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- PDB-2w6b: Crystal Structure of the Trimeric beta-PIX Coiled-Coil Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w6b
タイトルCrystal Structure of the Trimeric beta-PIX Coiled-Coil Domain
要素RHO GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / PHOSPHOPROTEIN / GUANINE-NUCLEOTIDE RELEASING FACTOR / GIT / PAK / PIX / COOL / RAC1 / GIT1 / CDC42 / COOL-1 / ARHGEF7 / BETA-PIX / SH3 DOMAIN / COILED-COIL
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of microtubule nucleation / presynaptic actin cytoskeleton organization / Ephrin signaling / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / RHOQ GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle ...negative regulation of microtubule nucleation / presynaptic actin cytoskeleton organization / Ephrin signaling / NRAGE signals death through JNK / EGFR downregulation / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / RHOQ GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / postsynaptic actin cytoskeleton organization / RHOA GTPase cycle / positive regulation of growth hormone secretion / storage vacuole / astrocyte cell migration / gamma-tubulin binding / lamellipodium assembly / small GTPase-mediated signal transduction / mitotic spindle pole / Golgi organization / Rho protein signal transduction / hematopoietic progenitor cell differentiation / ruffle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / GABA-ergic synapse / lamellipodium / growth cone / cell cortex / postsynapse / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / focal adhesion / neuronal cell body / centrosome / protein kinase binding / protein-containing complex / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L1 transposable element, trimerization domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 6/7, coiled-coil domain / betaPIX coiled coil / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily ...L1 transposable element, trimerization domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 6/7, coiled-coil domain / betaPIX coiled coil / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 7
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Schlenker, O. / Rittinger, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structures of Dimeric Git1 and Trimeric Beta-Pix and Implications for Git-Pix Complex Assembly.
著者: Schlenker, O. / Rittinger, K.
履歴
登録2008年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHO GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6511
ポリマ－6,6511
非ポリマー00
水27015
1
A: RHO GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 7

A: RHO GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 7

A: RHO GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9543
ポリマ－19,9543
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-50.5 kcal/mol
Surface area11170 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.120, 43.120, 79.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 RHO GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 7 / BETA-PIX / PAK-INTERACTING EXCHANGE FACTOR BETA / BETA-PIX


分子量: 6651.386 Da / 分子数: 1 / 断片: COILED-COIL, RESIDUES 588-638 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O55043
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CRYSTALLIZED PROTEIN INCLUDES ONLY THE COILED-COIL DOMAIN OF BETA-PIX AND AS A CLONING ARTIFACT ...THE CRYSTALLIZED PROTEIN INCLUDES ONLY THE COILED-COIL DOMAIN OF BETA-PIX AND AS A CLONING ARTIFACT THE N-TERMINAL RESIDUES GPLGS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
解説: RESIDUES 230 TO 278 OF CHAIN C OF PDB ID 2BA2 WERE USED FOR MR. SEQUENCE ASSIGNMENT WAS CONFIRMED USING ANOMALOUS DIFFERENCE MAPS TO VERIFY THE PRESENCE OF THE SELENIUM SITES.
結晶化詳細: 35% MPD, 0.24 M NON-DETERGENT SULPHOBETAINE 195 (NDSB-195)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9698
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9698 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 2079 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 21 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 14.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BA2

2ba2


解像度: 2.8→39.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.94 / ESU R Free: 0.4 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE BIOLOGICALLY RELEVANT MOLECULE IS ARRANGED AROUND A NON-CRYSTALLOGRAPHIC THREEFOLD AXIS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 95 4.5 %RANDOM
Rwork0.278 ---
obs0.279 1993 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.43 Å20.72 Å20 Å2
2--1.43 Å20 Å2
3----2.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数408 0 0 15 423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022408
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5632.009544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.795551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09725.26319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.4011589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.484154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.223
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2860.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4811.5259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9882410
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5693149
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.824.5134
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.312 7
Rwork0.386 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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