.1818-11.438-26.79458.608
52.27730.78550.18882.65050.36030.97660.1064-0.1545-0.0450.3233-0.0329-0.19590.15150.0159-0.07360.0539-0.0039-0.02940.01380.00020.017-25.355-30.01753.299
61.01420.1094-0.21460.92290.28171.61420.01360.03760.0085-0.05930.063-0.2274-0.05930.1089-0.07650.0931-0.02120.02690.0644-0.02590.1501-9.591-30.88518.257
73.41340.2781.20372.199-0.23616.33220.0652-0.3193-0.37840.2456-0.0288-0.11260.80460.308-0.03630.27840.1172-0.08590.22010.02250.32-3.618-46.08953.271
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1J37 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2A7 - 303
3X-RAY DIFFRACTION3B4 - 238
4X-RAY DIFFRACTION4B1240
5X-RAY DIFFRACTION5J253 - 475
6X-RAY DIFFRACTION6J476 - 910
7X-RAY DIFFRACTION7J911 - 1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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