PDB-2vsu: A ternary complex of Hydroxycinnamoyl-CoA Hydratase-Lyase (HCHL) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vsu

タイトル

A ternary complex of Hydroxycinnamoyl-CoA Hydratase-Lyase (HCHL) with acetyl-Coenzyme A and vanillin gives insights into substrate specificity and mechanism.

要素

(P-HYDROXYCINNAMOYL COA ...) x 4

キーワード

LYASE / ALDOLASE / CROTONASE / HYDRATASE

機能・相同性

機能・相同性情報

feruloyl-CoA hydratase/lyase / feruloyl-CoA hydratase/lyase activity / : / isoprenoid catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bennett, J.P. / Bertin, L.M. / Brzozowski, A.M. / Walton, N.J. / Grogan, G.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2008
タイトル: A Ternary Complex of Hydroxycinnamoyl-Coa Hydratase-Lyase (Hchl) with Acetyl-Coa and Vanillin Gives Insights Into Substrate Specificity and Mechanism.
著者: Bennett, J.P. / Bertin, L. / Moulton, B. / Fairlamb, I.J.S. / Brzozowski, A.M. / Walton, N.J. / Grogan, G.

履歴

登録	2008年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年8月3日	Group: Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.3	2022年5月4日	Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / database_PDB_caveat / pdbx_database_status / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vsu.cif.gz	310.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vsu.ent.gz	250.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vsu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2vsu_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vsu_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	2vsu_validation.xml.gz	59.7 KB	表示
CIF形式データ	2vsu_validation.cif.gz	81.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/2vsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/2vsu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vssC 2j5iS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6l3o-1 2vss-d 2j5i-1 2j5i-2 2j5s-1 1szo-6 6l3p-1 1szo-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE

B: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE

C: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE

D: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE

E: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE

F: P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE

ヘテロ分子

190 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.081, 130.122, 144.743
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
P-HYDROXYCINNAMOYL COA ... , 4種, 6分子 ABDCEF

#1: タンパク質	P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE / HYDROXYCINNAMOYL-COA HYDRATASE-LYASE S123A MUTANT 分子量: 31028.613 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌) / 株: AN103 / 解説: INSTITUTE OF FOOD RESEARCH, NORWICH UK / プラスミド: YSBLIC-3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O69762, trans-feruloyl-CoA hydratase
#2: タンパク質	P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE / HYDROXYCINNAMOYL-COA HYDRATASE-LYASE S123A MUTANT 分子量: 30899.500 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 1-250,252-276 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌) / 株: AN103 / 解説: INSTITUTE OF FOOD RESEARCH, NORWICH UK / プラスミド: YSBLIC-3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O69762, trans-feruloyl-CoA hydratase
#3: タンパク質	P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE / HYDROXYCINNAMOYL-COA HYDRATASE-LYASE S123A MUTANT 分子量: 31005.578 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌) / 株: AN103 / 解説: INSTITUTE OF FOOD RESEARCH, NORWICH UK / プラスミド: YSBLIC-3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O69762, trans-feruloyl-CoA hydratase
#4: タンパク質	P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE / HYDROXYCINNAMOYL-COA HYDRATASE-LYASE S123A MUTANT 分子量: 31056.629 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌) / 株: AN103 / 解説: INSTITUTE OF FOOD RESEARCH, NORWICH UK / プラスミド: YSBLIC-3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O69762, trans-feruloyl-CoA hydratase

-
非ポリマー , 3種, 494分子

#5: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#6: 化合物	ChemComp-V55 / 4-hydroxy-3-methoxybenzaldehyde / p-vanillin / バニリン分子量: 152.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 123 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 123 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 123 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 123 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, SER 123 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, SER 123 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, SER 123 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, SER 123 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.1 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: PROTEIN CONCENTRATION OF 10 MG ML-1 IN 11% (W/V) PEG 20 000 DA WITH 8% (V/V) PEG 550 DA MONOMETHYL ETHER, 0.8 M SODIUM FORMATE AND 0.2% (V/V) BUTANE 1,4-DIOL IN 0.05 M 2-(N-MORPHOLINO) ...詳細: PROTEIN CONCENTRATION OF 10 MG ML-1 IN 11% (W/V) PEG 20 000 DA WITH 8% (V/V) PEG 550 DA MONOMETHYL ETHER, 0.8 M SODIUM FORMATE AND 0.2% (V/V) BUTANE 1,4-DIOL IN 0.05 M 2-(N-MORPHOLINO)ETHANESULFONIC ACID BUFFER PH 5.6. 10MM FERULOYL-COA.

結晶

マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.1 % / 解説: NONE

結晶化

詳細: PROTEIN CONCENTRATION OF 10 MG ML-1 IN 11% (W/V) PEG 20 000 DA WITH 8% (V/V) PEG 550 DA MONOMETHYL ETHER, 0.8 M SODIUM FORMATE AND 0.2% (V/V) BUTANE 1,4-DIOL IN 0.05 M 2-(N-MORPHOLINO) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 287 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→96.67 Å / Num. obs: 123802 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 76.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0037	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J5I

2j5i

解像度: 1.9→96.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 6.755 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	6562	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.191	123802	96.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→96.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11496	0	266	488	12250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	12063
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.635	1.991	16392
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.079	5	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.879	24.103	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.977	15	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.336	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9054
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	6312
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	8285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	754
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.243	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.353	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.943	1.5	7597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.338	2	11748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.427	3	5259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.519	4.5	4642
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.34	390
R_work	0.283	7182

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7907	0.2135	0.1829	0.5448	0.1127	0.5845	-0.1014	0.2474	-0.1059	-0.1965	0.1147	-0.0164	-0.0071	0.1723	-0.0133	0.0016	-0.0609	0.0296	0.0743	-0.0279	-0.0988	26.5118	-32.4695	-53.1548
2	0.4081	0.0558	0.2505	0.5403	0.2109	0.493	-0.0481	0.0091	0.036	-0.039	-0.0094	0.2064	0.0173	0.0024	0.0575	-0.0344	-0.0226	-0.0349	-0.0622	0.0152	0.0415	-3.6352	-28.9431	-37.4643
3	0.4645	-0.1117	0.1441	0.9098	0.3458	0.4408	-0.1362	0.1055	0.1801	-0.2885	0.074	0.0891	-0.1585	0.0883	0.0622	0.0849	-0.0923	-0.122	-0.0443	0.088	-0.0052	12.1047	-2.3034	-51.1477
4	0.3452	0.1598	0.0825	0.4046	-0.0529	0.3396	0.0052	-0.0605	0.0234	0.0742	-0.0243	0.0667	0.0064	-0.0279	0.0191	-0.0063	-0.002	0.0156	-0.0152	-0.0013	-0.0433	11.1442	-24.5809	-10.5872
5	0.6861	0.15	0.201	0.458	0.0942	0.3486	-0.0191	0.0799	-0.0423	0.0034	0.0329	-0.0907	0.019	0.0738	-0.0138	-0.0458	0.0131	-0.0219	-0.0044	0.0055	-0.0196	41.1936	-26.8534	-26.0133
6	0.47	-0.0018	0.066	0.5123	0.0606	0.2458	-0.0656	0.0225	0.1533	0.0504	0.0161	-0.0183	-0.0589	0.0493	0.0496	-0.0146	-0.0214	-0.0555	-0.0568	0.0195	0.0198	25.564	3.4973	-23.6031

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 249
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 250
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 249
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 248
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	4 - 249
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 248

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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