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- PDB-2w3w: MYCOBACTERIUM AVIUM DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXED WITH NADPH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w3w
タイトルMYCOBACTERIUM AVIUM DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXED WITH NADPH AND A LIPOPHILIC ANTIFOLATE SELECTIVE FOR M. AVIUM DHFR, 6-((2,5- DIETHOXYPHENYL)AMINOMETHYL)-2,4-DIAMINO-5-METHYLPYRIDO(2,3-D) PYRIMIDINE (SRI-8686)
要素DIHYDROFOLATE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NONCLASSICAL ANTIFOLATES / ONE-CARBON METABOLISM / LIPOPHILIC ANTIFOLATES / NADP / REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Chem-VG9 / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM AVIUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Leung, A.K.W. / Reynolds, R.C. / Borhani, D.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis for Selective Inhibition of Mycobacterium Avium Dihydrofolate Reductase by a Lipophilic Antifolate
著者: Leung, A.K.W. / Ross, L.J. / Zywno-Van Ginkel, S. / Reynolds, R.C. / Seitz, L.E. / Pathak, V. / Barrow, W.W. / White, E.L. / Suling, W.J. / Piper, J.R. / Borhani, D.W.
履歴
登録2008年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年3月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROFOLATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5663
ポリマ－18,4521
非ポリマー1,1142
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.729, 53.965, 81.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DIHYDROFOLATE REDUCTASE


分子量: 18451.822 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES, 1-167 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM AVIUM (バクテリア)
解説: STRAIN OBTAINED FROM THE AIDS RESEARCH AND REFERENCE REAGENT PROGRAM, DIVISION OF AIDS, NIAID, NIH, CATALOG NUMBER 1786.
プラスミド: PET11A-MACDHFR-DEL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O30463, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-VG9 / 6-{[(2,5-DIETHOXYPHENYL)AMINO]METHYL}-5-METHYLPYRIDO[2,3-D]PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE / 5-メチル-6-(2,5-ジエトキシアニリノメチル)ピリド[2,3-d]ピリミジン-2,4-ジアミン


分子量: 368.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24N6O2
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細6-((2,5-DIETHOXYPHENYL)AMINOMETHYL)-2,4-DIAMINO-5- 6-((2,5-DIETHOXYPHENYL)AMINOMETHYL)-2, 4-DIAMINO- ...6-((2,5-DIETHOXYPHENYL)AMINOMETHYL)-2,4-DIAMINO-5- 6-((2,5-DIETHOXYPHENYL)AMINOMETHYL)-2, 4-DIAMINO-5-METHYLPYRIDO(2,3-D)PYRIMIDINE (VG9): LIGAND IS ALSO KNOWN AS SRI-8686. NOTE THAT THE 2' ETHYL GROUP OF SRI-8686 WAS NOT LOCATED IN ELECTRON DENSITY MAPS. APPROXIMATE COORDINATES FOR THESE TWO ATOMS ARE INCLUDED, BUT AT ZERO OCCUPANCY.
配列の詳細RESIDUES 168-181 OF WILDTYPE M. AVIUM DHFR WERE DELETED IN THE EXPRESSION CONSTRUCT. THE FIRST ...RESIDUES 168-181 OF WILDTYPE M. AVIUM DHFR WERE DELETED IN THE EXPRESSION CONSTRUCT. THE FIRST ELEVEN CODONS OF THE M. AVIUM DHFR READING FRAME WERE MUTATED TO INCREASE THE A AND T CONTENT. THE CODONS USED WERE 5'-ATG-ACT-CGT-GCT-GAA- GTA-GGT-CTG-GTA-TGG-GCT. PCR INTRODUCED AN UNINTENDED SILENT MUTATION AT VAL120 (GTC MUTATED TO GTT).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MAVDHFR (15 MG/ML) IN 20 MM HEPES (PH 7.0), 1 MM DTT, 0.1 MM EDTA, 1.5 MM NAN3 WAS MIXED WITH NADPH (3 MM, 15 MIN AT ROOM TEMPERATURE) AND THEN SRI-8686 (2 MM, 15 MIN ON ICE). CRYSTALLIZATION ...詳細: MAVDHFR (15 MG/ML) IN 20 MM HEPES (PH 7.0), 1 MM DTT, 0.1 MM EDTA, 1.5 MM NAN3 WAS MIXED WITH NADPH (3 MM, 15 MIN AT ROOM TEMPERATURE) AND THEN SRI-8686 (2 MM, 15 MIN ON ICE). CRYSTALLIZATION (HANGING DROP VAPOR PHASE EQUILIBRATION) WAS ACHIEVED BY MIXING WITH AN EQUAL VOLUME OF THE PROTEIN COMPLEX WITH A RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 55-70% 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL (MPD) AND 100 MM HEPES (PH 6.5-7.5), AND SUSPENDING THE MIXTURE OVER THE RESERVOIR AT 277 K. SMALL ROD-LIKE CRYSTALS (0.01 X 0.01 X 0.05 MM) GREW WITHIN 2 DAYS. CRYSTALS WERE FLASH-COOLED DIRECTLY FROM THE DROP IN LIQUID N2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: BRANDEIS UNIVERSITY BRANDEIS B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→15 Å / Num. obs: 18299 / % possible obs: 83.5 % / Observed criterion σ(I): -10 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 37.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: UNPUBLISHED M. AVIUM DHFR-NADPH- TRIMETHOPRIM COMPLEX, SINCE DEPOSITED AS PDB ENTRY 2W3V.

2w3v


解像度: 1.6→14.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.279 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. NOTE THAT THE 2' ETHYL GROUP OF SRI-8686 (VG9) WAS NOT LOCATED IN ELECTRON DENSITY MAPS. APPROXIMATE COORDINATES FOR THESE TWO ATOMS ARE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. NOTE THAT THE 2' ETHYL GROUP OF SRI-8686 (VG9) WAS NOT LOCATED IN ELECTRON DENSITY MAPS. APPROXIMATE COORDINATES FOR THESE TWO ATOMS ARE INCLUDED, BUT AT ZERO OCCUPANCY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 920 5 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.175 17339 83.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→14.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1247 0 75 126 1448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6642.0171971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3132335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9155179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.68520.74154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.81415208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9911517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.21065
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2789
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.297
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2770.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2240.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2651.51098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43821390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4083708
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3774.5581
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.331 30
Rwork0.228 545
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.892 Å / Origin y: 2.395 Å / Origin z: 46.63 Å
111213212223313233
T-0.0861 Å2-0.0208 Å2-0.0056 Å2--0.0501 Å20.0158 Å2---0.0225 Å2
L1.1401 °2-0.1259 °20.2162 °2-1.5339 °21.0122 °2--3.8496 °2
S0.0235 Å °-0.0003 Å °0.0006 Å °0.0573 Å °0.0297 Å °-0.0504 Å °0.121 Å °-0.1365 Å °-0.0532 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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