[日本語] English
万見
- PDB-2wcg: X-ray structure of acid-beta-glucosidase with N-octyl(cyclic guan... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wcg
タイトルX-ray structure of acid-beta-glucosidase with N-octyl(cyclic guanidine)-nojirimycin in the active site
要素GLUCOSYLCERAMIDASE
キーワードHYDROLASE / LIPID METABOLISM / GLUCOCEREBROSIDASE / MEMBRANE / LYSOSOME / GLUCOSIDASE / GLYCOPROTEIN / GAUCHER DISEASE / SPHINGOLIPID METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


steryl-beta-glucosidase activity / positive regulation of neuronal action potential / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / positive regulation of protein lipidation ...steryl-beta-glucosidase activity / positive regulation of neuronal action potential / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / positive regulation of protein lipidation / lymphocyte migration / glucosylceramide catabolic process / regulation of lysosomal protein catabolic process / glucosylceramidase activity / sphingosine biosynthetic process / autophagosome organization / microglial cell proliferation / glucosyltransferase activity / regulation of TOR signaling / sphingolipid metabolic process / response to thyroid hormone / Glycosphingolipid catabolism / microglia differentiation / ceramide biosynthetic process / positive regulation of type 2 mitophagy / lipid storage / lipid glycosylation / brain morphogenesis / positive regulation of protein-containing complex disassembly / response to pH / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / pyramidal neuron differentiation / negative regulation of protein metabolic process / motor behavior / lysosome organization / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / neuromuscular process / hematopoietic stem cell proliferation / antigen processing and presentation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / response to testosterone / response to dexamethasone / negative regulation of interleukin-6 production / homeostasis of number of cells / regulation of macroautophagy / establishment of skin barrier / negative regulation of MAPK cascade / negative regulation of protein-containing complex assembly / cell maturation / mitophagy / cholesterol metabolic process / lysosomal lumen / cellular response to starvation / respiratory electron transport chain / determination of adult lifespan / trans-Golgi network / autophagy / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / T cell differentiation in thymus / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / lysosome / signaling receptor binding / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / Chem-MT5 / Glucosylceramidase / Lysosomal acid glucosylceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Brumshtein, B. / Aguilar, M. / Garcia-Moreno, M.I. / Mellet, C.O. / Garcia-Fernandez, J.M. / Silman, I. / Shaaltiel, Y. / Aviezer, D. / Sussman, J.L. / Futerman, A.H.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2009
タイトル: 6-Amino-6-Deoxy-5,6-Di-N-(N'-Octyliminomethylidene)Nojirimycin: Synthesis, Biological Evaluation, and Crystal Structure in Complex with Acid Beta-Glucosidase.
著者: Brumshtein, B. / Aguilar-Moncayo, M. / Garcia-Moreno, M.I. / Ortiz Mellet, C. / Garcia Fernandez, J.M. / Silman, I. / Shaaltiel, Y. / Aviezer, D. / Sussman, J.L. / Futerman, A.H.
履歴
登録2009年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02017年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC", "BC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC", "BC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GLUCOSYLCERAMIDASE
B: GLUCOSYLCERAMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,53622
ポリマ－113,1792
非ポリマー3,35820
水13,349741
1
A: GLUCOSYLCERAMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,26811
ポリマ－56,5891
非ポリマー1,67910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: GLUCOSYLCERAMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,26811
ポリマ－56,5891
非ポリマー1,67910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.311, 96.827, 83.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1509
2111B1508
1123A1 - 58
2123B1 - 58
1223A64 - 311
2223B64 - 311
1323A320 - 344
2323B320 - 344
1423A351 - 395
2423B351 - 395
1523A400 - 497
2523B400 - 497
1131A1499 - 1502
2131B1498 - 1501

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GLUCOSYLCERAMIDASE


分子量: 56589.285 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 40-536 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: DAUCUS CAROTA (ニンジン)
参照: UniProt: B2R6A7, UniProt: P04062*PLUS, glucosylceramidase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 757分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MT5 / N-[(3E,5R,6R,7S,8R,8AR)-5,6,7,8-TETRAHYDROXYHEXAHYDROIMIDAZO[1,5-A]PYRIDIN-3(2H)-YLIDENE]OCTAN-1-AMINIUM


分子量: 316.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30N3O4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細N'-OCTYL(CYCLIC GUANIDINE)-NOJIRIMYCIN (MT5): ALIPHATIC TAIL IS INVISIBLE IN ELECTRON DENSITY AND, ...N'-OCTYL(CYCLIC GUANIDINE)-NOJIRIMYCIN (MT5): ALIPHATIC TAIL IS INVISIBLE IN ELECTRON DENSITY AND, THEREFORE, IS ABSENT FROM THE STRUCTURE
配列の詳細TWO ADDITIONAL AMINO ACIDS AT THE N-TERMINAL (EF) AND SIX AMINO ACIDS AT THE C-TERMINAL (LLVDTM)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M TRIS PH 6.5, 25%(W/V) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月10日
放射モノクロメーター: SILICON 111 CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→20 Å / Num. obs: 52146 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0067精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 2V3F

2v3f


解像度: 2.3→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.402 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ALIPHATIC TAIL OF THE INHIBITOR WAS NOT MODELED INTO THE STRUCTURE. FLEXIBLE REGIONS THAT SHOW NO CLEAR ELECTRON DENSITY WERE NOT MODELED INTO THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 2346 5 %RANDOM
Rwork0.135 ---
obs0.138 44184 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7743 0 188 741 8672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0228158
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7321.96511142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9825984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.89423.353346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.364151218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2911540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8451.54933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59927956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.71433225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2724.53186
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A14tight positional0.040.05
12B14tight positional0.040.05
21A1872tight positional0.060.05
22B1872tight positional0.060.05
31A49tight positional0.060.05
32B49tight positional0.060.05
21A1759loose positional0.15
22B1759loose positional0.15
11A14tight thermal0.270.5
12B14tight thermal0.270.5
21A1872tight thermal0.190.5
22B1872tight thermal0.190.5
31A49tight thermal0.140.5
32B49tight thermal0.140.5
21A1759loose thermal0.2210
22B1759loose thermal0.2210
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 160 -
Rwork0.166 3158 -
obs--96.71 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る