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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vmo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of N341AbsSHMT Gly external aldimine | ||||||
![]() | SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PLP-DEPENDENT ENZYMES / N341A / FOLATE BINDING / PYRIDOXAL PHOSPHATE / ONE-CARBON METABOLISM | ||||||
機能・相同性 | ![]() serine binding / L-serine catabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rajaram, V. / Pai, V.R. / Bisht, S. / Bhavani, B.S. / Appaji Rao, N. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Studies of Bacillus Stearothermophilus Serine Hydroxymethyltransferase: The Role of Asn(341), Tyr(60) and Phe(351) in Tetrahydrofolate Binding. 著者: Pai, V.R. / Rajaram, V. / Bisht, S. / Bhavani, B.S. / Rao, N.A. / Murthy, M.R.N. / Savithri, H.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2vmnC ![]() 2vmpC ![]() 2vmqC ![]() 2vmrC ![]() 2vmsC ![]() 2vmtC ![]() 2vmuC ![]() 2vmvC ![]() 2vmwC ![]() 2vmxC ![]() 2vmyC ![]() 2vmzC ![]() 1kl1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 44231.160 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-405 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SCHIFF LINKAGE BETWEEN GLY B 502 AND PLP B 501 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 402分子 ![](data/chem/img/GLY.gif)
![](data/chem/img/PLP.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PLP.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-GLY / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-PLP / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 50 % MPD, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 MM EDTA, 5 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 10 MM GLY |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMIC MIRROR |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→30 Å / Num. obs: 536490 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 27.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.8 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1KL1 解像度: 1.74→22.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.201 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→22.44 Å
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拘束条件 |
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