PDB-4gz5: Crystal structure of human O-GlcNAc Transferase with UDP-GlcNAc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gz5

タイトル

Crystal structure of human O-GlcNAc Transferase with UDP-GlcNAc

要素

UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

キーワード

TRANSFERASE / OGT / O-GlcNAc / GT-B / Glycosyltransferase / O-GlcNAcylation

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of non-canonical inflammasome complex assembly / protein N-acetylglucosaminyltransferase complex / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / RNA polymerase II C-terminal domain S5 O-GlcNAc transferase activity / RNA polymerase II C-terminal domain S7 O-GlcNAc transferase activity / regulation of insulin receptor signaling pathway / protein O-GlcNAc transferase / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / acetylglucosaminyltransferase activity / regulation of Rac protein signal transduction ...negative regulation of non-canonical inflammasome complex assembly / protein N-acetylglucosaminyltransferase complex / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / RNA polymerase II C-terminal domain S5 O-GlcNAc transferase activity / RNA polymerase II C-terminal domain S7 O-GlcNAc transferase activity / regulation of insulin receptor signaling pathway / protein O-GlcNAc transferase / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / acetylglucosaminyltransferase activity / regulation of Rac protein signal transduction / regulation of necroptotic process / negative regulation of stem cell population maintenance / protein O-linked glycosylation / NSL complex / regulation of glycolytic process / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of gluconeogenesis / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of synapse assembly / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / hemopoiesis / positive regulation of proteolysis / histone acetyltransferase complex / positive regulation of lipid biosynthetic process / mitophagy / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of TORC1 signaling / response to nutrient / negative regulation of cell migration / positive regulation of translation / cell projection / response to insulin / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / mitochondrial membrane / cellular response to glucose stimulus / protein processing / chromatin DNA binding / Regulation of necroptotic cell death / UCH proteinases / chromatin organization / HATs acetylate histones / positive regulation of cold-induced thermogenesis / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.075 Å

データ登録者

Lazarus, M.B. / Jiang, J. / Gloster, T.M. / Zandberg, W.F. / Vocadlo, D.J. / Walker, S.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural snapshots of the reaction coordinate for O-GlcNAc transferase.
著者: Lazarus, M.B. / Jiang, J. / Gloster, T.M. / Zandberg, W.F. / Whitworth, G.E. / Vocadlo, D.J. / Walker, S.

履歴

登録	2012年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gz5.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gz5.ent.gz	924.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gz5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/4gz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/4gz5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	4xif-2 4ay5-3 4xi9-1 3tax-2 4ay5-4 4xif-1 4cdr-4 4ay5-2 4ay6-4 4xi9-2 4ay6-1 5a01-3 4xif-4 4cdr-1 4cdr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (14) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

B: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

C: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

D: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

ヘテロ分子

328 kDa, 4 ポリマー
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1

A: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
82 kDa, 1 ポリマー
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2

B: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

ヘテロ分子

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3

C: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

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4

D: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

ヘテロ分子

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5

D: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

ヘテロ分子

D: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

ヘテロ分子

D: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

ヘテロ分子

A: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

B: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

C: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

ヘテロ分子

A: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

B: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

C: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

ヘテロ分子

A: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

B: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

C: UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
984 kDa, 12 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
crystal symmetry operation	1_554	x,y,z-1	1
crystal symmetry operation	2_564	-y,x-y+1,z-1	1
crystal symmetry operation	3_454	-x+y-1,-x,z-1	1
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_565	-y,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_455	-x+y-1,-x,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	272.039, 272.039, 142.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit / O-GlcNAc transferase subunit p110 / O-linked N-acetylglucosamine transferase 110 kDa subunit / OGT 分子量: 80974.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OGT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15294, protein O-GlcNAc transferase
#2: 化合物	ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc 分子量: 607.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₁₇P₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.9M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 1% Xylitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月11日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.075→49.13 Å / Num. all: 111721 / Num. obs: 111721 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 3.08→3.24 Å / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.075→48.343 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2289	5596	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1996	-	-	-
all	0.2011	111695	-	-
obs	0.2011	111695	99.66 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.186 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.08 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	8.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-16.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.075→48.343 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22112	0	236	18	22366

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	22848
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.596	31016
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.146	8540
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	3424
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	4004

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.075-3.1099	0.3639	179	0.3418	3454	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1099-3.1465	0.3572	196	0.344	3520	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1465-3.1849	0.3993	193	0.3253	3468	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1849-3.2252	0.3491	217	0.3116	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2252-3.2676	0.3138	164	0.2908	3499	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2676-3.3124	0.3088	185	0.2768	3517	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3124-3.3597	0.2863	182	0.2691	3554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3597-3.4098	0.2896	180	0.2479	3491	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4098-3.4631	0.2898	167	0.2533	3534	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4631-3.5199	0.2611	191	0.2378	3510	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5199-3.5805	0.2387	180	0.2259	3557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5805-3.6456	0.2386	171	0.221	3496	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6456-3.7157	0.2298	190	0.2089	3520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7157-3.7915	0.2317	187	0.2044	3520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7915-3.8739	0.223	197	0.1918	3517	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8739-3.964	0.2049	175	0.1877	3501	X-RAY DIFFRACTION	100
3.964-4.0631	0.2363	170	0.1883	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0631-4.1729	0.2275	199	0.178	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1729-4.2956	0.1928	180	0.1727	3546	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2956-4.4342	0.2163	187	0.1679	3569	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4342-4.5925	0.1864	195	0.1593	3519	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5925-4.7763	0.1732	202	0.1545	3525	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7763-4.9934	0.1839	157	0.1524	3568	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9934-5.2564	0.1812	207	0.1623	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2564-5.5853	0.1797	181	0.1714	3572	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5853-6.0158	0.2092	192	0.1815	3579	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0158-6.6198	0.2379	189	0.1822	3575	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6198-7.5745	0.1919	197	0.1647	3567	X-RAY DIFFRACTION	99
7.5745-9.5311	0.1522	166	0.1383	3605	X-RAY DIFFRACTION	99
9.5311-48.349	0.2316	220	0.2016	3687	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1335	0.0613	1.2067	3.8309	0.8925	2.133	0.1726	-1.0766	0.6596	0.7205	0.3021	-0.5585	-0.1545	0.8295	-0.3974	1.2667	-0.0656	-0.1765	1.1597	-0.6492	1.4971	-103.8042	62.9006	34.403
2	0.9937	0.1196	-0.2513	1.4115	0.3284	0.7148	-0.1667	-0.1699	0.2318	0.1632	0.1517	-0.0889	-0.0957	0.1461	0.0161	0.9548	0.0513	-0.0239	0.3322	-0.059	0.4192	-111.1621	39.3881	29.8398
3	1.3924	0.1783	0.1241	2.1738	0.0961	0.7438	-0.0732	-0.1009	0.0989	0.4424	0.1066	0.013	-0.1492	0.0352	-0.0171	1.0674	0.1866	0.0735	0.3172	0.0298	0.4636	-138.1915	40.6045	41.5129
4	1.8994	0.002	0.5295	0.7193	0.1156	0.4099	-0.0255	-0.1182	-0.3571	0.0783	0.0599	0.4512	0.238	-0.1709	-0.0511	1.1259	0.056	0.0547	0.2724	0.0448	0.7531	-142.414	9.3812	27.9888
5	0.4707	-0.034	0.1128	1.3377	-0.2771	0.3549	-0.0706	-0.503	-0.136	0.4659	0.118	0.1806	-0.0209	-0.01	-0.0293	1.3385	0.4025	0.157	-0.1275	0.1601	0.5417	-135.9697	18.8095	43.9316
6	4.7386	0.9668	1.2242	5.5134	-0.9845	6.078	0.0308	0.0261	-1.3087	0.4982	0.1314	0.0898	1.5368	-1.7993	-0.1651	1.152	-0.3821	-0.0683	0.987	0.1213	0.9379	-136.5936	25.206	6.7264
7	0.7018	0.0935	-0.5542	0.5946	0.5275	1.0567	-0.0158	-0.0531	-0.0205	-0.1315	0.0637	0.1621	0.3031	0.0077	-0.0377	1.0204	0.0121	-0.0782	0.3678	0.0546	0.4969	-113.1318	24.2453	-1.2556
8	1.2297	0.2567	-0.2451	0.8099	-0.1949	1.0377	0.0147	-0.0664	-0.1244	0.1492	0.0044	0.129	0.1856	0.0537	-0.0103	0.7454	-0.004	-0.0428	0.2389	0.0169	0.4968	-118.0678	24.259	-30.3119
9	1.388	0.3688	-0.9402	2.9957	-1.7399	3.0169	-0.0219	-0.0183	-0.2383	0.1548	-0.1686	-0.5589	0.4063	0.6875	0.1943	0.5643	0.1145	-0.078	0.5984	0.0084	0.5088	-83.931	26.4418	-33.2649
10	1.4849	0.1819	-0.263	1.0251	0.0468	0.759	-0.0107	-0.1888	-0.3845	-0.0133	-0.0059	-0.1683	0.4784	0.3935	0.0347	0.9258	0.1919	-0.0483	0.3653	0.058	0.5706	-98.7793	13.641	-31.5749
11	7.3082	1.3208	-0.5329	6.4285	0.835	5.2752	-0.6593	0.804	-0.6047	-1.8549	0.7748	-1.0504	0.0559	1.0623	-0.0991	1.5258	-0.1438	0.369	0.9162	-0.1235	0.7903	-90.9498	48.3178	-19.0599
12	1.9496	0.7899	0.9408	1.2638	0.4725	1.6084	0.3076	0.0918	-0.1113	-0.3002	-0.0242	-0.4403	0.3124	0.1823	-0.287	0.8853	-0.026	0.034	0.4443	-0.0382	0.737	-87.5426	46.5607	5.5743
13	0.4639	0.0378	0.2447	1.7374	0.6151	2.3944	0.0433	0.0199	-0.0561	-0.1527	-0.0249	-0.4885	-0.0844	0.3956	0.0024	0.5179	-0.2137	0.025	0.6425	0.0098	0.6908	-76.6541	73.4942	10.6459
14	1.0109	-1.3324	-0.5971	2.8523	1.57	1.8071	-0.0163	-0.3254	-0.178	0.462	0.0826	-0.2199	0.2222	0.313	-0.0681	0.979	-0.2712	-0.2535	0.6837	0.1403	0.7388	-78.9285	64.9119	43.8262
15	1.2692	-0.2898	0.023	0.7971	0.5724	2.0725	0.0616	-0.0675	-0.1084	0.3348	0.0012	-0.6895	0.2378	0.6027	-0.0664	0.7494	-0.1203	-0.216	0.7202	0.0268	1.0328	-67.0644	64.0609	28.1861
16	2.8913	0.417	0.1044	4.2513	-0.5035	1.6315	-0.3624	0.4212	1.0855	-0.0907	-0.193	-1.4838	-0.4689	0.6042	0.4952	1.0626	-0.349	-0.2922	0.9178	0.24	1.6191	-109.335	97.9796	91.1393
17	1.6513	-0.9366	-0.9534	2.5505	0.9844	1.855	0.098	-0.198	0.1392	-0.1584	-0.1729	-0.3489	-0.4426	0.2722	0.0744	0.5342	-0.0905	-0.0724	0.4248	0.0932	0.5559	-115.9725	77.1505	79.715
18	1.2172	0.1627	0.0198	2.792	-0.0679	1.1499	-0.0053	-0.0006	0.3856	0.062	-0.0283	-0.2378	-0.2887	0.3604	0.0209	0.5321	-0.1844	-0.0565	0.4289	0.0198	0.4897	-96.2414	58.5286	91.6256
19	0.6711	0.7351	-0.1762	2.6092	-1.7398	1.5874	-0.0312	0.1627	-0.2405	-0.3173	0.0297	-0.0296	0.5515	0.0149	-0.0082	0.7699	-0.0085	-0.0608	0.3153	-0.0365	0.4497	-113.9882	34.2724	75.0582
20	1.505	0.4376	0.4191	1.4505	0.3126	2.6742	-0.0672	0.3573	0.0264	-0.3709	0.0535	-0.1551	0.1039	0.5164	0.0091	0.6065	0.0471	0.0408	0.4584	0.0331	0.3744	-99.1204	46.9018	73.0739

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 313:349 )	A	313 - 349
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 350:514 )	A	350 - 514
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 515:714 )	A	515 - 714
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 719:875 )	A	719 - 875
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 876:1028 )	A	876 - 1028
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 313:349 )	B	313 - 349
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 350:514 )	B	350 - 514
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 515:714 )	B	515 - 714
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 719:875 )	B	719 - 875
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 876:1028 )	B	876 - 1028
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 313:349 )	C	313 - 349
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 350:514 )	C	350 - 514
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 515:714 )	C	515 - 714
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 719:875 )	C	719 - 875
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 876:1028 )	C	876 - 1028
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 313:349 )	D	313 - 349
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 350:514 )	D	350 - 514
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 515:714 )	D	515 - 714
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 719:875 )	D	719 - 875
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 876:1028 )	D	876 - 1028

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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