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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vxw
タイトルStructural and Functional Studies of the Potent Anti-HIV Chemokine Variant P2-RANTES
要素C-C MOTIF CHEMOKINE 5
キーワードIMMUNE SYSTEM / GLYCOPROTEIN / CELL-CELL FUSION / INFLAMMATORY RESPONSE / HIV ENTRY / CHEMOTAXIS
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / chemokine receptor antagonist activity / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor binding / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity ...regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / chemokine receptor antagonist activity / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor binding / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of T cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / neutrophil activation / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of innate immune response / cell surface receptor signaling pathway via STAT / chemokine activity / regulation of T cell activation / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / leukocyte cell-cell adhesion / phospholipase activator activity / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of macrophage chemotaxis / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / exocytosis / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / positive regulation of translational initiation / cellular response to interleukin-1 / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of T cell migration / positive regulation of viral genome replication / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of insulin secretion / positive regulation of cell adhesion / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / response to virus / intracellular calcium ion homeostasis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / calcium ion transport / cellular response to tumor necrosis factor / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Jin, H. / Li, P. / LiWang, P.J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Structural and Functional Studies of the Potent Anti-HIV Chemokine Variant P2-Rantes.
著者: Jin, H. / Kagiampakis, I. / Li, P. / Liwang, P.J.
履歴
登録2008年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C MOTIF CHEMOKINE 5
B: C-C MOTIF CHEMOKINE 5
C: C-C MOTIF CHEMOKINE 5
D: C-C MOTIF CHEMOKINE 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6724
ポリマ－31,6724
非ポリマー00
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6230 Å2
ΔGint-41.7 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.678, 51.982, 61.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
C-C MOTIF CHEMOKINE 5 / P2-RANTES / SMALL-INDUCIBLE CYTOKINE A5 / SIS-DELTA / T CELL-SPECIFIC PROTEIN P228 / TCP228 / T- ...P2-RANTES / SMALL-INDUCIBLE CYTOKINE A5 / SIS-DELTA / T CELL-SPECIFIC PROTEIN P228 / TCP228 / T-CELL-SPECIFIC PROTEIN RANTES / EOSINOPHIL-CHEMOTACTIC CYTOKINE / EOCP


分子量: 7918.121 Da / 分子数: 4 / 断片: CHEMOKINE, RESIDUES 33-91 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET32A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13501
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5616
検出器タイプ: RIGAKU MICROMAX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5616 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 34463 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
CNSデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.7→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1699 4.7 %RANDOM
Rwork0.2173 ---
obs0.2173 34463 95.4 %-
溶媒の処理Bsol: 65.9606 Å2 / ksol: 0.341826 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.419 Å20 Å21.658 Å2
2---8.165 Å20 Å2
3---4.746 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2123 0 0 312 2435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009984
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5616
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 55 11.3 %
Rwork0.257 430 -
obs--58 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:WATER.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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