PDB-2vmz: Crystal structure of F351GbsSHMT in complex with Gly

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vmz

タイトル

Crystal structure of F351GbsSHMT in complex with Gly

要素

SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / PLP-DEPENDENT ENZYMES / F351G / FOLATE BINDING / PYRIDOXAL PHOSPHATE / ONE-CARBON METABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Rajaram, V. / Pai, V.R. / Bisht, S. / Bhavani, B.S. / Appaji Rao, N. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2009
タイトル: Structural and Functional Studies of Bacillus Stearothermophilus Serine Hydroxymethyltransferase: The Role of Asn(341), Tyr(60) and Phe(351) in Tetrahydrofolate Binding.
著者: Pai, V.R. / Rajaram, V. / Bisht, S. / Bhavani, B.S. / Rao, N.A. / Murthy, M.R.N. / Savithri, H.S.

履歴

登録	2008年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vmz.cif.gz	100.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vmz.ent.gz	75.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vmz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/2vmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/2vmz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vmnC 2vmoC 2vmpC 2vmqC 2vmrC 2vmsC 2vmtC 2vmuC 2vmvC 2vmwC 2vmxC 2vmyC 1kl1S 1kkj 1kkp 1kl2 1yjs 1yjy 1yjz 2vgs 2vgt 2vgu 2vgv 2vgw 2vi8 2vi9 2via 2vib S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w7l-1 6ti4-d 2w7g-1 2vmq-1 2vi9-1 2vmu-1 2vgv-1 2via-1 1kkj-1 1yjy-1 6ti3-1 6ti1-d 2vmt-1 6tgh-2 2vi8-1 2vmn-1 2vgu-1 3pgy-2 2vib-1 6yrw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.361, 106.582, 57.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2025- HOH

#1: タンパク質	SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE / SHMT / SERINE METHYLASE 分子量: 44184.062 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-405 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7SIB6, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#4: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 351 TO GLY

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 50% MPD, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 MM EDTA, 5 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 10 MM GLYCINE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMIC MIRROR
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 41969 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 21.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1KL1

1kl1

解像度: 1.7→21.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.072 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	2112	5 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.185	39781	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→21.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3109	0	28	379	3516

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.096	1.963	4422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.17	5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.129	24.172	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.538	15	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.076	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.158	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.108	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.434	1.5	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.684	2	3269
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.258	3	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.024	4.5	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.459	164
R_work	0.392	2879

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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