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- PDB-2wfr: Crystal structure of the N-terminal signalling domain of human Dh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wfr
タイトルCrystal structure of the N-terminal signalling domain of human Dhh with calcium
要素DESERT HEDGEHOG PROTEIN N-PRODUCT
キーワードSIGNALING PROTEIN / LIPOPROTEIN / DEVELOPMENT / CELL MEMBRANE / AUTOCATALYTIC CLEAVAGE / DISEASE MUTATION / HEDGEHOG SIGNALLING / PROTEASE / MEMBRANE / SECRETED / PALMITATE / HYDROLASE / SIGNAL TRANSDUCTION / DEVELOPMENTAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol-protein transferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / regulation of steroid biosynthetic process / Ligand-receptor interactions / Transcriptional regulation of testis differentiation / Activation of SMO / patched binding / Leydig cell differentiation / self proteolysis / Release of Hh-Np from the secreting cell ...cholesterol-protein transferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / regulation of steroid biosynthetic process / Ligand-receptor interactions / Transcriptional regulation of testis differentiation / Activation of SMO / patched binding / Leydig cell differentiation / self proteolysis / Release of Hh-Np from the secreting cell / male sex determination / positive regulation of smoothened signaling pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / cell fate specification / smoothened signaling pathway / spermatid development / protein autoprocessing / myelination / Hedgehog ligand biogenesis / Hedgehog 'on' state / response to estrogen / osteoblast differentiation / cell-cell signaling / response to estradiol / peptidase activity / regulation of gene expression / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / extracellular space / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal ...Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Desert hedgehog protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Bishop, B. / Aricescu, A.R. / Harlos, K. / O'Callaghan, C.A. / Jones, E.Y. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural Insights Into Hedgehog Ligand Sequestration by the Human Hedgehog-Interacting Protein Hip
著者: Bishop, B. / Aricescu, A.R. / Harlos, K. / O'Callaghan, C.A. / Jones, E.Y. / Siebold, C.
履歴
登録2009年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DESERT HEDGEHOG PROTEIN N-PRODUCT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1876
ポリマ－18,8491
非ポリマー3385
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)40.130, 41.880, 83.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DESERT HEDGEHOG PROTEIN N-PRODUCT / DESERT HEDGEHOG / HHG-3 / DHH


分子量: 18849.082 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL SIGNALLING DOMAIN, RESIDUES 39-194 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA-GAMI 2(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: O43323
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.14 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 0.2 M LITHIUM SULFATE 0.2 M SODIUM THIOCYANATE 30% (W/V) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97623
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 10765 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0047精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WFQ

2wfq


解像度: 1.95→41.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 9.405 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. RESIDUE Q39 WAS DISORDERED AND MODELED AS AN ALANINE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22487 491 4.6 %RANDOM
Rwork0.17977 ---
obs0.18196 10143 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.375 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å20 Å2
2--1.92 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→41.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1325 0 13 96 1434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211366
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4551.9381853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89932228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9275164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.96422.70374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.44215219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6241515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7521.5820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2021.5334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29521313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1523546
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3644.5540
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 30 -
Rwork0.258 718 -
obs--92.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.701 Å / Origin y: 7.656 Å / Origin z: -10.808 Å
111213212223313233
T0.0189 Å2-0.0124 Å20.0066 Å2-0.0732 Å2-0.0129 Å2--0.0106 Å2
L3.3738 °2-0.4626 °2-0.7534 °2-3.0751 °20.8039 °2--3.348 °2
S0.046 Å °0.1751 Å °0.125 Å °-0.2182 Å °-0.0138 Å °-0.0246 Å °-0.0793 Å °-0.0766 Å °-0.0322 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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