[English] 日本語
Yorodumi- PDB-2weu: Crystal structure of tryptophan 5-halogenase (PyrH) complex with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2weu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of tryptophan 5-halogenase (PyrH) complex with substrate tryptophan | ||||||
Components | TRYPTOPHAN 5-HALOGENASE | ||||||
Keywords | ANTIFUNGAL PROTEIN / REGIOSELECTIVITY / TRYPTOPHAN 5-HALOGENASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information tryptophan 5-halogenase / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | STREPTOMYCES RUGOSPORUS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Leang, K. / Zhu, X. / Naismith, J.H. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2009 Title: Structural Insights in the Regioselectivity in the Enzymatic Chlorination of Tryptophan. Authors: Zhu, X. / De Laurentis, W. / Leang, K. / Herrmann, J. / Ihlefeld, K. / Van Pee, K.H. / Naismith, J.H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2weu.cif.gz | 423.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb2weu.ent.gz | 346.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2weu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/2weu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/2weu | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 2wesC 2wetC 2aqjS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 58218.492 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: SUBSTRATE TRYPTOPHAN IN THE ACTIVE SITE / Source: (gene. exp.) STREPTOMYCES RUGOSPORUS (bacteria) / Strain: LL-42D005 / Production host: PSEUDOMONAS FLUORESCENS (bacteria) / Strain (production host): BL915 / References: UniProt: A4D0H5 #2: Chemical | ChemComp-TRP / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.3 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | pH: 6.2 Details: 0.05M SODIUM CACODYLATE BUFFER PH6.2, 1.4M LI2SO4 0.01M MGCL2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-2 / Wavelength: 0.933 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→100 Å / Num. obs: 228784 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.9 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2AQJ Resolution: 1.7→100.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 6.327 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.123 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.56 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→100.5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|