PDB-4otl: X-ray Crystal Structure of Serine Hydroxymethyl Transferase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4otl

タイトル

X-ray Crystal Structure of Serine Hydroxymethyl Transferase from Burkholderia cenocepacia bound to PLP and Glycine

要素

Serine hydroxymethyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / serine hydroxymethyl transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray Crystal Structure of Serine Hydroxymethyl Transferase from Burkholderia cenocepacia bound to PLP and Glycine
著者: Fairman, J.W. / Jensen, M.M. / Sullivan, A.H. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2014年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4otl.cif.gz	638.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4otl.ent.gz	527.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4otl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4otl_validation.pdf.gz	489.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4otl_full_validation.pdf.gz	496.3 KB	表示
XML形式データ	4otl_validation.xml.gz	64.1 KB	表示
CIF形式データ	4otl_validation.cif.gz	90.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/4otl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/4otl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n0wS 4mso 4ot8 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1yjz-1 2w7h-1 2vgw-1 4wxf-d 2vib-1 2w7e-1 4wxg-d 2vgv-1 2w7d-1 2vmo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuceA.00008.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine hydroxymethyltransferase

B: Serine hydroxymethyltransferase

C: Serine hydroxymethyltransferase

D: Serine hydroxymethyltransferase

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine hydroxymethyltransferase

C: Serine hydroxymethyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
92.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serine hydroxymethyltransferase

D: Serine hydroxymethyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
92.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.970, 179.690, 75.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid
2	1	chain B and segid
3	1	chain C and segid
4	1	chain D and segid

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	chain A and segid	A
2	1	1	chain B and segid	B
3	1	1	chain C and segid	C
4	1	1	chain D and segid	D

#1: タンパク質	Serine hydroxymethyltransferase / SHMT / Serine methylase 分子量: 45983.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: J2315 / 遺伝子: glyA, BCAL3197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4ECY9, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 790 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MCSG1 condition G7: 0.1 M TRIS pH 8.50, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→89.85 Å / Num. all: 108579 / Num. obs: 107615 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 31.305 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 9.18

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.05		0.456	2.96	1	99
2.05-2.11		0.4	3.31	1	99
2.11-2.17		0.314	4.18	1	99.2
2.17-2.24		0.259	4.92	1	99
2.24-2.31		0.223	5.65	1	99.1
2.31-2.39		0.203	6.22	1	99.2
2.39-2.48		0.173	7.07	1	99.3
2.48-2.58		0.156	7.83	1	99.4
2.58-2.7		0.132	9.19	1	99.3
2.7-2.83		0.116	10.24	1	99.5
2.83-2.98		0.102	11.46	1	99.4
2.98-3.16		0.091	12.71	1	99.3
3.16-3.38		0.082	13.8	1	99.3
3.38-3.65		0.074	15.28	1	99
3.65-4		0.069	16.36	1	98.8
4-4.47		0.064	16.97	1	98.7
4.47-5.16		0.061	17.48	1	99.2
5.16-6.32		0.055	17.43	1	99.1
6.32-8.94		0.053	18.22	1	98.7
	8.94	0.053	18.48	1	95.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_1659	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N0W

4n0w

解像度: 2→42.559 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.34 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2236	5376	5 %
R_work	0.1798	-	-
obs	0.182	107598	99.31 %
all	-	108579	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.999 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.79 Å²	0 Å²	0.96 Å²
2-	-	-1.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→42.559 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12336	0	84	790	13210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	12870
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.907	17519
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.423	4708
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	1953
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2336

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	7436	X-RAY DIFFRACTION	5.01	TORSIONAL
1	2	B	7436	X-RAY DIFFRACTION	5.01	TORSIONAL
1	3	C	7436	X-RAY DIFFRACTION	5.01	TORSIONAL
1	4	D	7436	X-RAY DIFFRACTION	5.01	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9999-2.0227	0.3138	184	0.2432	3390	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0227-2.0464	0.2939	152	0.229	3407	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0464-2.0714	0.2825	182	0.2286	3406	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0714-2.0976	0.3317	176	0.2195	3412	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0976-2.1252	0.2563	161	0.2167	3394	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1252-2.1543	0.2746	200	0.2059	3386	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1543-2.1851	0.2753	168	0.2035	3412	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1851-2.2177	0.2336	176	0.1943	3399	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2177-2.2524	0.2568	174	0.1917	3377	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2524-2.2893	0.215	158	0.1878	3436	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2893-2.3288	0.2473	175	0.1917	3385	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3288-2.3711	0.2658	172	0.1915	3412	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3711-2.4167	0.2485	207	0.191	3364	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4167-2.466	0.2585	179	0.1855	3461	X-RAY DIFFRACTION	99
2.466-2.5197	0.2566	167	0.1941	3387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5197-2.5783	0.2226	185	0.1933	3403	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5783-2.6427	0.2414	189	0.1932	3401	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6427-2.7142	0.2254	173	0.1822	3418	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7142-2.794	0.2451	188	0.1877	3431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.794-2.8842	0.2297	172	0.191	3397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8842-2.9873	0.2184	183	0.1927	3402	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9873-3.1068	0.2478	194	0.1934	3400	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1068-3.2482	0.2553	177	0.2005	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2482-3.4194	0.2164	191	0.1957	3385	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4194-3.6335	0.1985	191	0.1796	3398	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6335-3.9138	0.2053	167	0.1654	3438	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9138-4.3074	0.1933	176	0.1508	3402	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3074-4.9299	0.1975	176	0.1434	3411	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9299-6.208	0.1851	192	0.153	3452	X-RAY DIFFRACTION	99
6.208-42.5687	0.1594	191	0.138	3413	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1228	0.21	0.2336	0.7724	0.2517	0.6738	-0.0117	-0.0383	0.0675	0.0901	-0.0013	0.0302	-0.1802	0.436	-0.0045	0.2334	-0.0853	0.0037	0.2787	0.0153	0.2522	1.3993	-26.2448	-32.2637
2	1.186	-0.2786	0.1097	0.9417	0.0512	1.0352	0.135	0.2164	0.1367	-0.2236	-0.0882	0.0086	-0.0357	-0.1041	0.0173	0.099	0.0048	-0.0365	0.1838	0.0392	0.2581	-18.1246	-39.3312	-41.7565
3	0.74	-0.0373	-0.0731	0.4838	0.1907	0.8898	0.031	0.0621	-0.0188	0.0707	-0.0485	0.2212	0.0407	-0.1407	-0.0318	0.0898	-0.0102	-0.0085	0.151	0.0058	0.2698	-24.4392	-38.2029	-32.1031
4	0.8742	0.4874	-0.093	1.4055	0.4239	0.8824	0.1567	-0.143	0.2116	0.2597	-0.0759	0.2355	-0.1761	0.0657	-0.0505	0.3519	-0.0854	0.0923	0.1773	-0.015	0.2264	-14.9803	-20.5032	-15.6903
5	0.5671	-0.2836	-1.0692	0.4765	0.4775	3.3855	0.2941	0.3137	0.1719	-0.3475	0.0356	0.1185	-0.2013	0.041	-0.0898	0.2101	0.0148	-0.0773	0.2934	0.0211	0.2691	0.8226	26.4658	-47.4305
6	0.1062	0.0253	0.068	0.3819	-0.0494	0.3969	-0.0574	0.0959	0.0503	-0.0826	0.0275	0.0962	0.0605	-0.0541	0.0307	0.2191	-0.0392	-0.0024	0.1596	0.0047	0.1972	8.9593	23.7843	-35.9671
7	0.822	0.0781	-0.2681	1.3457	-0.3898	1.3606	-0.0937	0.0288	0.0029	-0.3456	0.0365	-0.2438	0.078	0.3423	0.0714	0.1666	-0.0176	-0.0106	0.197	-0.0217	0.2032	27.8896	16.7904	-34.56
8	0.7076	0.0599	-0.2038	0.7754	0.182	0.1732	-0.1374	-0.1173	-0.2024	0.1465	-0.0203	-0.0083	0.4535	0.1375	0.1241	0.4536	0.0031	0.0547	0.1788	0.0431	0.2738	12.7595	-2.86	-22.1526
9	0.9525	0.1092	-0.6194	0.9005	-0.0756	1.2332	-0.0437	-0.1047	-0.0181	0.0872	0.0099	-0.0953	0.082	0.18	0.013	0.1618	-0.0185	-0.0301	0.148	-0.0154	0.1549	20.4441	12.4715	-25.402
10	1.8244	0.8585	-0.3276	1.6662	-0.0452	0.7605	0.2601	-0.308	0.4911	0.4538	-0.0585	0.3004	-0.0707	0.226	-0.029	0.2354	-0.0384	0.0212	0.1825	-0.0495	0.1756	1.4744	22.2829	-15.9192
11	0.6913	0.0138	-0.2578	0.8357	-0.0327	0.6947	-0.0718	0.139	-0.0178	0.0402	0.0041	0.2688	0.3149	-0.1957	0.0421	0.2571	-0.0866	0.0237	0.1896	-0.018	0.2342	-7.4323	8.9952	-22.7183
12	0.6731	0.5314	0.0511	1.2985	-0.4383	0.2664	-0.1203	0.0396	-0.1348	-0.132	0.0212	0.2206	0.3091	-0.0858	0.0796	0.2818	-0.0692	0.0476	0.1844	-0.0141	0.2645	-3.5805	10.2953	-25.2015
13	1.0499	0.544	-0.1193	0.3216	-0.228	0.6303	0.1059	0.1425	0.1751	0.0171	0.0851	0.5092	0.0448	-0.3745	0.093	0.1448	-0.0362	-0.0276	0.2626	0.0274	0.349	-13.021	22.7955	-26.3785
14	0.1042	-0.0735	0.0102	0.0895	0.0297	0.0535	0.032	-0.0286	-0.0144	0.0494	0.0836	-0.0937	-0.0019	0.1554	0.4431	-0.0638	0.1131	-0.0442	0.3774	0.069	0.3161	5.8747	-44.7531	-35.4734
15	1.0108	0.1014	-0.1871	0.9198	-0.3033	1.4782	0.1158	0.0082	0.1556	0.0052	-0.0244	0.0575	-0.4408	0.1125	-0.0833	0.2343	-0.0544	0.0103	0.1867	0.0442	0.2307	-5.1216	-24.1184	-45.2384
16	0.7602	0.0921	0.0441	0.7216	0.2216	1.2485	0.0013	0.2313	0.1595	-0.3358	0.0245	0.1183	-0.259	-0.0335	-0.0165	0.3132	-0.0109	-0.0335	0.2404	0.0904	0.2338	-11.6952	-26.7861	-60.9277
17	1.1575	-0.0661	0.1142	1.5454	0.2985	1.2835	-0.0008	0.195	-0.0109	-0.3121	0.1134	-0.1057	0.0236	0.4499	-0.0686	0.2472	-0.0176	0.0668	0.3746	0.0176	0.2124	6.2458	-45.412	-65.3114
18	1.1575	0.2475	-0.5258	1.1653	-0.0908	2.2288	0.1477	0.0555	0.3604	-0.124	0.0501	0.1845	-0.6161	-0.1375	-0.0168	0.3373	-0.0565	0.0081	0.171	0.0049	0.32	20.4637	34.6741	-38.2168
19	0.1678	-0.0859	-0.1531	0.3396	-0.0167	0.5178	0.0368	-0.0452	0.1008	-0.2074	0.0264	-0.1426	-0.1182	0.1802	-0.0323	0.3075	-0.0437	0.0449	0.227	-0.0077	0.2409	19.4801	24.7436	-49.75
20	1.1279	0.0158	-0.3159	0.6769	0.3788	0.9244	-0.0985	0.1887	-0.1947	-0.0531	-0.0525	0.0791	0.3097	-0.245	0.0614	0.2348	-0.0522	-0.0433	0.2474	-0.0349	0.2251	2.467	11.9242	-47.6051
21	0.3531	-0.1406	-0.2461	0.6111	0.2603	0.2511	-0.1622	0.179	-0.246	-0.2844	0.0071	-0.1044	0.4525	0.0647	0.0323	0.5811	0.0284	0.1171	0.2838	-0.0648	0.3197	25.884	-0.9265	-55.5458
22	0.9535	-0.4062	-0.1748	0.509	0.2963	0.5489	-0.0413	0.2435	-0.1424	-0.1588	-0.0314	0.1109	0.3316	-0.0642	0.0645	0.3397	-0.0318	-0.0109	0.2273	-0.051	0.1787	13.6181	9.3333	-53.5914
23	0.7179	0.3069	-0.3353	1.0831	0.3221	1.0574	0.0284	0.1701	-0.0442	-0.1591	0.0926	-0.2302	0.0273	0.2861	-0.0981	0.5017	-0.0038	0.1035	0.3808	-0.0182	0.2152	37.1298	18.648	-61.7342
24	0.2191	-0.1972	-0.4381	0.2103	0.3708	1.3541	0.1336	0.2788	0.3269	-0.2823	0.0516	-0.2841	-0.3691	0.4241	0.0236	0.7199	-0.1346	0.2104	0.4181	0.0025	0.3624	40.0533	32.3629	-60.1133

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 141 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 142 through 279 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 280 through 415 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 7 through 29 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 30 through 54 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 55 through 110 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 111 through 183 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 184 through 279 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 280 through 302 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 303 through 347 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 348 through 373 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 374 through 415 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 2 through 29 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 30 through 110 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 111 through 279 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 280 through 415 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 0 through 29 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 30 through 54 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 55 through 87 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 88 through 210 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 211 through 279 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 280 through 373 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 374 through 415 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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