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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2von | ||||||
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タイトル | Crystal structure of N-terminal domains of Human La protein complexed with RNA oligomer AUAAUUU | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / RNA RECOGNITION MOTIF / SYSTEMIC LUPUS ERYTHEMATOSUS / PHOSPHOPROTEIN / RNA MATURATION / NUCLEUS / LA MOTIF / RNA-BINDING / POLYMORPHISM | ||||||
機能・相同性 | ![]() nuclear histone mRNA catabolic process / histone mRNA metabolic process / tRNA 3'-end processing / protein localization to cytoplasmic stress granule / RNA Polymerase III Transcription Termination / IRES-dependent viral translational initiation / tRNA export from nucleus / tRNA modification / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / tRNA 5'-leader removal ...nuclear histone mRNA catabolic process / histone mRNA metabolic process / tRNA 3'-end processing / protein localization to cytoplasmic stress granule / RNA Polymerase III Transcription Termination / IRES-dependent viral translational initiation / tRNA export from nucleus / tRNA modification / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / tRNA 5'-leader removal / poly(U) RNA binding / sequence-specific mRNA binding / tRNA processing / positive regulation of translation / cytoplasmic stress granule / tRNA binding / chromosome, telomeric region / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kotik-Kogan, O. / Valentine, E.R. / Sanfelice, D. / Conte, M.R. / Curry, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Analysis Reveals Conformational Plasticity in the Recognition of RNA 3' Ends by the Human La Protein. 著者: Kotik-Kogan, O. / Valentine, E.R. / Sanfelice, D. / Conte, M.R. / Curry, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 460 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 467.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.6489, 0.0117, -0.7608), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22529.809 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 4-194 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 2167.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | FIRST TWO RESIDUES ARE FROM VECTOR (GS) REMAINING SEQUENCE CORRESPOND | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M phosphate citrate (pH 5.0), 22% (v/w) PEG 8000, 0.01 M taurine. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月13日 / 詳細: SINGLE SILICON (111) MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: SINGLE SILICON (111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.62 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→43 Å / Num. obs: 27637 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 8.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 92.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ZH5 解像度: 2.1→43 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1804074.3 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: ION.ED-12.PARAM / Topol file: ION.ED-12.TOP |