+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tn1 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Unliganded Crystal Structure of Recombinant GBA | |||||||||
![]() | Lysosomal acid glucosylceramidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / beta-glucocerebrosidase / lysosomal glycoside hydrolase / GH30 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / positive regulation of neuronal action potential / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / galactosylceramidase / termination of signal transduction / galactosylceramidase activity / lymphocyte migration ...positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / positive regulation of neuronal action potential / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / galactosylceramidase / termination of signal transduction / galactosylceramidase activity / lymphocyte migration / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / glucosylceramide catabolic process / regulation of lysosomal protein catabolic process / autophagosome organization / glucosylceramidase activity / microglial cell proliferation / sphingosine biosynthetic process / glucosyltransferase activity / regulation of TOR signaling / ceramide biosynthetic process / lipid storage / response to thyroid hormone / microglia differentiation / Glycosphingolipid catabolism / pyramidal neuron differentiation / lipid glycosylation / brain morphogenesis / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / response to pH / positive regulation of protein-containing complex disassembly / motor behavior / neuromuscular process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / hematopoietic stem cell proliferation / lysosome organization / response to testosterone / response to dexamethasone / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / antigen processing and presentation / negative regulation of interleukin-6 production / homeostasis of number of cells / regulation of macroautophagy / establishment of skin barrier / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein dephosphorylation / cell maturation / cellular response to starvation / cholesterol metabolic process / respiratory electron transport chain / lysosomal lumen / negative regulation of MAP kinase activity / determination of adult lifespan / trans-Golgi network / autophagy / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / T cell differentiation in thymus / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / lysosomal membrane / signaling receptor binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Rowland, R.J. / Davies, G.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A baculoviral system for the production of human beta-glucocerebrosidase enables atomic resolution analysis. 著者: Rowland, R.J. / Wu, L. / Liu, F. / Davies, G.J. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 430 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 902.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 912 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA
#1: タンパク質 | 分子量: 55659.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Asn27 could not be modeled due to poor electron density 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P04062, glucosylceramidase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, steryl-beta-glucosidase |
---|
-糖 , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
---|---|
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 5種, 726分子 ![](data/chem/img/GLN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-GLN / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-FMT / #7: 化合物 | ChemComp-MG / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Mg formate, 19% (v/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.98→31.68 Å / Num. obs: 208682 / % possible obs: 74.2 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 0.98→1 Å / Rmerge(I) obs: 0.486 / Num. unique obs: 1518 / CC1/2: 0.685 / Rpim(I) all: 0.486 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2NT1 解像度: 0.98→31.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 0.724 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.023 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.105 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.98→31.68 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 0.4112 Å / Origin y: 0.3237 Å / Origin z: -0.5164 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection: ALL |