PDB-2w40: Crystal structure of Plasmodium falciparum glycerol kinase with b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w40

タイトル

Crystal structure of Plasmodium falciparum glycerol kinase with bound glycerol

要素

GLYCEROL KINASE, PUTATIVE

キーワード

TRANSFERASE / CLOSED CONFORMATION / KINASE / MALARIA / PLASMODIUM / SUGAR KINASE/HSP70/ACTIN SUPERFAMILY / GLYCEROL KINASE / OPEN CONFORMATION

機能・相同性

機能・相同性情報

Triglyceride biosynthesis / glycerol kinase / glycerol-3-phosphate biosynthetic process / glycerol kinase activity / glycerol metabolic process / glycerol catabolic process / triglyceride metabolic process / phosphorylation / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Schnick, C. / Polley, S.D. / Fivelman, Q.L. / Ranford-Cartwright, L. / Wilkinson, S.R. / Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J. / Baker, D.A.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2009
タイトル: Structure and Non-Essential Function of Glycerol Kinase in Plasmodium Falciparum Blood Stages.
著者: Schnick, C. / Polley, S.D. / Fivelman, Q.L. / Ranford-Cartwright, L. / Wilkinson, S.R. / Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J. / Baker, D.A.

履歴

登録	2008年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w40.cif.gz	824.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w40.ent.gz	683.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w40.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2w40_validation.pdf.gz	521.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2w40_full_validation.pdf.gz	571.9 KB	表示
XML形式データ	2w40_validation.xml.gz	98.2 KB	表示
CIF形式データ	2w40_validation.cif.gz	144.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/2w40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/2w40	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w41C 1bu6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3aiu-2 1v03-1 1c72-d 1e1e-d 1e4n-d 1bot-1 1h49-d 1v02-2 5g3e-1 1e4l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GLYCEROL KINASE, PUTATIVE

B: GLYCEROL KINASE, PUTATIVE

C: GLYCEROL KINASE, PUTATIVE

D: GLYCEROL KINASE, PUTATIVE

ヘテロ分子

232 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GLYCEROL KINASE, PUTATIVE

C: GLYCEROL KINASE, PUTATIVE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GLYCEROL KINASE, PUTATIVE

D: GLYCEROL KINASE, PUTATIVE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.915, 100.717, 107.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GLYCEROL KINASE, PUTATIVE 分子量: 56858.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫) 株: 3D7 / プラスミド: PMAL-C2X / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8IDI4, glycerol kinase
#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1929 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 50 MM KFORMATE, 25 % ETHYLENE GLYCOL, 10 MM LDAO, 20 MM GLYCEROL, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→107.83 Å / Num. obs: 260542 / % possible obs: 73.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.49→1.53 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / % possible all: 18

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BU6

1bu6

解像度: 1.49→107.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 2.689 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21	13131	5 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
obs	0.171	247410	73.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.07 Å²	0 Å²	0.08 Å²
2-	-	-1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→107.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15930	0	320	1929	18179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	16453
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.389	1.955	22228
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.026	5	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.168	25.436	723
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.888	15	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.923	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12046
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	8043
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	11560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.206	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.253	1.5	10328
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.815	2	16324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.696	3	7031
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.987	4.5	5879
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.49→1.53 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.348	234
R_work	0.239	4484

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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