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- PDB-2vug: The structure of an archaeal homodimeric RNA ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vug
タイトルThe structure of an archaeal homodimeric RNA ligase
要素PAB1020
キーワードLIGASE / RNA / AMPPNP / PAB1020 / PYROCOCCUS ABYSSI / NUCLEOTIDYL- TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2250 / Alpha-Beta Plaits - #3360 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #740 / RNA ligase, Pab1020 family / RNA ligase Pab1020, C-terminal domain / Ligase Pab1020 C-terminal region / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / Dna Ligase; domain 1 - #70 / DNA ligase/mRNA capping enzyme ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2250 / Alpha-Beta Plaits - #3360 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #740 / RNA ligase, Pab1020 family / RNA ligase Pab1020, C-terminal domain / Ligase Pab1020 C-terminal region / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / Dna Ligase; domain 1 - #70 / DNA ligase/mRNA capping enzyme / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Dna Ligase; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Alpha-Beta Plaits / Roll / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-dependent DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種PYROCOCCUS ABYSSI GE5 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Brooks, M.A. / Meslet-Cladiere, L. / Graille, M. / Kuhn, J. / Blondeau, K. / Myllykallio, H. / van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: The structure of an archaeal homodimeric ligase which has RNA circularization activity.
著者: Brooks, M.A. / Meslet-Cladiere, L. / Graille, M. / Kuhn, J. / Blondeau, K. / Myllykallio, H. / van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2008年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _audit_author.name / _citation.journal_id_ISSN ..._audit_author.name / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAB1020
B: PAB1020
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,69611
ポリマ－90,8572
非ポリマー1,8409
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-46.8 kcal/mol
Surface area41590 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.962, 103.257, 150.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A7 - 382
2111B7 - 382

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.98653, -0.00159, -0.16356), (0.00037, -0.99997, 0.00749), (-0.16356, 0.00733, 0.98651)
ベクター: 64.7938, 77.48051, 5.04134)

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要素

#1: タンパク質 PAB1020


分子量: 45428.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: EACH MONOMER OF PAB1020 IS BOUND TO ONE MOLECULE OF PHOSPHOAMINO PHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER (AMPPNP)
由来: (組換発現) PYROCOCCUS ABYSSI GE5 (古細菌) / プラスミド: PQE-80L / 細胞株 (発現宿主): SURE RIL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UYG2
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.99 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 50% METHANE PENTANE-DIOL (MPD), 0-0.2M NH4H2PO4 AND 0.1M TRIS-CL, PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 20985 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.9→3.1 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 18.058 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.443 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED RESIDUES IN CHAINS A, B: 10, 36, 37, 38.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1082 5.2 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.227 19844 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.53 Å20 Å20 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---3.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6094 0 118 10 6222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226333
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2732.0048538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2135744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.91123.4300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.567151180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0181554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.23111
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.24356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.080.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3981.53782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.42426019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.64532827
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4564.52519
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3039 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.030.05
tight thermal0.30.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.352 76
Rwork0.311 1398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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