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- PDB-4rhf: Crystal structure of UbiX mutant V47S from Colwellia psychrerythr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rhf
タイトルCrystal structure of UbiX mutant V47S from Colwellia psychrerythraea 34H
要素3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
キーワードLYASE / Rossmann fold / decarboxylation
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin prenyltransferase / flavin prenyltransferase activity / carboxy-lyase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin prenyltransferase UbiX-like / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flavin prenyltransferase UbiX
類似検索 - 構成要素
生物種Colwellia psychrerythraea 34H (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.764 Å
データ登録者Do, H. / Kim, S.J. / Lee, C.W. / Kim, H.-W. / Park, H.H. / Kim, H.M. / Park, H. / Park, H.J. / Lee, J.H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of UbiX, an aromatic acid decarboxylase from the psychrophilic bacterium Colwellia psychrerythraea that undergoes FMN-induced conformational changes.
著者: Do, H. / Kim, S.J. / Lee, C.W. / Kim, H.W. / Park, H.H. / Kim, H.M. / Park, H. / Park, H. / Lee, J.H.
履歴
登録2014年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0343
ポリマ－22,8421
非ポリマー1922
水97354
1
A: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,41336
ポリマ－274,10712
非ポリマー2,30624
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-11
crystal symmetry operation4_544x,-y-1,-z-11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_544z,-x-1,-y-11
crystal symmetry operation7_445-z-1,-x-1,y1
crystal symmetry operation8_454-z-1,x,-y-11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_454-y-1,z,-x-11
crystal symmetry operation11_544y,-z-1,-x-11
crystal symmetry operation12_445-y-1,-z-1,x1
Buried area42190 Å2
ΔGint-522 kcal/mol
Surface area78080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.600, 97.600, 97.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase


分子量: 22842.277 Da / 分子数: 1 / 変異: V47S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Colwellia psychrerythraea 34H (バクテリア)
遺伝子: ubiX, CPS_0408 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q489U8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.1 M tri-sodium citrate, pH 5.4, 0.5 M ammonium sulfate, 1.2 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97952 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月7日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97952 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.764→97.6 Å / Num. all: 30802 / Num. obs: 30737 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 40.5 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 1.764→1.86 Å / 冗長度: 39.9 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 13.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MERLOT位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.764→97.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 2.216 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25669 1549 5 %RANDOM
Rwork0.23658 ---
obs0.23759 29186 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.764→97.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1522 0 10 54 1586
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0191558
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2291.9732110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9833462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0895199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.0524.66760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.87915273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.725157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2762.249799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2662.247798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1763.364997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2533.403998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.972.648759
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0312.706752
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2983.9151102
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.54319.1151735
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.54519.0471715
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.764→1.81 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 112 -
Rwork0.243 2149 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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