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- PDB-2vui: Crystal structure of the HupR receiver domain in inhibitory phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vui
タイトルCrystal structure of the HupR receiver domain in inhibitory phospho- state
要素HYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN HUPR1
キーワードDNA-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / BERYLLIUM FLUORIDE PHOSPHORYLATION MIMIC / HUPR / ACTIVATOR / CYTOPLASM / ATP-BINDING / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM / TRANSCRIPTION / PHOSPHOPROTEIN / RESPONSE REGULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Homeobox-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Hydrogenase transcriptional regulatory protein HupR1
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Davies, K.M. / Lowe, E.D. / Venien-Bryan, C. / Johnson, L.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The Hupr Receiver Domain Crystal Structure in its Nonphospho and Inhibitory Phospho States.
著者: Davies, K.M. / Lowe, E.D. / Venien-Bryan, C. / Johnson, L.N.
履歴
登録2008年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN HUPR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7734
ポリマ－15,6591
非ポリマー1153
水00
1
B: HYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN HUPR1
ヘテロ分子

B: HYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN HUPR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5478
ポリマ－31,3182
非ポリマー2296
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-y,-x,-z+1/31
Buried area2610 Å2
ΔGint-21.2 kcal/mol
Surface area16380 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)81.893, 81.893, 61.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1144-

MG

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要素

#1: タンパク質 HYDROGENASE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN HUPR1 / HUPR


分子量: 15658.879 Da / 分子数: 1 / 断片: RECEIVER DOMAIN, RESIDUES 5-140 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P26408
#2: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
配列の詳細SEQUENCE ENCODES THE RECEIVER DOMAIN OF HUPR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.34 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 2.4 M NACL, 0.2 M MGCL2, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.0, 25% GLYCEROL, 7 MM BECL2, 29 MM NAF

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DUAL CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→23.3 Å / Num. obs: 5316 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JK1

2jk1


解像度: 2.9→23.3 Å / SU ML: 0.49 / 位相誤差: 36.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3202 486 4.8 %
Rwork0.2578 --
obs0.2609 10173 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 123.607 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5627 Å20 Å2-0 Å2
2---0.5627 Å2-0 Å2
3----28.0396 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→23.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1074 0 6 0 1080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2521489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.46404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004193
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.31860.42721700.35523259X-RAY DIFFRACTION100
3.3186-4.17720.34031660.25073263X-RAY DIFFRACTION100
4.1772-23.29960.29161500.24173165X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.9264 Å / Origin y: -12.4553 Å / Origin z: -1.2196 Å
111213212223313233
T1.4609 Å20.3157 Å20.1692 Å2-0.9107 Å20.1138 Å2--1.0094 Å2
L4.7655 °2-2.9843 °2-0.4268 °2-3.9102 °22.6171 °2--0.31 °2
S0.6245 Å °-0.0476 Å °0.2868 Å °-0.8409 Å °-0.3162 Å °-0.0668 Å °-0.1426 Å °0.0162 Å °-0.2124 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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