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- PDB-2wg3: Crystal structure of the complex between human hedgehog-interacti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wg3
タイトルCrystal structure of the complex between human hedgehog-interacting protein HIP and desert hedgehog without calcium
要素
  • DESERT HEDGEHOG PROTEIN N-PRODUCT
  • HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / LIPOPROTEIN / DEVELOPMENT / MEMBRANE / SECRETED / PROTEASE / PALMITATE / HYDROLASE / DEVELOPMENTAL PROTEIN / AUTOCATALYTIC CLEAVAGE / SIGNAL TRANSDUCTION / EGF-LIKE DOMAIN / DISEASE MUTATION / HEDGEHOG SIGNALING / GLYCOPROTEIN / CELL MEMBRANE / DISULFIDE BOND
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / hedgehog family protein binding / cholesterol-protein transferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / regulation of steroid biosynthetic process / Ligand-receptor interactions / Transcriptional regulation of testis differentiation / Activation of SMO / patched binding / Leydig cell differentiation ...regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / hedgehog family protein binding / cholesterol-protein transferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / regulation of steroid biosynthetic process / Ligand-receptor interactions / Transcriptional regulation of testis differentiation / Activation of SMO / patched binding / Leydig cell differentiation / self proteolysis / male sex determination / Release of Hh-Np from the secreting cell / positive regulation of smoothened signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / Class B/2 (Secretin family receptors) / skeletal system morphogenesis / cell fate specification / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / protein autoprocessing / spermatid development / neuroblast proliferation / negative regulation of signal transduction / negative regulation of smoothened signaling pathway / myelination / Hedgehog ligand biogenesis / Hedgehog 'on' state / osteoblast differentiation / response to estrogen / cell-cell signaling / response to estradiol / peptidase activity / regulation of gene expression / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 ...Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin / Laminin / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Desert hedgehog protein / Hedgehog-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bishop, B. / Aricescu, A.R. / Harlos, K. / O'Callaghan, C.A. / Jones, E.Y. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural Insights Into Hedgehog Ligand Sequestration by the Human Hedgehog-Interacting Protein Hip
著者: Bishop, B. / Aricescu, A.R. / Harlos, K. / O'Callaghan, C.A. / Jones, E.Y. / Siebold, C.
履歴
登録2009年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DESERT HEDGEHOG PROTEIN N-PRODUCT
B: DESERT HEDGEHOG PROTEIN N-PRODUCT
C: HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN
D: HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,90316
ポリマ－140,9274
非ポリマー97612
水2,216123
1
A: DESERT HEDGEHOG PROTEIN N-PRODUCT
C: HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9528
ポリマ－70,4642
非ポリマー4886
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-67.47 kcal/mol
Surface area26320 Å2
手法PISA
2
B: DESERT HEDGEHOG PROTEIN N-PRODUCT
D: HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9528
ポリマ－70,4642
非ポリマー4886
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-61.75 kcal/mol
Surface area25600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.821, 110.701, 144.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21D
12A
22B

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNLYSLYSCC215 - 2522 - 39
211ASNASNLYSLYSDD215 - 2522 - 39
121LYSLYSTHRTHRCC262 - 30549 - 92
221LYSLYSTHRTHRDD262 - 30549 - 92
131HISHISCYSCYSCC317 - 435104 - 222
231HISHISCYSCYSDD317 - 435104 - 222
141PROPROGLNGLNCC490 - 523277 - 310
241PROPROGLNGLNDD490 - 523277 - 310
151TRPTRPGLUGLUCC530 - 630317 - 417
251TRPTRPGLUGLUDD530 - 630317 - 417
112ALAALALYSLYSAA39 - 881 - 50
212ALAALALYSLYSBB39 - 881 - 50
122ALAALASERSERAA95 - 19157 - 153
222ALAALASERSERBB95 - 19157 - 153

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9984, -0.003371, 0.05601), (0.001286, -0.9993, -0.03721), (0.0561, -0.03708, 0.9977)-100.2, -0.3093, 21.69
2given(-0.9998, -0.000944, 0.01781), (0.000479, -0.9997, -0.02609), (0.01783, -0.02608, 0.9995)-0.9787, -0.0038, 0.1301

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 DESERT HEDGEHOG PROTEIN N-PRODUCT / DESERT HEDGEHOG PROTEIN / DHH / HHG-3


分子量: 18662.850 Da / 分子数: 2
断片: N-TERMINAL SIGNALLING DOMAIN OF DHH, RESIDUES 40-194
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: O43323
#2: タンパク質 HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN / HHIP / HIP / HEDGEHOG-INTERACTING PROTEIN HIP


分子量: 51800.715 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN OF HIP, RESIDUES 214-670 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC
細胞株 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY (HEK) 293T CELLS
発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q96QV1

-
糖 , 1種, 2分子

#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 133分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.07 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 49775 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0047精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2WFQ AND 2WFT

2wfq

2wft


解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 24.589 / SU ML: 0.236 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.499 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 2592 5.1 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.227 48634 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.65 Å20 Å20 Å2
2---3.41 Å20 Å2
3----5.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8811 0 46 123 8980
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0219063
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3291.96712269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8643.00415204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.01951108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.24223.372433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.458151509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1741575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021873
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3811.55545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0731.52279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73828922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.18533518
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9954.53347
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11C1959medium positional0.210.5
21A863medium positional0.150.5
12D2557loose positional0.435
22B1145loose positional0.45
11C1959medium thermal0.32
21A863medium thermal0.252
12D2557loose thermal0.3710
22B1145loose thermal0.3810
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 184 -
Rwork0.33 3477 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.98950.25730.31392.30560.31212.19540.0526-0.09160.00550.0284-0.06220.12560.0907-0.04690.00950.02970.00550.05030.1580.05440.1133-34.797-8.02720.827
23.35160.4055-0.00122.2268-0.83213.47810.0328-0.0418-0.1034-0.088-0.1081-0.2272-0.22640.18590.07540.1265-0.0345-0.07220.1079-0.01460.1138-66.1456.3653.932
31.68680.4437-0.08323.32230.13093.42970.08770.2020.05140.31160.08040.4214-0.4499-0.5652-0.1680.09990.07810.03360.1650.08290.1855-23.1819.737-15.778
42.0007-0.2443-0.47841.0716-0.26194.09710.0641-0.13670.04660.16710.0907-0.1946-0.04670.2168-0.15490.0670.04710.04490.14110.06170.2108-15.6053.248-1.547
52.04580.7187-0.26644.6203-0.05512.00260.05760.02480.04240.27240.0290.0365-0.3605-0.0534-0.08660.10520.0504-0.00530.22160.0470.0646-11.32313.675-15.483
62.32360.3006-0.09822.9591-0.14832.8274-0.07180.2252-0.0757-0.1290.1416-0.31720.03710.2623-0.06990.0075-0.00790.01170.1504-0.05750.0876-80.918-9.592-35.155
72.30620.61180.51340.84410.28532.55150.0132-0.09710.05010.07080.04980.0497-0.213-0.1299-0.06310.03840.0339-0.02290.1052-0.05230.1324-86.312-2.916-18.566
81.87830.4033-0.25293.0918-0.13761.5607-0.01040.0198-0.0170.14960.0166-0.0382-0.12860.0311-0.00610.0220.0252-0.00690.1971-0.02440.0923-91.461-13.758-31.632
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A39 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2B39 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3C215 - 318
4X-RAY DIFFRACTION4C319 - 479
5X-RAY DIFFRACTION5C480 - 639
6X-RAY DIFFRACTION6D215 - 318
7X-RAY DIFFRACTION7D319 - 479
8X-RAY DIFFRACTION8D480 - 638

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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