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万見
- PDB-2vnt: UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR COMPLEX WITH A 1-(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vnt
タイトルUROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR COMPLEX WITH A 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE
要素UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
キーワードHYDROLASE / UPA / INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity ...u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of signaling receptor activity / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / chemotaxis / blood coagulation / regulation of cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. ...: / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QGG / Urokinase-type plasminogen activator
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fish, P.V. / Barber, C.G. / Brown, D.G. / Butt, R. / Henry, B.T. / Horne, V. / Huggins, J.P. / Mccleverty, D. / Phillips, C. / Webster, R. ...Fish, P.V. / Barber, C.G. / Brown, D.G. / Butt, R. / Henry, B.T. / Horne, V. / Huggins, J.P. / Mccleverty, D. / Phillips, C. / Webster, R. / Dickinson, R.P. / Collis, M.G. / King, E. / O'Gara, M. / Mcintosh, F.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007
タイトル: Selective Urokinase-Type Plasminogen Activator (Upa) Inhibitors 4. 1-(7-Sulphonamidoisoquinolinyl) Guanidines
著者: Fish, P.V. / Barber, C.G. / Brown, D.G. / Butt, R. / Henry, B.T. / Horne, V. / Huggins, J.P. / Mccleverty, D. / Phillips, C. / Webster, R. / Dickinson, R.P. / Collis, M.G. / King, E. / O'Gara, M. / Mcintosh, F.
履歴
登録2008年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2008年2月19日ID: 2JDE
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
B: UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
C: UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
D: UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
E: UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
F: UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,26321
ポリマ－187,0126
非ポリマー3,25215
水10,989610
1
A: UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5662
ポリマ－31,1691
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9516
ポリマ－31,1691
非ポリマー7825
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5662
ポリマ－31,1691
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8555
ポリマ－31,1691
非ポリマー6864
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7594
ポリマ－31,1691
非ポリマー5903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5662
ポリマ－31,1691
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)104.557, 181.108, 104.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114C1 - 257
2114F1 - 257

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.676, 0.721, 0.149), (0.71, 0.692, -0.129), (-0.196, 0.018, -0.98)-167.54, 42, 146.39
2given(-0.498, 0.867, 0.01), (-0.867, -0.497, -0.05), (-0.039, -0.033, 0.999)-147.32, 216.5999, 4.623
3given(0.951, 0.245, -0.187), (0.24, -0.969, -0.052), (-0.194, 0.005, -0.981)-27.013, 336.477, 148.895
4given(-0.269, -0.962, 0.053), (-0.934, 0.274, 0.227), (-0.233, 0.012, -0.972)157.997, 65.372, 146.248
5given(-0.501, -0.865, -0.018), (0.865, -0.502, 0.022), (-0.028, -0.004, 1)112.73, 232.29, -0.191

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要素

#1: タンパク質
UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR / UPA / U-PLASMINOGEN ACTIVATOR


分子量: 31168.613 Da / 分子数: 6 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00749, u-plasminogen activator
#2: 化合物
ChemComp-QGG / 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE


分子量: 397.837 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16ClN5O4S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細UNKNOWN (QGG): 1- 7-SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL GUANIDINE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / タイプ: SRS / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 97771 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 4860 5 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.244 92397 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å20 Å20.02 Å2
2---0.93 Å20 Å2
3---2.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12220 0 201 610 13031
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02112755
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.96717303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.43951533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.13123.424552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.734152167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4551580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.21824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2610.26355
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.28074
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.2795
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3250.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1840.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9031.57895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.537212390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10635707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.134.54913
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: C / Ens-ID: 1 / 数: 2022 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.60.5
medium thermal2.252
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.348 346
Rwork0.26 6722

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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