PDB-2wes: Crystal structures of mutant E46Q of tryptophan 5-halogenase (PyrH)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wes

タイトル

Crystal structures of mutant E46Q of tryptophan 5-halogenase (PyrH)

要素

TRYPTOPHAN 5-HALOGENASE

キーワード

ANTIFUNGAL PROTEIN / REGIOSELECTIVITY / TRYPTOPHAN 5-HALOGENASE

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan 5-halogenase / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES RUGOSPORUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zhu, X. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural Insights in the Regioselectivity in the Enzymatic Chlorination of Tryptophan.
著者: Zhu, X. / De Laurentis, W. / Leang, K. / Herrmann, J. / Ihlefeld, K. / Van Pee, K.H. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2009年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wes.cif.gz	425.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wes.ent.gz	347.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wes.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/2wes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/2wes	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wetC 2weuC 2aqjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wet-2 2wet-1 5hy5-d 2weu-1 2weu-2 5lv9-d 6slt-d 6nsd-d 2wcg-d 2vt0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRYPTOPHAN 5-HALOGENASE

B: TRYPTOPHAN 5-HALOGENASE

C: TRYPTOPHAN 5-HALOGENASE

D: TRYPTOPHAN 5-HALOGENASE

ヘテロ分子

236 kDa, 4 ポリマー
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1

A: TRYPTOPHAN 5-HALOGENASE

D: TRYPTOPHAN 5-HALOGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
118 kDa, 2 ポリマー
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2

B: TRYPTOPHAN 5-HALOGENASE

C: TRYPTOPHAN 5-HALOGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
118 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	137.570, 137.570, 309.121
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-2066- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	TRP	TRP	1	A	A	1 - 83	1 - 83
2	1	1	MET	MET	TRP	TRP	1	B	B	1 - 83	1 - 83
3	1	1	MET	MET	TRP	TRP	1	C	C	1 - 83	1 - 83
4	1	1	MET	MET	TRP	TRP	1	D	D	1 - 83	1 - 83
1	2	1	TYR	TYR	ASP	ASP	1	A	A	89 - 201	89 - 201
2	2	1	TYR	TYR	ASP	ASP	1	B	B	89 - 201	89 - 201
3	2	1	TYR	TYR	ASP	ASP	1	C	C	89 - 201	89 - 201
4	2	1	TYR	TYR	ASP	ASP	1	D	D	89 - 201	89 - 201
1	3	1	ARG	ARG	LEU	LEU	1	A	A	203 - 256	203 - 256
2	3	1	ARG	ARG	LEU	LEU	1	B	B	203 - 256	203 - 256
3	3	1	ARG	ARG	LEU	LEU	1	C	C	203 - 256	203 - 256
4	3	1	ARG	ARG	LEU	LEU	1	D	D	203 - 256	203 - 256
1	4	1	MET	MET	PHE	PHE	1	A	A	266 - 286	266 - 286
2	4	1	MET	MET	PHE	PHE	1	B	B	266 - 286	266 - 286
3	4	1	MET	MET	PHE	PHE	1	C	C	266 - 286	266 - 286
4	4	1	MET	MET	PHE	PHE	1	D	D	266 - 286	266 - 286
1	5	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	A	A	289 - 374	289 - 374
2	5	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	B	B	289 - 374	289 - 374
3	5	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	C	C	289 - 374	289 - 374
4	5	1	ASP	ASP	GLY	GLY	1	D	D	289 - 374	289 - 374
1	6	1	TRP	TRP	CL	CL	1	A	A - F	377 - 700	377
2	6	1	TRP	TRP	CL	CL	1	B	B - H	377 - 700	377
3	6	1	TRP	TRP	CL	CL	1	C	C - J	377 - 700	377
4	6	1	TRP	TRP	CL	CL	1	D	D - L	377 - 700	377
1	1	2	SER	SER	GLU	GLU	4	A	A	84 - 88	84 - 88
2	1	2	SER	SER	GLU	GLU	4	B	B	84 - 88	84 - 88
3	1	2	SER	SER	GLU	GLU	4	C	C	84 - 88	84 - 88
4	1	2	SER	SER	GLU	GLU	4	D	D	84 - 88	84 - 88
1	1	3	ARG	ARG	ASP	ASP	4	C	C	257 - 265	257 - 265
2	1	3	ARG	ARG	ASP	ASP	4	D	D	257 - 265	257 - 265
1	1	4	LYS	LYS	LYS	LYS	4	A	A	287	287
2	1	4	LYS	LYS	LYS	LYS	4	B	B	287	287
3	1	4	LYS	LYS	LYS	LYS	4	C	C	287	287
4	1	4	LYS	LYS	LYS	LYS	4	D	D	287	287
1	1	5	GLU	GLU	GLU	GLU	4	A	A	202	202
2	1	5	GLU	GLU	GLU	GLU	4	B	B	202	202
3	1	5	GLU	GLU	GLU	GLU	4	C	C	202	202
4	1	5	GLU	GLU	GLU	GLU	4	D	D	202	202
1	1	6	GLU	GLU	ARG	ARG	4	A	A	375 - 376	375 - 376
2	1	6	GLU	GLU	ARG	ARG	4	B	B	375 - 376	375 - 376
3	1	6	GLU	GLU	ARG	ARG	4	C	C	375 - 376	375 - 376
4	1	6	GLU	GLU	ARG	ARG	4	D	D	375 - 376	375 - 376

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	TRYPTOPHAN 5-HALOGENASE / TRYPTOPHAN 5-HALOGENASE PYRH 分子量: 58217.508 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FAD 由来: (組換発現) STREPTOMYCES RUGOSPORUS (バクテリア) 株: LL-42D005 / 発現宿主: PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌) / 株 (発現宿主): BL915 / 参照: UniProt: A4D0H5
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 941 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 46 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 46 TO GLN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 46 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 46 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 46 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 46 TO GLN
配列の詳細	SITE-DIRECTED MUTAGENESIS(E46Q)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.35 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.2 詳細: 0.05MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 6.2 1.4M LI2SO4, 0.01M MGCL2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 103328 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 43.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0070	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AQJ

2aqj

解像度: 2.5→48.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 16.647 / SU ML: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.373 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22972	5181	5 %	RANDOM
R_work	0.19344	-	-	-
obs	0.19524	98115	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.889 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15948	0	215	941	17104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	16605
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.317	1.954	22555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.69	5	1971
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.947	22.594	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.824	15	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.38	15	164
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	2331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	13004
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.728	1.5	9843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.508	2	15767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.324	3	6762
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.034	4.5	6788
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3875	tight positional	0.07	0.05
1	2	B	3875	tight positional	0.07	0.05
1	3	C	3875	tight positional	0.05	0.05
1	4	D	3875	tight positional	0.05	0.05
2	1	A	35	medium positional	0.76	0.5
2	2	B	35	medium positional	0.36	0.5
2	3	C	35	medium positional	0.48	0.5
2	4	D	35	medium positional	0.34	0.5
3	1	C	78	medium positional	0.43	0.5
3	2	D	78	medium positional	0.43	0.5
4	1	A	9	medium positional	0.25	0.5
4	2	B	9	medium positional	0.43	0.5
4	3	C	9	medium positional	0.48	0.5
4	4	D	9	medium positional	0.37	0.5
5	1	A	9	medium positional	0.39	0.5
5	2	B	9	medium positional	0.42	0.5
5	3	C	9	medium positional	0.55	0.5
5	4	D	9	medium positional	0.54	0.5
6	1	A	20	medium positional	1.05	0.5
6	2	B	20	medium positional	0.86	0.5
6	3	C	20	medium positional	0.63	0.5
6	4	D	20	medium positional	0.58	0.5
1	1	A	3875	tight thermal	0.14	0.5
1	2	B	3875	tight thermal	0.12	0.5
1	3	C	3875	tight thermal	0.11	0.5
1	4	D	3875	tight thermal	0.12	0.5
2	1	A	35	medium thermal	0.98	2
2	2	B	35	medium thermal	0.43	2
2	3	C	35	medium thermal	0.47	2
2	4	D	35	medium thermal	0.52	2
3	1	C	78	medium thermal	0.24	2
3	2	D	78	medium thermal	0.24	2
4	1	A	9	medium thermal	1.37	2
4	2	B	9	medium thermal	2.12	2
4	3	C	9	medium thermal	0.99	2
4	4	D	9	medium thermal	0.59	2
5	1	A	9	medium thermal	2.03	2
5	2	B	9	medium thermal	3.02	2
5	3	C	9	medium thermal	2.94	2
5	4	D	9	medium thermal	2.15	2
6	1	A	20	medium thermal	0.79	2
6	2	B	20	medium thermal	0.98	2
6	3	C	20	medium thermal	1.15	2
6	4	D	20	medium thermal	0.57	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.562 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	384	-
R_work	0.245	7028	-
obs	-	-	98.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4592	-0.0191	0.3155	0.3271	-0.1138	0.4879	-0.0576	0.0057	0.0078	0.0224	-0.0151	-0.0514	-0.037	0.0329	0.0727	0.0208	-0.0152	-0.0234	0.0206	0.0333	0.0567	-1.5097	34.4647	-26.6829
2	0.1686	-0.0258	0.135	0.7272	0.2386	0.2486	0.042	-0.0198	-0.0396	0.09	-0.006	-0.0305	0.0288	0.0015	-0.036	0.127	-0.0342	-0.0962	0.0127	0.0208	0.0901	0.848	85.75	-4.6329
3	1.3369	0.1345	0.1425	0.3886	0.0337	0.2496	-0.0452	0.3098	0.1171	-0.0608	-0.0005	0.0476	-0.067	0.0184	0.0456	0.1037	-0.0035	-0.0539	0.082	0.0256	0.036	-26.4147	108.0075	-24.2072
4	0.7973	0.192	0.4492	0.386	0.111	0.4508	0.0557	0.2329	-0.0916	-0.0416	-0.0071	-0.132	0.1153	0.2317	-0.0487	0.0754	0.0539	-0.0313	0.1515	0.0364	0.1395	28.0773	8.2573	-18.6126
5	0.3702	-0.8627	0.9988	2.0121	-2.325	2.6978	-0.0814	-0.0869	-0.0581	0.1844	0.2147	0.1518	-0.2334	-0.2197	-0.1334	0.0541	-0.0301	-0.061	0.0889	0.116	0.1621	-14.9564	33.5587	-25.3938
6	0.4355	-0.6087	-1.1661	0.8616	1.5556	3.6465	-0.063	0.0007	0.0236	0.1012	0.0409	-0.0492	0.367	-0.1631	0.0221	0.2267	-0.0438	-0.1499	0.0819	0.023	0.2265	12.3081	89.0112	1.8491
7	9.853	4.7901	-2.6995	2.4901	-0.8228	2.2849	-0.6972	0.2955	-0.3518	-0.3085	0.2837	-0.0758	0.2206	0.2936	0.4135	0.1413	0.0526	-0.0067	0.1681	0.0543	0.105	-39.764	109.0208	-23.2978
8	8.5572	0.3298	-2.0143	0.0154	-0.0785	0.4759	-0.1104	0.6319	-0.8142	-0.0018	-0.0358	-0.055	0.0286	-0.1282	0.1462	0.1635	0.1002	-0.1089	0.3312	-0.0118	0.3839	39.499	9.5262	-11.4753

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 511
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 511
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 511
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 511
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	650
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	650
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	650
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	650

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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