+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4k1c | ||||||
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Title | VCX1 Calcium/Proton Exchanger | ||||||
Components | Vacuolar calcium ion transporter | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN/METAL TRANSPORT / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / Membrane Protein CAX NCX NCKX / Calcium transport / Vacuole / TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-METAL TRANSPORT complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information calcium:proton antiporter activity / potassium:proton antiporter activity / fungal-type vacuole / fungal-type vacuole membrane / calcium ion transmembrane transport / transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / membrane => GO:0016020 / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Waight, A.B. / Pedersen, B.P. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP) | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Structural basis for alternating access of a eukaryotic calcium/proton exchanger. Authors: Waight, A.B. / Pedersen, B.P. / Schlessinger, A. / Bonomi, M. / Chau, B.H. / Roe-Zurz, Z. / Risenmay, A.J. / Sali, A. / Stroud, R.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4k1c.cif.gz | 304.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4k1c.ent.gz | 247.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4k1c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/4k1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/4k1c | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 45625.121 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: VCX1, HUM1, MNR1, YDL128W / Plasmid: 2 MICRON / Production host: Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) / References: UniProt: Q99385 |
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-Non-polymers , 5 types, 92 molecules
#2: Chemical | ChemComp-OLC / ( #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-IOD / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.04 % |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 1.5498 Å |
Detector | Date: Jun 21, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5498 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→20 Å / Num. all: 44747 / Num. obs: 44539 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 |
-Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.8_1069) / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3→53.019 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.99 / Phase error: 28.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→53.019 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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